Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,875,109 | G→A | 100% | M99I (ATG→ATA) | PP_4284 → | transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,875,109 | 0 | G | A | 94.2% | 152.7 / 0.5 | 52 | M99I (ATG→ATA) | PP_4284 | transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (25/24); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CTTCGTCAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATGGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGAATGGCTGCTCAACAGCATTC > NC_002947/4874971‑4875254 | cTTCGTCAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATg > 8:260723/1‑149 (MQ=255) ttCGTCAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTGATCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGc > 1:96615/1‑149 (MQ=255) cGTCAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGcc < 5:48859/148‑1 (MQ=255) gTCAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCct < 8:5953/148‑1 (MQ=255) tCAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCcttc > 5:97540/1‑149 (MQ=255) cAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCcttct > 4:129813/1‑149 (MQ=255) aaCCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCcttct < 2:66959/148‑1 (MQ=255) cAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTAcc > 4:97672/1‑148 (MQ=255) cAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCt < 8:25278/149‑1 (MQ=255) tcatGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGTGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTATCTACAcc < 6:97540/149‑1 (MQ=255) gCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATGGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGt < 1:243039/149‑1 (MQ=255) aCGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGATGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCgg > 2:137314/1‑148 (MQ=255) ccATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATggtcgatg > 5:369175/1‑143 (MQ=255) aTGGTGCCGCTTTTGTCGCCCCCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAAc < 6:37950/149‑1 (MQ=255) aTGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAAc < 3:17352/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATgg > 8:47301/1‑139 (MQ=255) ggTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATgg < 7:47301/139‑1 (MQ=255) gCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTAc < 1:305061/113‑1 (MQ=255) gCCGCTTTTGTCGACACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTAc > 2:305061/1‑113 (MQ=255) ccGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGa > 5:43705/1‑148 (MQ=255) cGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATGGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGaaa < 7:35576/149‑1 (MQ=255) ttttGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCAc > 1:334001/1‑126 (MQ=255) ttttGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCAc < 2:334001/126‑1 (MQ=255) tGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGgcg < 5:182357/148‑1 (MQ=255) ccACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCCCCATGGGCTACACCTGGGAAACGGCGCTgggg > 8:348558/1‑149 (MQ=255) aCCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGc > 2:268881/1‑149 (MQ=255) ccTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCg < 6:43705/149‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTc < 1:137314/149‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTc < 7:291239/149‑1 (MQ=255) cgccgccgcGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTgg < 7:175608/124‑1 (MQ=255) cgccgccgcGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTgg > 8:175608/1‑124 (MQ=255) cgcTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGc < 7:260723/149‑1 (MQ=255) cgcTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGc < 3:97672/149‑1 (MQ=255) ctgcctgcTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGtgttgt > 3:337745/1‑149 (MQ=255) cctgcTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCTCCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCa > 7:136444/1‑149 (MQ=255) gctgATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGt > 7:332905/1‑149 (MQ=255) gggCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGtgttgt > 3:230776/1‑137 (MQ=255) gggCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGtgttgt < 4:230776/137‑1 (MQ=255) gCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGt < 3:314073/121‑1 (MQ=255) gCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGt > 4:314073/1‑121 (MQ=255) tACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGt < 2:96615/148‑1 (MQ=255) ccAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGaaa < 1:268881/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTgcgc > 1:270148/1‑148 (MQ=255) ccGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCAGCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTAGTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGcgcg > 3:212042/1‑148 (MQ=255) cGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGaa < 4:337745/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGAATGgct > 4:110358/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGAATGgctgc > 3:174437/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCAGCAGGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGAATGgcagc > 6:306158/1‑148 (MQ=255) ggCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCAt < 6:226247/54‑1 (MQ=255) ggCGCCGGGCATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCAt > 5:226247/1‑54 (MQ=255) gcCGGGCATGGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGAATGGCTGCTCaa > 2:14446/1‑147 (MQ=255) cATAGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGAATGGCTGCTCAACAGCATTc < 4:174437/149‑1 (MQ=255) | CTTCGTCAACCCCAACATCATGGCCGACGCCGGCATCGACCATGGTGCCGCTTTTGTCGCCACCTGCATCGCCGCCGCGCTGGGCTGCCTGCTGATGGGCCTGTACGCCAACTGGCCGGTGGGCCTGGCGCCGGGCATGGGGCTCAATGCCTTCTTTACCTACACCGTGGTCGGCACCATGGGCTACAACTGGGAAACGGCGCTGGGGGCGGTATTCGTCTCGGGCGTGTTGTTCATGTTCCTGACCTTGTCGAAAGTGCGCGAATGGCTGCTCAACAGCATTC > NC_002947/4874971‑4875254 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |