| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,137,665 | A→G | 8.6% | intergenic (‑64/‑149) | PP_4522 ← / → PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,137,665 | 0 | A | G | 8.6% | 162.9 / 4.8 | 58 | intergenic (‑64/‑149) | PP_4522/PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/23); new base G (3/2); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACC > NC_002947/5137518‑5137808 | gcgcTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGa < 4:181532/148‑1 (MQ=255)gcgcTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGAGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGa > 1:307261/1‑148 (MQ=255) gcTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAAt > 8:38676/1‑149 (MQ=255) gcTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAAt < 3:111237/149‑1 (MQ=255) gTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGaa > 5:277924/1‑149 (MQ=255) ttGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAAc < 2:261658/149‑1 (MQ=255) gCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACACGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTaa > 8:218354/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAg > 7:92486/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAg > 5:344876/1‑149 (MQ=255) 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cAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAAt < 6:207604/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTcc < 2:307261/149‑1 (MQ=255) gCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGccc < 6:264148/149‑1 (MQ=255) cATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgc > 4:358012/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgcg > 2:158421/1‑148 (MQ=255) 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aaCTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTc > 1:262976/1‑149 (MQ=255) aaCTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCAGGCAACCAACACGTGAATGGCGCGCGGAGGCACAGGTTc > 3:229589/1‑149 (MQ=255) aCTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTc > 8:42134/1‑148 (MQ=255) aCTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTc < 4:173968/148‑1 (MQ=255) ctctACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaac < 3:358012/148‑1 (MQ=255) ctctACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaac > 7:158671/1‑148 (MQ=255) gCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaa < 6:158132/143‑1 (MQ=255) gCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaa > 5:158132/1‑143 (MQ=255) tacttAGTTCAGGAATTTCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaaca < 2:200916/141‑1 (MQ=255) tacttAGTTCAGGAATTTCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaaca > 1:200916/4‑144 (MQ=255) ttAGTTCAGGAATTTCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATc > 1:6316/1‑149 (MQ=255) ttCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgacc > 2:254508/1‑149 (MQ=255) ttCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgacc > 3:262719/1‑149 (MQ=255) ttCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgacc > 3:356796/1‑149 (MQ=255) aaaTTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGcac < 7:267194/117‑1 (MQ=255) aaaTTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGcac > 8:267194/1‑117 (MQ=255) | GCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACC > NC_002947/5137518‑5137808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |