| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,719,263:1 | +T | 8.5% | coding (390/585 nt) | nfuA → | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,719,263 | 1 | . | T | 8.5% | 223.1 / 14.1 | 59 | coding (390/585 nt) | nfuA | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (29/25); new base T (3/2); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATT > NC_002947/2719118‑2719395 | aCTACCCCACCCTCCGGCTTGGTGGCCATCTGACCATCATTGCGCCAAACGGCAATGTGCCGATTGGCAACGTATTCAGCCCGTTCTCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATggc‑g < 1:295354/149‑1 (MQ=255) cACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAggccg > 6:124205/1‑146 (MQ=255) cgaccgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAggccgggg < 5:124205/149‑7 (MQ=255) aTGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGa < 8:209044/149‑1 (MQ=255) ggTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGt < 3:22931/149‑1 (MQ=255) gCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGt < 8:6733/148‑1 (MQ=255) aGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGAt > 1:18564/1‑149 (MQ=255) aCCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACg < 2:253705/148‑1 (MQ=255) tCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAACACAGCCCG‑‑AACAACGAACGAATAAACTACTACCTACAGACCGAGATCAAACCCGGCCAGGCCAGCCATCGC‑GGCCAGGAGAGCCTGGTGCCCGTGGTCGATGCCGTCAtt > 8:108597/1‑149 (MQ=255) cAATGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTg < 3:181131/149‑1 (MQ=255) cAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTg > 4:148019/1‑149 (MQ=255) cgcCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAg < 7:327324/115‑1 (MQ=255) cgcCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAg > 8:327324/1‑115 (MQ=255) gcCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTAc > 6:245383/1‑149 (MQ=255) cAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTg > 4:330045/1‑149 (MQ=255) cAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTg < 2:18564/149‑1 (MQ=255) aaaCGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTg > 5:89932/1‑148 (MQ=255) aaCGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCa < 3:330045/149‑1 (MQ=255) aGGTGCCGTTGCTCAACTACTACCGCCCG‑‑AGCAACGAACGTAGCAACTACTACCTCCAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGGCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCggt < 6:101073/149‑1 (MQ=255) tGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGc > 8:62702/1‑149 (MQ=255) 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cGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGtt > 8:241400/1‑149 (MQ=255) aGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCg > 3:114375/1‑149 (MQ=255) gACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCgg < 7:346174/149‑1 (MQ=255) aCAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGc > 3:15347/1‑149 (MQ=255) aGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCa < 7:62702/149‑1 (MQ=255) cG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGcc > 6:95732/1‑149 (MQ=255) tCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTTGTGGACGTGGTCGATGCCGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGAt < 7:108597/149‑1 (MQ=255) aacgaacgTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCg > 4:217772/1‑136 (MQ=255) aacgaacgTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCg < 3:217772/136‑1 (MQ=255) cgaacgTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTTGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCa < 4:15347/149‑1 (MQ=255) cgaacgTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTCCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCa < 7:155477/149‑1 (MQ=255) gTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATCTCACCCTg < 6:56611/149‑1 (MQ=255) aaCTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtg < 3:45046/63‑1 (MQ=255) aaCTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtg > 4:45046/1‑63 (MQ=255) actactACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaagg > 3:337224/1‑147 (MQ=255) actactACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaagg > 3:342517/1‑147 (MQ=255) ctactaCCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaaggaag > 6:281773/1‑149 (MQ=255) ctactaCCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaaggaag > 6:361343/1‑149 (MQ=255) ctactaCCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaaggaag < 5:245383/149‑1 (MQ=255) ctacctacAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGc < 2:207964/148‑1 (MQ=255) tacctacAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCAt > 5:70357/1‑149 (MQ=255) aGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGcc < 2:350026/114‑1 (MQ=255) aGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGcc > 1:350026/1‑114 (MQ=255) ccGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCAcc < 2:41613/149‑1 (MQ=255) cGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaa < 5:372798/129‑1 (MQ=255) cGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaa > 6:372798/1‑129 (MQ=255) cGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAg > 7:44080/1‑142 (MQ=255) cGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAg < 8:44080/142‑1 (MQ=255) cGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCAccc > 7:296015/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCg > 8:262239/1‑148 (MQ=255) tcaccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGc < 6:288428/143‑1 (MQ=255) tcaccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGc > 5:288428/4‑146 (MQ=255) cGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTa > 1:194645/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGCCGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCCAGCGCACACTGCTCGAGCGTAtt > 7:253425/1‑149 (MQ=255) accTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTAtt > 1:292013/2‑149 (MQ=255) | ACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCG‑‑ATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATT > NC_002947/2719118‑2719395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |