Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,355,046 | Δ1 bp | 11.5% | coding (246/681 nt) | modB → | molybdate ABC transporter permease ModB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,355,046 | 0 | G | . | 11.5% | 156.8 / 15.1 | 52 | coding (246/681 nt) | modB | molybdate ABC transporter permease ModB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/23); new base . (2/4); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.62e-01 |
GTGGCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGCGAGCCA > NC_002947/4354902‑4355194 | gtggCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATGGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTa < 2:22799/148‑1 (MQ=255) gtggCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCt < 3:85651/147‑1 (MQ=255) tCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTg > 8:101934/1‑149 (MQ=255) tCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTg > 7:142435/1‑149 (MQ=255) gcgcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGC‑CTAGCGCCTgg < 2:363890/148‑1 (MQ=255) gagcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGTGCCGTTGTTTGCGGTGGTGGTTCTGGCGCTTGTAATGCCTCAGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATGTCCCTTTGCACGAAGGGCT‑GGGTTGGTCAGTCCACGCAGTCGATAG‑GCCTgg < 8:335499/146‑1 (MQ=255) cgccgaCGCGCGCTTGGCGGCGCGGGCCGGTGGGGGCCGGGGTGGCACTGCCGCTGGGACCGCCACCGACGGTGCTCGGGTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGC‑CTAGCGCCTgggt < 3:96238/144‑2 (MQ=255) gcgcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGC‑CTAGCGCCTggg < 8:312653/147‑1 (MQ=255) gcACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGC‑CTAGCGCCTgggtggc < 7:37002/149‑5 (MQ=255) cACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAgtg < 1:52464/149‑1 (MQ=255) cACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAgtg < 6:67160/149‑1 (MQ=255) aCGCGCTCTTGGCTGCGCGGTCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGGCGCTGGTACTGGCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACTGCT‑GGCGTTGTCAGGGCAGCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAgtgt < 8:179640/149‑1 (MQ=255) gcTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGtgtg < 6:203513/146‑1 (MQ=255) gcTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGtgtg > 5:203513/1‑146 (MQ=255) ctTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGtt > 5:282423/1‑148 (MQ=255) ggCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAg < 8:142435/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGc > 1:38069/1‑149 (MQ=255) cgcgGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGCGCAGTGTGGTGTTCAGCTTcac < 7:231882/149‑1 (MQ=255) cgGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAg < 6:163981/149‑1 (MQ=255) ggtgggtgCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTgg < 7:101934/149‑1 (MQ=255) gtgggtgCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTTCCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGt < 1:132624/149‑1 (MQ=255) gtggCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGAc > 3:58839/1‑149 (MQ=255) cACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGgtg < 6:282423/149‑1 (MQ=255) aCTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGgtg > 2:233746/1‑148 (MQ=255) cTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGGCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCAt < 6:119385/149‑1 (MQ=255) gTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGcc > 6:16859/1‑149 (MQ=255) ccACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgt > 3:61602/1‑149 (MQ=255) aCCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgtgg > 6:204015/1‑149 (MQ=255) aCCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgtgg > 5:13423/1‑149 (MQ=255) ggTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAAc > 5:315666/1‑149 (MQ=255) ggTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAAc < 5:89561/149‑1 (MQ=255) ggTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAAc > 5:249760/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAAcccc < 4:61602/148‑1 (MQ=255) tCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgtggt > 4:229494/1‑139 (MQ=255) tCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCgtggt < 3:229494/139‑1 (MQ=255) ccTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCt < 5:16859/149‑1 (MQ=255) gTTGATCGCCCTTGGCCCGCCCGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTGCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTg > 3:187263/1‑149 (MQ=255) gTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTg > 8:198575/1‑149 (MQ=255) gTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTg > 4:226677/1‑149 (MQ=255) ttGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCTGGGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTg > 1:198545/1‑149 (MQ=255) tCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGAtt > 2:124502/1‑89 (MQ=255) tCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGAtt < 1:124502/89‑1 (MQ=255) gCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGAt > 6:136571/1‑149 (MQ=255) gCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGAt < 4:58839/149‑1 (MQ=255) ggct‑ggctTGGTTAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCt > 7:251887/1‑149 (MQ=255) gct‑ggctTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTg < 7:198575/149‑1 (MQ=255) tCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCGTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTcgccg > 5:72788/1‑149 (MQ=255) aGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTcgccgc > 4:104510/1‑148 (MQ=255) tgcccAGGC‑CTAGCGCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTActc > 7:217708/3‑149 (MQ=255) tgcccAGGC‑CTAGCGCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGAGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTActc > 7:223388/3‑149 (MQ=255) ccAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGc < 5:136571/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGc < 5:204015/149‑1 (MQ=255) gcTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGCGagcca < 6:315666/149‑1 (MQ=255) | GTGGCTCGCGCGCACGCGCTCTTGGCTGCGCGGGCCGGTGGGTGCGGTGGTGGCACTGCCGCTGGTACTGCCACCGACGGTGATCGGTTTTTACCTGTTGATCGCCCTTGGCCCGCACGGCT‑GGCTTGGTCAGGCCACCCAGGCGCTAG‑GCCTGGGCAGTGTGGTGTTCAGCTTCACAGGCCTGGTGATTGGCTCGACGGTGTACTCCATGCCGTTCGTGGTGCAACCCCTGCAGAATGCCTTTGGCGCGATCGGCCAGCGCCCCCTGGAAGTCGCCGCTACTCTGCGAGCCA > NC_002947/4354902‑4355194 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |