| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1635761 | 48 (0.820) | 4 (0.070) +CTT |
4/256 | NT | 13.6% | intergenic (+107/‑63) | era/recO | GTPase Era/DNA repair protein RecO |
| ? | NC_002947 | 5681433 = | 4 (0.070) | intergenic (‑151/+53) | PP_4986/PP_4987 | hemolysin III family channel protein/putative Chemotaxis protein | |||||
AACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGCTTTCATTGCCACTGCATGAACCGCGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCCACCTGCACCG > NC_002947/5681286‑5681580 | cagacctcctgaggtgggctgggttcctgttgtgatgctgatggcttcgttctttgtgggagcggccttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATc < 2:310171‑M2/19‑1 (MQ=255) agacctcctgaggtgggctgggttcctgttgtgatgctgatggcttcgttctttgtgggagcggccttgtgtggcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttaatttccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCtatag > 3:316707‑M2/130‑147 (MQ=255) agacctcctgaggtgggctgggttcctgttgtgatgctgatggcttcgttctttgtgggagcggccttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATcg < 1:16972‑M2/20‑1 (MQ=255) gacctcctgaggtgggctgggttcctgttgtgatgctgatggcttcgttctttgtgggagcggccttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATcgc < 3:291661‑M2/21‑1 (MQ=255) cctcctgaggtgggctgggttcctgttgtgatgctgatggcttcgttctttgtgggagcggccttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGa < 4:3901‑M2/23‑1 (MQ=255) gggttcctgttgtgatgctgatggcttcgttctttgtgggagcggccttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAgg < 4:70194‑M2/30‑1 (MQ=255) gggttcctgttgtgatgctgatggcttcgttctttgtgggagcggccttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAgg > 3:70194‑M2/111‑140 (MQ=255) ctgatggcttcgtgctttgtgggcccgcccttgtgtcgcgaacggggcccgacgcggccccaggctttcattgccactccatcacccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTAGCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGcc < 1:244215‑M2/56‑1 (MQ=255) ctcagggcttcgttgtttgtgggagcggccttgtgtcgctaatggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGc < 7:172758‑M2/55‑1 (MQ=255) cgttctttgtgggagcggccttgtgtcgctaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTc < 5:157255‑M2/65‑1 (MQ=255) ggagcggccttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactccatcaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCCACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGaccacc < 5:140361‑M2/51‑1 (MQ=255) cttgtgtcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGATGAGCAGCCCTATCGCGAAACAAGGCAGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCGCACATCCTAACAAAGTTCAgg > 4:94531‑M2/65‑149 (MQ=255) ttgtgtcgcgaaaggggcgctaagcggccccaggctttcattgccactgaatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACAAAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCaa < 1:176740‑M2/78‑1 (MQ=255) tgtgtcgcgatagggctgcgcagcagccccggcggttcatgcagtggcaatgaaagcctggggccgcttcgcgccccttTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGtt > 3:244635‑M2/80‑149 (MQ=255) ggccgcgaatggggcgccacgcggcccccggctttcattgccactgcatcacccgccgggGCTGCTGCGCAGCCTTATCGCTAAACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGc < 8:272258‑M2/89‑1 (MQ=255) gtcgcgatagggctgcgcagcagccccggcggttcatgcagtggcaatgaaagcctggggccgcttcgcgccccttTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTg > 5:220930‑M2/77‑147 (MQ=255) tcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACAt < 3:328802‑M2/69‑1 (MQ=255) tcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAg < 1:1563‑M2/79‑1 (MQ=255) tcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAg > 2:1563‑M2/59‑137 (MQ=255) tcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTg > 6:375596‑M2/59‑146 (MQ=255) tcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAACGCCGCTCCCACTCCAGACCACCACGCCCAGCGCCTCACAt > 4:328802‑M2/59‑127 (MQ=255) tcgcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATAGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTg > 2:73053‑M2/59‑146 (MQ=255) gcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCa < 7:189468‑M2/90‑1 (MQ=255) gcgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATAGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCCGACCACCAGGCCCGGCGCCGCACATCCTAAACAAGGTCAGGTTGCa > 8:189468‑M2/57‑146 (MQ=255) cgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTc < 4:272713‑M2/65‑1 (MQ=255) cgaaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTc > 3:272713‑M2/56‑120 (MQ=255) aaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGAt > 7:312640‑M2/54‑146 (MQ=255) aaaggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGAt < 8:312640‑M2/93‑1 (MQ=255) gggtgcgctaagcggcccaaggatttcattgcaactgcattaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGAAAAAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCcgcg < 5:91260‑M2/98‑1 (MQ=255) ggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGCCACAAGGCCGCTCCCACTCCAGCCCACCAGGCCCTGCGCCGGCCAAGCTAACCAAGGGCAGGTTGCAGGTccgcgg > 4:34421‑M2/51‑148 (MQ=255) ggggcgcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGt > 8:79137‑M2/51‑149 (MQ=255) ctgcgcagcagccccggcggttcatgcagtggcaatgaaagcctggggccgcttcgcgccccttTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCAc < 6:220930‑M2/85‑1 (MQ=255) gcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCaa > 5:200561‑M2/46‑123 (MQ=255) gcgaagcggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCaa < 6:200561‑M2/78‑1 (MQ=255) cggccccaggctttcattgccactgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCTAAACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGc < 4:316707‑M2/110‑1 (MQ=255) caggctttcattgccagtgcattaacggccgggGCGGCTGCGCAGCCCTATCGCGACAAATGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTcc 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tgcatgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCGCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCgg > 2:235451‑M2/17‑149 (MQ=255) atgaaccgccgggGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTAc > 1:194545‑M2/14‑149 (MQ=255) accgccgggGCTGCTGCGAAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCGGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCcgc < 3:94531‑M2/140‑1 (MQ=255) aagcctggggccgcttcgcgccccttTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCcgc < 4:244635‑M2/123‑1 (MQ=255) ctgctgCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCt < 3:34421/149‑1 (MQ=255) ctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAAt > 5:63802/1‑115 (MQ=255) ctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAAt < 6:63802/115‑1 (MQ=255) gcgcAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcacc > 7:252628/1‑148 (MQ=255) ccTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCCACCTGCa < 1:73053/149‑1 (MQ=255) cTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcac < 7:57554/139‑1 (MQ=255) cTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcac > 8:57554/1‑139 (MQ=255) aTCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCCACCTGCACCg > 6:178010/1‑149 (MQ=255) tCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCCACCTGCAcc < 8:172450/147‑1 (MQ=255) | AACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGCTTTCATTGCCACTGCATGAACCGCGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCCACCTGCACCG > NC_002947/5681286‑5681580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |