Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,568,619 | C→G | 12.2% | A183A (GCC→GCG) | malQ → | 4‑alpha‑glucanotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,568,619 | 0 | C | G | 12.2% | 133.1 / 11.1 | 49 | A183A (GCC→GCG) | malQ | 4‑alpha‑glucanotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/20); new base G (3/3); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 |
CGCCAACACGCTGTCACAGCCTGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCCTGCTGGGTGAACGGG > NC_002947/4568471‑4568767 | cgcCAACACGCTGTCACAGCCTGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCGGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGgcc < 7:263559/149‑1 (MQ=255) gcCAACACGCTGTCACAGCCTGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGgccg < 8:72976/149‑1 (MQ=255) tGTCACAGCCTGGAAGTAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCGGCCGAgcgggc > 6:281694/1‑146 (MQ=255) tGTCACAGCCTGGAAGTAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCGGCCGAgcgggc > 6:276573/1‑146 (MQ=255) tCACAGCCTGGAAGTAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCGGCCGAgcgggc < 5:281694/147‑4 (MQ=255) tCACAGCCTGGAAGTAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCGGCCGAgcgggc < 5:276573/147‑4 (MQ=255) acaGCCTGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGcc > 2:157813/1‑149 (MQ=255) caGCCTGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCGGCCGAgcgg > 4:198014/1‑141 (MQ=255) caGCCTGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCGGCCGAgcgg < 3:198014/142‑2 (MQ=255) tGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGCGCGCGGCGCCGATGcc > 7:19450/1‑149 (MQ=255) aaGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTAt < 4:259059/149‑1 (MQ=255) aGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATc < 1:157813/149‑1 (MQ=255) ggTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCa < 5:307237/149‑1 (MQ=255) ggTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCa < 2:345424/149‑1 (MQ=255) gTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCGCCTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCa < 1:66108/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCCGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGAt > 8:323188/1‑149 (MQ=255) ccgccACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTgg > 7:274601/1‑133 (MQ=255) ccgccACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTgg < 8:274601/133‑1 (MQ=255) ccaccaCGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCCGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGc < 7:323188/149‑1 (MQ=255) ccacGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGAtt > 8:257432/1‑141 (MQ=255) ccacGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGAtt < 7:257432/141‑1 (MQ=255) cacGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTg < 2:165791/149‑1 (MQ=255) gggCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATc > 2:341827/1‑148 (MQ=255) gggCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCg < 4:40795/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGTCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGAc > 1:103942/1‑147 (MQ=255) cTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGTCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCa < 2:103942/149‑1 (MQ=255) tGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAg > 7:182505/1‑149 (MQ=255) ggCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAg > 1:365343/1‑148 (MQ=255) cAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGaa < 2:365343/149‑1 (MQ=255) cAGCTTTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGTGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTa > 8:45221/1‑149 (MQ=255) gCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACa < 1:341827/149‑1 (MQ=255) tACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGccc < 3:21240/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAg > 1:121471/1‑133 (MQ=255) cAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAg < 2:121471/133‑1 (MQ=255) aGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTa > 6:375198/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCAc > 4:133395/1‑149 (MQ=255) gccCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTc > 3:332335/1‑148 (MQ=255) ccccGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCa < 5:375198/149‑1 (MQ=255) ccGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGCGGCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCAGCGCCCAGGAACACTACCGCCCCTAGGCCCCTACCAg > 1:225568/1‑149 (MQ=255) ttCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCaa > 5:360893/1‑149 (MQ=255) gCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACAcc > 3:142371/1‑149 (MQ=255) gACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCt < 4:142371/149‑1 (MQ=255) ggC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCa > 7:82498/1‑149 (MQ=255) gcTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGcc > 2:37229/1‑149 (MQ=255) gCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCgg > 4:48956/1‑149 (MQ=255) gtgggCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGtat < 3:229571/130‑1 (MQ=255) ttGGCCCG‑CTCGGTCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCct > 2:92581/1‑149 (MQ=255) cG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCCTGCTggg < 1:37229/149‑1 (MQ=255) g‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCCTGCTGGGt > 1:132767/1‑149 (MQ=255) g‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCCTGCTGGGt < 4:332335/149‑1 (MQ=255) ggCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCGGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCCTGCTGGGTGAAc > 4:352063/1‑149 (MQ=255) cgccgAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCCTGCTGGGTGAACggg < 8:19450/149‑1 (MQ=255) | CGCCAACACGCTGTCACAGCCTGGAAGAAAAGGTGCAACAGCCGCCACCACGCTGCTGGGGCCTGGCAGTGCAGCTGTACAGCCTGCGCCGCCCCGGCGATGGGGGCTTCGGCGACTGCCTGGC‑GCTGGAGCAGTTGGCCCG‑CTCGGCCGCCGAGCGCGGCGCCGATGCCTTGGCTATCAGCCCGATTCACGCCCTGTCGGCCATCGACCAGGAACACTACAGCCCCTACTCACCTTCCAGTCGCCTGCTGCTCAACACCCTGTATACCAGCCCCGCGGCCCTGCTGGGTGAACGGG > NC_002947/4568471‑4568767 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |