Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,804,608 | G→A | 7.3% | R154C (CGC→TGC) | PP_4233 ← | oxidoreductase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,804,608 | 0 | G | A | 7.3% | 158.9 / 2.7 | 55 | R154C (CGC→TGC) | PP_4233 | oxidoreductase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
CAAACGAGCTGACAGCCAGCCCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGAC > NC_002947/4804471‑4804755 | cAAACGAGCTGACAGCCAGCCCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATgtggt > 3:339501/1‑149 (MQ=255) aaaCGAGCTGACAGCCAGCCCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGCCCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGGGCAGCGGCAGATgtggt > 6:270512/1‑148 (MQ=255) aaaCGAGCTGACAGCCAGCCCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATgtggtg < 5:309420/149‑1 (MQ=255) aaaCGAGCTGACAGCCAGCCCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATgtggt > 3:206383/1‑148 (MQ=255) agccagccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGa > 7:214821/1‑138 (MQ=255) agccagccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGa < 8:214821/138‑1 (MQ=255) agccagccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGc < 3:334572/149‑1 (MQ=255) ccagccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGCGGCTGGCCt > 8:183508/1‑149 (MQ=255) cagccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCAGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTc > 4:322616/1‑149 (MQ=255) cagccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCAGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTc > 6:162580/1‑149 (MQ=255) agccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCACCCCTCCTTGACCAGGCCCAGATCGATGAGCACCTTCCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATACCCACTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGCGGCAGGCCTc > 3:251343/1‑148 (MQ=255) agccCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGCGGCTGGCCTCg > 5:250513/1‑149 (MQ=255) cGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGc > 8:290607/1‑149 (MQ=255) aGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCgg < 4:339501/149‑1 (MQ=255) 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tacgtacgAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCtcttct > 3:361039/1‑149 (MQ=255) cgtacgAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCttcttc < 3:187315/149‑1 (MQ=255) gAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCCTCAACgg > 4:51851/1‑149 (MQ=255) ttCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTgg < 7:206616/149‑1 (MQ=255) aaCCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGcc > 5:65875/1‑149 (MQ=255) cccTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGt > 4:148864/1‑149 (MQ=255) cccTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGt > 5:327200/1‑149 (MQ=255) tcctTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCgg < 3:161420/105‑1 (MQ=255) tcctTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCgg > 4:161420/1‑105 (MQ=255) cctTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTcc < 5:270512/149‑1 (MQ=255) ctTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTcc < 5:193994/148‑1 (MQ=255) ttGACCAGGCCGAGATCGTTGAACACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTccac > 7:54943/1‑149 (MQ=255) gACCAGGACGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTGCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTccac < 4:251343/147‑1 (MQ=255) aCCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTc > 8:254581/1‑110 (MQ=255) aCCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTc < 7:254581/110‑1 (MQ=255) aCCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTccacca < 4:206383/148‑1 (MQ=255) aGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCAc > 3:113425/1‑149 (MQ=255) 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2:322517/1‑134 (MQ=255) gggTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCAGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGt < 5:162580/149‑1 (MQ=255) gggTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCAGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGt < 3:322616/149‑1 (MQ=255) gCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCa < 4:351089/149‑1 (MQ=255) aTCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAg > 6:297301/1‑148 (MQ=255) aTCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGt < 5:297301/149‑1 (MQ=255) gtagtaACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGc < 7:183508/149‑1 (MQ=255) cacaTAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGCGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCACCGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGa < 6:250513/149‑1 (MQ=255) acaTAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTgg > 4:42379/1‑147 (MQ=255) aTAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAgg > 2:207301/1‑149 (MQ=255) aTAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAgg < 7:155653/149‑1 (MQ=255) tAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGc < 8:54943/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGt < 4:361039/148‑1 (MQ=255) cGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTcgac > 4:278849/1‑149 (MQ=255) | CAAACGAGCTGACAGCCAGCCCGAGGGCCAACGCCGAGGCGCTACGTACGAAGCCCATGTTCAACCCTCCTTGACCAGGCCGAGATCGTTGAGCACCTTGCGGGTGGCATCGTAGTAACGCACATAGCCTGTGCAGCGGCAGATGTGGTGACCGAGGCTGGCCTCGATGCGGTCCTCCACTTCGCTCTTCTTCAACGGCTGGCGCTGGGCCGTTTCCACCAGCACGGTAGCGGCATTGACGAAGCCTGGTGCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGAC > NC_002947/4804471‑4804755 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |