Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 84.4% | 126.5 / 20.0 | 45 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/0); new base C (16/22); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.16e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126497‑1126784 | cTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTaaa < 8:194153/149‑1 (MQ=255) ggAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCGCGAAAGCGGAGGTT‑TTGGCACCCTCGCATT‑AGC‑GGGTaaaac > 2:287794/1‑147 (MQ=255) ggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGATTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAA‑c‑ccgctc < 1:27311/149‑6 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGGA‑TAGCCCCCATCGCATT‑AGCGGGGTAAC‑C‑CGCGCCGaca > 2:54245/1‑146 (MQ=255) gatCTTGAACAGGGCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACaga < 3:221597/148‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCCCGAAAGGGGGGGTA‑TAGGCACCCTAGCCTT‑AGCGGGGTAAC‑C‑CCCGCCGACCCAGAGCCCGcc > 5:14218/1‑149 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACagag < 7:355289/143‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCCAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCAACGCAAT‑AGC‑CGGTAAACC‑CCCGACGACACAGACCCCGcc > 5:557/1‑149 (MQ=255) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑AGC‑GGGTAAA‑CACGCTCCGACACAGAGCCCGCCACCCaa > 7:250569/1‑149 (MQ=255) tCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCCCGAATGCGGGGGTA‑TAACCACCCACGCCAT‑AGCGGGGAAAA‑C‑CCCGCCGACAAAAAACCCCCCAccccac > 6:119312/1‑146 (MQ=255) agggACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGGACATTCAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTAACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCg < 3:315543/144‑1 (MQ=38) tGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCCCCAATGCGGAGGGA‑TAGCCACCAAAGCAAT‑AGCGGGGAAAA‑C‑CCCGCCAACAAAAAGCCCCCCCCCCCACCCAcggggcggggg > 4:116102/1‑148 (MQ=255) ctcATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGCACATTGAGCCCTGAAGGCGC‑GCGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TACCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAg < 7:45474/147‑1 (MQ=38) aTGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGGTTTACCCCCG‑ATAGGGGGGTATTAGCC‑CCAACGCATTACCC‑CGGAAAC‑C‑CGCGCCAACACAGCCCCCCCCCCCCCAGCCAGCGGGCgggggggg > 8:45474/1‑148 (MQ=255) aCCTCCTCCCATGTGTGTGGGTGGACATTGAGCCCTGAAGGCCC‑TGGTTTACCCGCGAATGCGGTGGTA‑TAGCCTCCACCGCATT‑CTC‑GGGTAAACC‑CGCGCCAACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAg < 6:356675/149‑1 (MQ=255) tcctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGc < 7:300308/140‑1 (MQ=255) tcctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGGA‑TAGCCACCCTCGCATT‑AGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACACAGCCCGCCCCCCCAGCCCGGTGGCGGGGAgggg > 8:300308/1‑139 (MQ=25) cctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑AGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGTGGGGAGGGCTATCAGGCGt > 1:275072/1‑149 (MQ=38) ctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATAGCATT‑AGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTc > 7:81815/1‑149 (MQ=38) gCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGCATGCGGGAGGA‑TAGACCCCAACGCATTGCAC‑GGGTAAA‑C‑ACCGAAAACAAAGACCCCCCCCCCCAACCCACCAGGACGGGACGGCTATCATGccgact > 6:304986/1‑144 (MQ=255) gttgttGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGACGCCTGATAg < 3:101588/149‑1 (MQ=38) gggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCCGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCt < 7:161166/126‑1 (MQ=255) gACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGTTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGa < 1:263555/135‑1 (MQ=255) gCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAgg < 5:119312/149‑1 (MQ=255) ccTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgcg < 1:54245/149‑1 (MQ=255) tttACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg < 1:287794/149‑1 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcg < 8:287188/120‑1 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcg > 7:287188/1‑120 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg < 1:34040/124‑1 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg < 4:248598/124‑1 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg > 2:34040/1‑124 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg > 3:248598/1‑124 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGc > 7:311257/1‑149 (MQ=255) gCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatc > 4:110995/1‑110 (MQ=255) gCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatc < 3:110995/110‑1 (MQ=255) cGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACg < 3:116102/148‑1 (MQ=255) ggAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAacac < 6:202049/146‑1 (MQ=255) ggAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAacac > 5:202049/1‑146 (MQ=255) ggAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt > 1:52175/1‑149 (MQ=255) ccaccaTCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCgg > 7:164568/1‑149 (MQ=255) ccaccaTCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCgg > 8:228373/1‑149 (MQ=255) ccaTCGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGcc > 4:166763/1‑148 (MQ=255) cGCATT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcg > 6:142020/1‑149 (MQ=255) aTT‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcg < 5:304986/149‑1 (MQ=255) tt‑CGC‑GGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcgg < 8:250569/149‑1 (MQ=255) cgc‑gGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc < 7:278707/148‑1 (MQ=255) gc‑gGGTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa < 8:81815/149‑1 (MQ=255) gggTAAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgcgc > 6:108329/1‑95 (MQ=255) | CTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTA‑TAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGTAAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126497‑1126784 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |