| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,134,986 | T→A | 8.8% | intergenic (‑47/+18) | PP_4520 ← / ← PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,134,986 | 0 | T | A | 8.8% | 150.0 / 3.1 | 56 | intergenic (‑47/+18) | PP_4520/PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/21); new base A (3/2); total (33/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGC > NC_002947/5134842‑5135133 | agcagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGc < 3:55715/149‑1 (MQ=255) cagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCgg < 6:326700/149‑1 (MQ=255) cagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCgg > 8:314581/1‑149 (MQ=255) cacaCGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCcg > 4:152828/1‑149 (MQ=255) cacGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCcgc > 4:251177/1‑148 (MQ=255) gCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCgg > 1:120808/1‑149 (MQ=255) gcgcGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCt > 7:52483/1‑149 (MQ=255) cgGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTc < 5:94402/149‑1 (MQ=255) ggggATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTcc > 7:62407/1‑149 (MQ=255) tGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTa > 3:311404/1‑149 (MQ=255) ggCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTCTCCGCCAGGCTATg < 7:314581/149‑1 (MQ=255) aTAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAg > 2:359205/1‑149 (MQ=255) tGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCg > 7:17755/1‑149 (MQ=255) gcGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGTCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCa < 6:373495/148‑1 (MQ=255) gAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGGACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCAt < 6:329603/148‑1 (MQ=255) gAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGGACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCAt > 5:329603/1‑148 (MQ=255) gAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATg > 4:104701/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCGCGGGCAGCGCGCGCAGGGGGGTCTGGGCAGGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATgc < 8:52483/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTc < 3:251177/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTc > 3:58564/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCg < 4:311404/149‑1 (MQ=255) tGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGt > 7:89516/1‑149 (MQ=255) aGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGc < 2:206911/120‑1 (MQ=255) aGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGc > 1:206911/1‑120 (MQ=255) aGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCACGCGCTCGAGGTCCTg > 6:77325/1‑149 (MQ=255) tCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGa > 1:326798/1‑149 (MQ=255) tCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGa > 7:280627/1‑149 (MQ=255) tCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCg < 1:146127/125‑1 (MQ=255) tGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTg > 8:35313/1‑149 (MQ=255) gTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGcc > 4:251515/1‑149 (MQ=255) gCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCActct > 8:34146/1‑149 (MQ=255) gCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCActc < 7:35313/148‑1 (MQ=255) gCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCActc < 2:120808/148‑1 (MQ=255) cGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTg < 2:320657/149‑1 (MQ=255) ggggACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTgg < 3:152828/149‑1 (MQ=255) ggggACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTACGCTCCTTTCCTGGCTTGCCCGGCACTCTgg > 4:216147/1‑149 (MQ=255) tGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCt > 7:9557/1‑149 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTgg < 8:280627/149‑1 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTgg < 8:17755/149‑1 (MQ=255) cacaTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTAAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTggg > 8:150369/1‑149 (MQ=255) caTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCCGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGc > 2:323414/1‑148 (MQ=255) caTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCt < 8:9925/144‑1 (MQ=255) caTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCt > 7:9925/1‑144 (MQ=255) caTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGc > 1:211709/1‑148 (MQ=255) caTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTACTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGc > 8:286082/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGGCCTGGCGGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAAt > 1:209552/1‑149 (MQ=255) cGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtctc < 3:104701/149‑1 (MQ=255) cGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtct > 8:30640/1‑148 (MQ=255) gggCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCAc > 2:52756/1‑149 (MQ=255) gggCCCGCAACGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGc < 8:323114/110‑1 (MQ=255) gggCCCGCAAAGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGCGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGc > 7:327986/1‑110 (MQ=255) gggCCCGCAAAGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGc < 8:327986/110‑1 (MQ=255) gggCCCGCAAAGCGGGCCCCGC‑GAGTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCGCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGc > 7:323114/1‑110 (MQ=255) cccGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTg < 8:205212/122‑1 (MQ=255) cccGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTg > 7:205212/1‑122 (MQ=255) cTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATctgc < 5:308414/149‑1 (MQ=255) | AGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGC‑GATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGC > NC_002947/5134842‑5135133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |