| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,819 | A→C | 14.3% | intergenic (‑69/+60) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,819 | 0 | A | C | 14.3% | 116.0 / 10.0 | 47 | intergenic (‑69/+60) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/19); new base C (4/3); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
CTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGG > NC_002947/337676‑337960 | ctgGTGCTCGATCAGGTACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCaa < 4:260567/149‑1 (MQ=255)ccggTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTc > 2:305456/3‑147 (MQ=255) ggTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCAAgg > 6:90406/1‑149 (MQ=255) 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5:343728/149‑1 (MQ=255) gggCATGGCAAGGAGGTGTGGTGGTTTTGTGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCGGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCACGGTGGGCGCTACACGTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggca < 3:233103/149‑1 (MQ=38) ggCAGGGCACGTATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCGTATTCCCGGGCACGCCCGCTCCCCCTGTTATC‑GCGCC‑A‑CATTCATGGTTGGCGCTACACGTGTGGGAGGGGGGGGGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag < 4:243436/149‑1 (MQ=255) ggCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATc > 5:141382/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCagcagc < 1:217841/149‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑C‑CATTCAAGGTTGGCGCTACCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAGGCAGTCAGTGCGGGCTCAGCGGCCTTGGCAGGCAGCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTg > 5:65638/1‑148 (MQ=38) 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5:365418/148‑1 (MQ=255) cacaGGTGTA‑GCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggc > 6:317484/1‑91 (MQ=14) cacaGGTGTA‑GCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggc < 5:317484/91‑1 (MQ=14) caGGTGTA‑GCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 8:15897/1‑145 (MQ=25) aGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 2:223809/1‑144 (MQ=255) aGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 3:26221/1‑144 (MQ=255) cgcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg > 8:157368/1‑148 (MQ=255) cc‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg > 4:102464/1‑146 (MQ=255) cga‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCACGCGAAGCAGTCAGAGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTAGCACCAGCATGACCGAGATCACCAgg > 5:257167/3‑146 (MQ=255) a‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCt < 2:297492/117‑1 (MQ=255) | CTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATA‑GCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGG > NC_002947/337676‑337960 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |