Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,566,737 | G→T | 7.9% | A136S (GCG→TCG) | treZ → | malto‑oligosyltrehalose trehalohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,566,737 | 0 | G | T | 7.9% | 154.7 / 4.4 | 51 | A136S (GCG→TCG) | treZ | malto‑oligosyltrehalose trehalohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/23); new base T (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.26e-01 |
AGTGGATGTGGCCGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATG > NC_002947/4566589‑4566883 | aGTGGATGTGGCCGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAgcg > 2:212188/1‑149 (MQ=255) gTGGATGTGGCCGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAgcg < 5:111362/148‑1 (MQ=255) gTGGATGTGGCCGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGGCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGTGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAgcg < 1:76365/149‑1 (MQ=255) cGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGa > 7:37704/1‑149 (MQ=255) gTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATg < 1:212188/149‑1 (MQ=255) cGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCTCGATCGCGCTGATAccca < 2:301343/149‑3 (MQ=255) cGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCTCGATCGCGCTGATAccc < 2:297968/148‑2 (MQ=255) gCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCt > 7:91511/1‑149 (MQ=255) ccTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTg < 6:155262/149‑1 (MQ=255) cTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTgg < 1:357255/149‑1 (MQ=255) aaCACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAg > 1:58488/1‑149 (MQ=255) ccGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTccc > 3:145227/1‑149 (MQ=255) cGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTcccc > 5:173816/1‑149 (MQ=255) gCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGc < 6:173816/148‑1 (MQ=255) gCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGc > 1:284442/1‑148 (MQ=255) cAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCg > 4:121553/1‑148 (MQ=255) aaGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTggg > 2:51992/1‑133 (MQ=255) aaGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTggg < 1:51992/133‑1 (MQ=255) ggccggccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACg > 6:251855/1‑149 (MQ=255) cggccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTTGGGCAGTTcccc < 6:110370/138‑1 (MQ=255) cggccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTTGGGCAGTTcccc > 5:110370/1‑138 (MQ=255) gccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAAtt < 4:141655/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑gg < 1:215780/127‑1 (MQ=255) aGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑gg > 2:215780/1‑127 (MQ=255) cGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTgggg < 8:249024/138‑1 (MQ=255) cGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTgggg > 7:249024/1‑138 (MQ=255) ccAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTcc > 2:24147/1‑149 (MQ=255) gaggTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTa < 2:58488/149‑1 (MQ=255) gaggTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTa < 3:121553/149‑1 (MQ=255) aggccgtGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACg < 6:151818/143‑1 (MQ=255) gCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGccc > 4:87356/1‑149 (MQ=255) tGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCca > 2:88372/1‑148 (MQ=255) tCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCcaca < 2:27555/148‑1 (MQ=255) tCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCcaca < 4:145227/148‑1 (MQ=255) cTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAacac > 3:250736/1‑149 (MQ=255) tGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACAcc > 5:42100/1‑149 (MQ=255) cTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTa < 3:87356/149‑1 (MQ=255) ggggTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACgg > 6:182958/1‑148 (MQ=255) aCGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGccc < 4:160570/148‑1 (MQ=255) gCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGCTCGAGCTGATGCCGGTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACTACGGCGGACTCGCTTACGCCCGACAGACCCACTACGGCAGcgcc > 5:199008/1‑147 (MQ=255) gTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCt > 1:325534/1‑149 (MQ=255) aaCTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACtg < 1:24147/149‑1 (MQ=255) cgcgCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAc < 8:91511/149‑1 (MQ=255) cgcgCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAc > 4:318202/1‑149 (MQ=255) cgcCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCa < 1:88372/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAACTGGGTCTCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAgg < 8:37704/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAgg < 4:102656/149‑1 (MQ=255) tGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAcc > 7:269232/1‑144 (MQ=255) tGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAcc < 8:269232/144‑1 (MQ=255) gCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCcca > 1:10919/1‑149 (MQ=255) ggcaTCAGCTCGATCGCGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCCGGGCGAACGCAATTGGGGCTACGCCGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCACCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCccacggccacg > 1:256590/4‑149 (MQ=255) ggcaTCAGCTCGATCGCGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCccacggccacgg > 5:226073/4‑149 (MQ=255) tATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCctacggccaactgc < 4:250736/149‑6 (MQ=255) aGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGAt > 3:56392/1‑149 (MQ=255) gcgcGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACtg < 3:348184/119‑1 (MQ=255) gcgcGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACtg > 4:348184/1‑119 (MQ=255) gcgcGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATg < 5:182958/149‑1 (MQ=255) | AGTGGATGTGGCCGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCG‑GGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATG > NC_002947/4566589‑4566883 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |