Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,566,744 | A→C | 8.8% | E138A (GAG→GCG) | treZ → | malto‑oligosyltrehalose trehalohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,566,744 | 0 | A | C | 8.8% | 160.0 / 7.5 | 57 | E138A (GAG→GCG) | treZ | malto‑oligosyltrehalose trehalohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/27); new base C (2/3); total (27/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 |
CGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATGGTGCTGGTC > NC_002947/4566601‑4566892 | cGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGa > 7:37704/1‑149 (MQ=255) gTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATg < 1:212188/149‑1 (MQ=255) cGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCTCGATCGCGCTGATAccca < 2:301343/149‑3 (MQ=255) cGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCTCGATCGCGCTGATAccc < 2:297968/148‑2 (MQ=255) gCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCt > 7:91511/1‑149 (MQ=255) ccTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTg < 6:155262/149‑1 (MQ=255) cTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTgg < 1:357255/149‑1 (MQ=255) aaCACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAg > 1:58488/1‑149 (MQ=255) ccGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTccc > 3:145227/1‑149 (MQ=255) cGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTcccc > 5:173816/1‑149 (MQ=255) gCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGc > 1:284442/1‑148 (MQ=255) gCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGc < 6:173816/148‑1 (MQ=255) cAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCg > 4:121553/1‑148 (MQ=255) aaGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTggg > 2:51992/1‑133 (MQ=255) aaGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTggg < 1:51992/133‑1 (MQ=255) ggccggccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACg > 6:251855/1‑149 (MQ=255) cggccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTTGGGCAGTTcccc < 6:110370/138‑1 (MQ=255) cggccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTTGGGCAGTTcccc > 5:110370/1‑138 (MQ=255) gccTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAAtt < 4:141655/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑gg < 1:215780/127‑1 (MQ=255) aGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑gg > 2:215780/1‑127 (MQ=255) cGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTgggg > 7:249024/1‑138 (MQ=255) cGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTgggg < 8:249024/138‑1 (MQ=255) ccAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTcc > 2:24147/1‑149 (MQ=255) gaggTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTa < 2:58488/149‑1 (MQ=255) gaggTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTa < 3:121553/149‑1 (MQ=255) aggccgtGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACg < 6:151818/143‑1 (MQ=255) gCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGccc > 4:87356/1‑149 (MQ=255) tGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCca > 2:88372/1‑148 (MQ=255) tCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCcaca < 4:145227/148‑1 (MQ=255) tCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCcaca < 2:27555/148‑1 (MQ=255) cTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAacac > 3:250736/1‑149 (MQ=255) tGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACAcc > 5:42100/1‑149 (MQ=255) cTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTa < 3:87356/149‑1 (MQ=255) ggggTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACgg > 6:182958/1‑148 (MQ=255) aCGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGccc < 4:160570/148‑1 (MQ=255) gCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGCTCGAGCTGATGCCGGTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACTACGGCGGACTCGCTTACGCCCGACAGACCCACTACGGCAGcgcc > 5:199008/1‑147 (MQ=255) gTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCt > 1:325534/1‑149 (MQ=255) aaCTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACtg < 1:24147/149‑1 (MQ=255) cgcgCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAc < 8:91511/149‑1 (MQ=255) cgcgCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAc > 4:318202/1‑149 (MQ=255) cgcCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCa < 1:88372/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAACTGGGTCTCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAgg < 8:37704/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAgg < 4:102656/149‑1 (MQ=255) tGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAcc < 8:269232/144‑1 (MQ=255) tGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGAcc > 7:269232/1‑144 (MQ=255) gCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCcca > 1:10919/1‑149 (MQ=255) ggcaTCAGCTCGATCGCGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCCGGGCGAACGCAATTGGGGCTACGCCGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCACCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCccacggccacg > 1:256590/4‑149 (MQ=255) ggcaTCAGCTCGATCGCGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCccacggccacgg > 5:226073/4‑149 (MQ=255) tATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCctacggccaactgc < 4:250736/149‑6 (MQ=255) aGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGAt > 3:56392/1‑149 (MQ=255) gcgcGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACtg < 3:348184/119‑1 (MQ=255) gcgcGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACtg > 4:348184/1‑119 (MQ=255) gcgcGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATg < 5:182958/149‑1 (MQ=255) ctcgATCGCGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATgg < 6:226073/147‑1 (MQ=255) gATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCACGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATGGTGc < 6:42100/149‑1 (MQ=255) tCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATGGTGCTg < 2:284442/149‑1 (MQ=255) aGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATGGTGCTGGTc > 8:44419/1‑149 (MQ=255) | CGGTTACGCCTGGCAACACCCGTGGCAAGGCCGGCCTTGGCATGAGGCCGTGATCCAGGAGGTGCATGTCGGCCTGCTCGGGGGTTACGCCGGGGTTGCCCGGCAACTGCCGCGCCTGGCCGAACTGGGTATCAGCGCGATCGAGCTGATGCCGCTGGGGCAGTTCCCC‑GGCGAACGCAATTGGGGCTACGACGGCGTACTCCCTTACGCCCCACAGAACACCTACGGCAGCCCCGAGCAGCTGTGCGCACTGGTGGACCAGGCCCACGGCCACGGGCTGATGGTGCTGGTC > NC_002947/4566601‑4566892 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |