| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,172,240 | A→C | 8.2% | R240R (CGT→CGG) ‡ | fadD‑I ← | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,172,240 | 0 | A | C | 8.2% | 185.5 / 6.7 | 65 | R240R (CGT→CGG) ‡ | fadD‑I | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/33); new base C (2/3); total (29/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
CAAGTCACGCGGGTTGCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGC > NC_002947/5172093‑5172386 | cAAGTCACGCGGGTTGCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCGGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGGATGTAACCGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCAc < 5:96375/149‑1 (MQ=255) aaGTCACGCGGGTTGCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACg < 5:115566/149‑1 (MQ=255) tCACGCGGGTTGCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTACAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCa > 1:209501/1‑149 (MQ=255) cgGGTTGCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTgca < 6:170929/149‑1 (MQ=255) ttGCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCGCGGCACTGCAGCAt > 1:243999/1‑149 (MQ=255) gCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATg < 4:347387/148‑1 (MQ=255) cTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGtt > 7:345032/1‑149 (MQ=255) gATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTgg > 6:304904/1‑149 (MQ=255) aTCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTg < 1:136922/147‑1 (MQ=255) aTCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGc > 6:139605/1‑149 (MQ=255) gTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCTGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCCGTGCACTgatggg < 7:241623/134‑6 (MQ=255) gTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCTGGTTGGAGCCCTTCAGTGCGGTGCACTgatggg > 8:241623/1‑129 (MQ=255) ttGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGtt < 8:345032/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCCGTGCACTgatg < 3:134542/126‑4 (MQ=255) gTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCCGTGCACTgatg > 4:134542/1‑123 (MQ=255) gCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTgg < 1:22478/148‑1 (MQ=255) gATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCCGTGCACTgatg > 8:89501/1‑117 (MQ=255) gATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCCGTGCACTgatg < 7:89501/120‑4 (MQ=255) atcatcGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGgc < 7:171018/149‑1 (MQ=255) atcatcGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGgc < 3:19948/149‑1 (MQ=255) 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7:234597/1‑106 (MQ=255) gCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATg < 8:234597/106‑1 (MQ=255) tGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACAcc > 7:241913/1‑149 (MQ=255) ggTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCggtgg < 5:304904/149‑1 (MQ=255) gTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCggtgg > 2:192637/1‑148 (MQ=255) aaaCGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTAc > 4:73891/1‑149 (MQ=255) aaaCGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTAc > 6:216123/1‑149 (MQ=255) cATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTAccgccg > 8:189941/1‑149 (MQ=255) aTAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTAccgccg > 1:86850/1‑149 (MQ=255) aTAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGgc > 7:7234/1‑120 (MQ=255) aTAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGgc < 8:7234/120‑1 (MQ=255) aTGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑Ta < 3:179781/149‑1 (MQ=255) aTGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGCGGTACCACCGgtg‑tg < 7:17503/149‑2 (MQ=255) ggTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCa > 5:58502/1‑105 (MQ=255) ggTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCa < 6:58502/105‑1 (MQ=255) gTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGGTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTgc < 5:2350/148‑1 (MQ=255) gTACAGCGGCAGCGGGGGGATGAGGCTTTCGCAGCCTGC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGGTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGGCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTgca < 3:273414/149‑1 (MQ=255) gcggGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTACAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCAcg < 2:209501/149‑1 (MQ=255) cggGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCAcgt > 5:73064/1‑149 (MQ=255) gTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGtt < 5:139605/149‑1 (MQ=255) tgatgaGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTg < 8:241913/149‑1 (MQ=255) atgaGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGc > 7:254392/1‑149 (MQ=255) tgaGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGCTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGc < 1:192637/149‑1 (MQ=255) tgaGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGcc > 6:178545/1‑149 (MQ=255) ggATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGc > 3:348757/1‑149 (MQ=255) aTTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGc < 6:265356/147‑1 (MQ=255) aTTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGc > 5:265356/1‑147 (MQ=255) cGCAGCCTTC‑GTGCAGGGTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGtt < 4:146288/148‑1 (MQ=255) ccTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTc > 7:322962/1‑149 (MQ=255) cTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCg > 7:250797/1‑149 (MQ=255) cTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCg < 4:348757/149‑1 (MQ=255) cTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCg < 3:73891/149‑1 (MQ=255) c‑GTGCAGGTTGGATTCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCgg < 1:127166/147‑1 (MQ=255) c‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCgg < 8:254392/147‑1 (MQ=255) c‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGt < 8:322962/148‑1 (MQ=255) gCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGAATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACg > 6:293282/1‑149 (MQ=255) gAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGcc < 5:216123/149‑1 (MQ=255) aTCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCg > 2:66361/1‑118 (MQ=255) aTCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCg < 1:66361/118‑1 (MQ=255) gCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAgcgc > 6:78502/1‑149 (MQ=255) | CAAGTCACGCGGGTTGCTGATCAGCACGTTGTGGTTGCCGATCAGCATCATCGCCATGCAATGGAAGGTAAACGCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTC‑GTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTG‑TACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGC > NC_002947/5172093‑5172386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |