| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 96.7% | 201.3 / ‑0.3 | 60 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (31/27); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATC > NC_002947/1419401‑1419689 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 6:62407/149‑1 (MQ=255)cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 1:111822/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cc > 3:385428/1‑148 (MQ=255) ggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcg‑c > 6:247409/1‑149 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGGAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑Cgg < 4:274274/149‑1 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCAc > 6:129022/1‑149 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTTCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGc < 1:19772/149‑1 (MQ=255) gATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGc < 5:266475/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 3:416657/137‑1 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg > 4:311067/1‑149 (MQ=255) cGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg < 4:320115/148‑1 (MQ=255) ccTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg > 5:105937/1‑149 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 7:306201/1‑149 (MQ=255) gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt > 8:108421/1‑148 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc < 7:108421/149‑1 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 6:200523/149‑1 (MQ=255) tGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:242841/124‑1 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 3:92687/113‑1 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg > 4:92687/1‑113 (MQ=255) ccccTGTGGTGGGGTCTGTTGTGTTGTCGGGGGGCATTTTTTTTTTTCCCTGGTTTTTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACTCCCGCTCCCACATGTTCTTTTCATTTCGTTTCTGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 7:272878/146‑1 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt < 2:427879/139‑1 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt > 1:427879/1‑139 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 8:306201/149‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt < 4:385428/149‑1 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc > 4:118768/1‑149 (MQ=255) tggtggGTGCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 5:129022/147‑1 (MQ=255) ggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTACCAAAGGTACTGTGCAGTGCGTTACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcg > 5:148459/1‑149 (MQ=38) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCcac < 4:282897/93‑1 (MQ=255) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCcac > 3:282897/1‑93 (MQ=255) gggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 2:210817/131‑1 (MQ=255) gggTTCTGTTGTGTTATCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 1:210817/1‑131 (MQ=255) gTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGGCCGCGAag > 3:109998/1‑149 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa > 8:70107/1‑90 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 7:70107/90‑1 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg > 4:65952/1‑114 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 3:65952/114‑1 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCCCGCCCGCTCCCACACGTACAGTGCAGGGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGATCGGGCGTGCCCGCGAACAGGCCt > 4:74159/1‑149 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg > 8:314329/1‑103 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg < 7:314329/103‑1 (MQ=255) gttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑ACATAGCCGGGCCCCCCCCCACCCCCAGTTAGTGTGAAGGGGGGGACGGCGTGGGGGACCCGTGGGGCGCGGGGGTGCCCCCGAGCAGGCCTgc > 2:351912/1‑147 (MQ=255) tgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACg < 5:384479/99‑1 (MQ=255) tgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACg > 6:384479/1‑99 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc > 4:314970/1‑132 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc < 3:314970/132‑1 (MQ=255) gTGGCCATCGGTTTGTTACCCTGGATGCTGGGCTGCCTGGGCGGCC‑C‑CCTTCG‑CGCCCACGCCCGCTCCCACCGGTACGGTCCCGGGCGCGACGGCGGGGGTCACCCTGCGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 6:343728/149‑1 (MQ=255) ggCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCTCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGc > 7:309045/1‑148 (MQ=255) gCATTGTTTTGTTTCCCTCGATTCTGGGTTGCCAGGGCTG‑GCC‑TATTCG‑CGGGCACGCCCCCACCCACAGGTACTGTGCACTGCCTGACGGCTTTGGAGACCCTGTTGTAGCGGGCGTTCCCGCGAAGACGACTGACCAGCTAATGc > 6:413645/1‑147 (MQ=255) ttgttcCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 3:311067/148‑1 (MQ=255) cccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtg > 7:320157/1‑149 (MQ=255) cccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCAACCACAGGTACAGTGCACTGCGAGAAGGCTTTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGACGCCTGACCAGCTAAAGCAAAGTGTGAGGctcgg > 4:111350/1‑147 (MQ=25) cTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGAc > 3:311607/1‑114 (MQ=255) tGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTaaaag > 2:21612/1‑147 (MQ=255) ggggTGGCCGGGGCTG‑G‑CGTCTTCG‑CGGGCACGCCGGCTCCCCCTGGTACTGTGCAGTGGGTGACGGCTGTGGTGACCCTGGGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAt < 3:111350/147‑1 (MQ=255) gTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCCCTCCCACAGGTACGGTGCAGGGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCCCGAAGCGGCCAGACCTGCTAATGCAAGGGGTGAGGCGCTGTGGGTAAATGCGa > 6:357304/1‑149 (MQ=37) gTTGCCGGGGCTG‑GCC‑TTTGCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACCGTTACTGTTCTTTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGCGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGa < 1:351912/149‑1 (MQ=37) cTGGGCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCa > 1:330835/1‑149 (MQ=255) gggCTG‑GCC‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATc > 5:169163/1‑149 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATC > NC_002947/1419401‑1419689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |