New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1906682 = | 55 (0.750) | 8 (0.130) | 7/226 | 7.9 | 16.7% | intergenic (+22/+106) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
? | NC_002947 | 1906776 = | 35 (0.580) | intergenic (+116/+12) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACAT > NC_002947/1906535‑1906828 | gCAGCGCCGGTCTACAAGCAGCAGTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGCTGGCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCgg < 5:200311/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCAGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCg < 2:237648/148‑1 (MQ=255) gccgcTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCctct > 5:326072/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACg < 6:326072/149‑1 (MQ=255) gctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGaa > 3:255858/1‑148 (MQ=255) gctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAt < 3:289039/149‑1 (MQ=255) ggAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGc > 3:114148/1‑149 (MQ=255) gAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGcc > 6:207552/1‑149 (MQ=255) gtggCTGGAGGATGCCGGGCAGCGGTTGCGGGTGTGGCCTGTGCGGGTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCtt < 1:306637/149‑1 (MQ=255) tgtCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTg < 5:92939/149‑1 (MQ=255) tCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGt > 6:372564/1‑148 (MQ=255) cTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTaa > 4:193433/1‑149 (MQ=255) ggaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACgg > 7:102813/1‑149 (MQ=255) gaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATATGCACCGCCTTGTAATACGgc > 7:54113/1‑149 (MQ=255) ccGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑Gcc < 3:193433/148‑1 (MQ=255) ccGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑Gcc < 1:27236/148‑1 (MQ=255) cGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCCAGCCCCCGCCTACGGCATCAGGCCCGGCGTGTAATACGGG‑GCCgc > 3:342580/1‑148 (MQ=255) gTTGCTGGTGTGGCCGGTGCGGGTGCAGGGGGTGGCGGGGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACGCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 7:327704/100‑1 (MQ=37) gTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTgg < 7:227112/148‑1 (MQ=255) gTTGCGGGAGTGGCCGGTGCGGTTCAAGGGGGAGGCGGTCGAGCTGGCGGAGGCCTGATACCCCTTTGCTGCATGTGCCGGCCTCGTCGCCGGCAAGcac > 8:327704/1‑98 (MQ=255) ggggGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCgg < 6:160460/149‑1 (MQ=255) gggTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGCCAGGCCCCTACGACGGAAACAGCACCCCCGTGTAATACCGC‑GCCCCCCCGGTGGGAGccg > 1:164038/1‑147 (MQ=255) gtgGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCtt < 6:258551/149‑1 (MQ=255) ggggCCGGTGCGGGTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCtt < 7:169762/147‑1 (MQ=255) ggCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTgg < 4:182540/137‑1 (MQ=255) ggCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTgg > 3:182540/1‑137 (MQ=255) gCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGcc < 5:372564/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGc < 2:325994/148‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGc > 1:325994/1‑148 (MQ=255) ccGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGccc < 4:255858/149‑1 (MQ=255) cGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCGTGTAATACCGC‑GCCGACCCAGTGGGAGCGGGCTTGCCcg > 8:102319/1‑149 (MQ=255) cGGTGCGCTTGAAGGCGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCGTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcg < 3:203572/149‑1 (MQ=255) cGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGCAAACCCCCGACAAAGGCATCAGCGACTCCAAGTAATACGGC‑GCCGACCCCGTGGGCGCGGGCTTTCCggcc > 2:238385/1‑145 (MQ=255) ggTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGc < 2:425930/140‑1 (MQ=255) ggTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGc > 1:425930/1‑140 (MQ=255) gTTGCAGGGGGAGGCGGGGGAGCGGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAagag < 4:315375/149‑1 (MQ=255) gggggAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCTCCGACGGAATCTGCACCGCCGTGTAATACGGC‑GCCGACCCGGTGGGAGCGGGCTTGGCCGCGCAGAGGCCAg > 1:232649/1‑148 (MQ=39) gCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTg < 8:347559/74‑1 (MQ=255) gCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTg > 7:347559/1‑74 (MQ=255) ggggCGGTGGCGTGAAACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGCCCTCTTCGCGGCCACGCCCGCTCCAACGGACTCTCCCCCGCCTTTAAATAGGGC‑GCCGCCCCGGTGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATa < 4:342580/147‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGCCTAGATaac > 7:391721/1‑148 (MQ=255) ggCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCAGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAAccc > 5:345998/1‑149 (MQ=255) gCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAAcccc > 2:275556/1‑149 (MQ=255) cTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTCTAATACGGC‑GCCGACCCTGTgg < 7:275284/94‑1 (MQ=255) cTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCCTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTg > 5:412801/1‑149 (MQ=255) taaCCCTTTTGCTGCGTGGGCGGGCGTGTTGGCGGGAACGCCGGCGCCTAC‑TAAACCGCACCCGCTTTTAAATCGGCGGCACACCCGGGGGTGGGGGTGTGGCCCGGTAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTgcg < 6:269429/146‑1 (MQ=255) tACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCGCCTACGGAATCTGCCCCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTgcggc < 3:149905/149‑1 (MQ=255) cccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGc > 4:84850/1‑95 (MQ=255) cccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATATGCACCGCCTTGTAATAAGGG‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCGGCCCGCACAAGCCGACGAGATAACCCACCCCGGCGGCGTg > 8:316680/1‑149 (MQ=37) cccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGCCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGc < 3:84850/95‑1 (MQ=255) gctgcCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGccc < 5:207552/148‑1 (MQ=255) gcCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCGTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATa < 1:349174/122‑1 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCATAGGTAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCaaa < 4:114148/149‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTACTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGCCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACAt > 2:357882/1‑149 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCCCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATaaccaaa > 2:364733/1‑119 (MQ=255) | GCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGC‑GCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACAT > NC_002947/1906535‑1906828 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |