| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,548:1 | +C | 100% | intergenic (‑37/+99) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 95.8% | 73.8 / ‑3.2 | 24 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (12/11); total (12/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGT > NC_002947/1419404‑1419674 | gCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑cct < 7:165254/148‑3 (MQ=255) caTGCCGGGTTCGATGAGGAACAGCGACTGACTGTTGTTATCGCCTTGGTAGAAGCAGGTATTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTCTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTCGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTctcg > 2:187540/2‑149 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 3:49886/149‑1 (MQ=255) aGTGTGGTTTTCGCCTTTGTAGAAGCAGGGCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa < 8:267570/148‑1 (MQ=39) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTTCAGTg > 7:36344/1‑149 (MQ=255) tgtggtTTTCGGCGTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGTCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGGTGTCCGTGGGCATT‑GTGTTGGTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGTCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAACTGTGCAGTg < 5:306514/149‑1 (MQ=37) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 2:256255/147‑1 (MQ=255) gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt > 4:154930/1‑148 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGATGTGGTGAc > 1:281684/1‑149 (MQ=39) cAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt < 3:154930/149‑1 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCT‑GGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCg > 5:357048/1‑149 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 7:18368/111‑1 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 8:18368/1‑111 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGc < 2:281684/147‑1 (MQ=255) ttCGGGGGGCATT‑GTTTTGTTCCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGGTGGCC‑TCTTCGGGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGGGCGGGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGTAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGc < 8:240838/148‑1 (MQ=25) gtCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGc > 7:176795/1‑149 (MQ=255) cGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGc > 7:240838/1‑147 (MQ=255) cATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt < 7:235725/117‑1 (MQ=255) cATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt > 8:235725/1‑117 (MQ=255) tCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAggat > 1:23903/1‑145 (MQ=255) tCCCTGGATGCTGGGTTGCCGGGGCGGGCC‑TCTTGGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGGGCTGTGGGTTACGGCGGGGTTGACCGTGTGGTAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGct < 2:23903/147‑1 (MQ=25) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACAGTGCAGTTCGTGACGGCTGTGGTGGCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt > 7:137969/1‑149 (MQ=37) gtttCTGGGTTGCGTGGGGGGG‑CGTCTTCGCGGGCACGCCCGTTCCCACTGGTAGTGTGCTGGGCTGGACGGTGTTGGTGCCCCTGGGGGAGGGGGGGGGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGt < 8:36344/147‑1 (MQ=255) aTTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGATAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGt > 5:296413/1‑148 (MQ=255) ttCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 5:48186/99‑1 (MQ=255) | GCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATT‑GTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGT > NC_002947/1419404‑1419674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |