Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,537,047 | 0 | C | A | 22.9% | 95.6 / 12.7 | 49 | intergenic (+24/+79) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/24); new base A (10/1); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCGTGACCTACGCGCAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTC > NC_002947/5536899‑5537194 | gCGTGACCTACGCGCAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTc < 7:223418/149‑1 (MQ=255) tGACCTACGCGCAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCAcc < 4:22137/149‑1 (MQ=255) cTACGCGCAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCcgc > 5:182306/1‑148 (MQ=255) cgcAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAc < 2:431150/149‑1 (MQ=255) aGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAg < 1:366894/149‑1 (MQ=255) gATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAgg < 3:403401/149‑1 (MQ=255) gATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACAAgg < 4:186920/149‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAAACCGCGCATACGAGGGTg > 5:86593/1‑149 (MQ=255) gATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTg < 8:19474/148‑1 (MQ=255) ttCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCAc > 5:75624/1‑149 (MQ=255) tGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGTCCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAAc > 5:359725/1‑141 (MQ=255) tGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGTCCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAAc < 6:359725/141‑1 (MQ=255) cATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGTTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACg < 3:126474/148‑1 (MQ=255) cATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACg > 2:89262/1‑148 (MQ=255) ggCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGCATAAGCGGGTGAACCCACCGCCCCAt > 8:390073/1‑147 (MQ=255) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg > 3:49081/1‑149 (MQ=25) gTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTg > 6:101438/1‑148 (MQ=255) gCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTcc < 4:49081/149‑1 (MQ=21) cAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCCAAAAAGAAGGTGAACCCACCGACCCAATAGCGGGTGAACCCCCta > 6:157233/1‑146 (MQ=255) aGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGAGGGTTAACCCGCGAATAACACGGTGAAACCACCGACGCCATCCCGGGTGAACCCGCGccag > 8:230781/1‑147 (MQ=255) cGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCCCGAAAACGAGGGTGAACCCACCCACGCATTAGCGGGTGAACCCGCGCCTg > 3:102541/1‑147 (MQ=255) gACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCggga < 7:341778/129‑2 (MQ=255) gACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCggga > 8:341778/1‑128 (MQ=255) aCATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGGTCACCCGCGAATAAGAGGGTGAACCCACCGCCGCCTTCGCGGGTGAAACCGCACCTGCAG‑GGTTc > 6:81671/1‑149 (MQ=255) tcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGAc < 4:198958/107‑1 (MQ=255) tcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGAc > 3:198958/1‑107 (MQ=255) ccACCTACCGCAAGACCCAGCCCAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCtt < 7:390073/149‑1 (MQ=255) ccGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTAc < 6:75624/149‑1 (MQ=255) ggCAACACCCAGCACACGGGCTATCTGCCGTTCGGTCCTTTATATGTGGCGTCCCGGTGGGGTTTAACCGGCTATTACGCGGGTTATCCCACCGACGCATTCGGGGGTTAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACt < 4:102541/148‑1 (MQ=255) aaGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGa < 5:81671/149‑1 (MQ=255) ccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCCCGAAGAAGAGGGTGAACCCACCGCCCCATTAGCGGGTGAACACGCGCCAGCAC‑GGTTAGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGaacat > 6:384618/1‑144 (MQ=255) cacaAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTTATAAGTGGCCTGCAGCAGCGGGTTCACCCGCGAATACTAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCt < 5:157233/149‑1 (MQ=255) acaAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTTACCCCCGGATAAGCGGGTGGACCCCCCCACCCCATAGCGGGGGGACCCCCGCCAGGAG‑GGGTGGCCGGGAGGCGTTGGATTCTTTACGCTGAccag > 4:407555/1‑147 (MQ=255) caAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCCACCCATTAGCGGGTGAACCCGCTCCAGCAG‑GGTTAGCCGTCAGCCGTTGATTAAATGACGATGACCTTg > 6:191251/1‑149 (MQ=255) caAGCGCGAACTGCCGTCGGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGTGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTTAACCAACCTACTCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCTTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTg < 7:230781/149‑1 (MQ=255) aaggagcgAACGGCAGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTg > 1:318279/6‑149 (MQ=255) gAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGAGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtc < 1:89262/149‑1 (MQ=255) ccGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc < 5:191251/148‑1 (MQ=255) cGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGGGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTTAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGAt < 6:128637/148‑1 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCTAATACGTGGGGGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTgg < 6:182306/149‑1 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtcatc < 6:207633/137‑1 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtcatc > 5:207633/1‑137 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAAACCGCGAATAAGATGGTGAACCCACCCACGCATTAGCGGGTGAAACCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTAAATTACCATGAACTTGCCTTTCATAATACAGATGTgg > 2:70506/1‑149 (MQ=255) gATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCCCCCATAAGCAGGTGAAACCACCCCCCCAATCACGGGTTAAACCCCTCCAGAAA‑GGTGCGCCGACATCCAGTGATTAATTTACCCTTACCATGCCGTATATCATCGACAATTGGCCAgg > 6:431768/1‑149 (MQ=255) aGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAg < 5:101438/149‑1 (MQ=255) gCCTGCAGGCGCGGGTTCACCGGCTAATACGAGGGTCAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGt < 7:47831/147‑1 (MQ=255) atctggAGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTTAACCCACCGACGCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCaga < 1:235963/145‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTAACCCGCGAAAACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTAGCCGTCAGCCTTTGATTAATTGAAGATGACCTTTCCTTTCATAATAGAGATGTGGCCCGGGAAGGTTCagaaata > 2:235963/1‑145 (MQ=37) gttccACCCGCGAATCCGAGGGTGAACCCACCGTCGCATGCGGGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTa < 7:158891/145‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAg > 1:228656/1‑149 (MQ=255) ttCACCCTCGTATTCGCGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGt > 7:73929/1‑149 (MQ=255) cACCCGCTAATAGGTGGGGAAACCCACGGACGCTTTCGCGGTTTAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTc < 5:431768/148‑1 (MQ=255) | GCGTGACCTACGCGCAGATCGATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAG‑GGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTC > NC_002947/5536899‑5537194 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |