Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,244,142 | A→G | 5.2% | W114R (TGG→CGG) | hmgA ← | homogentisate 1,2‑dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,244,142 | 0 | A | G | 5.2% | 231.0 / 2.0 | 76 | W114R (TGG→CGG) | hmgA | homogentisate 1,2‑dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/39); new base G (2/2); total (35/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
CGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTAC > NC_002947/5244000‑5244290 | cGCAGGGGGCCCTGTTCCGGCACCTGTAGCAGCTCTCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCtt < 5:374272/148‑1 (MQ=255) gCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCt < 1:259834/146‑1 (MQ=255) gCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCt > 2:259834/1‑146 (MQ=255) gCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTc > 7:218180/1‑148 (MQ=255) ctggcggcCCTGTTCCGGGACCAGTAGGAGCTGTCAGTCTGCGTTGAAGAACACCGGTTCCTTGGAGCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGACGGTCAGGCCAGCCGGTTTTTAGGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGCCAGCCAACCTTCGa < 8:248857/147‑1 (MQ=255) cAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGa < 1:358032/149‑1 (MQ=255) ggcggcCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATg < 6:199910/149‑1 (MQ=255) ggcCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCATGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGaaa < 2:160683/149‑1 (MQ=255) ggcCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCGCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGaaa < 4:238335/149‑1 (MQ=255) cccTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGaaa > 1:286641/1‑147 (MQ=255) ccTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCCCGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAAtcg > 8:73354/1‑149 (MQ=255) ccAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTcag > 7:161528/1‑147 (MQ=255) cAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTcagcag < 7:120835/149‑1 (MQ=255) gcagcTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATc > 2:302930/1‑149 (MQ=255) cagcTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCg < 2:286641/149‑1 (MQ=255) cTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCt < 8:218180/149‑1 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCGACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCg > 6:345694/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCGACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATAGGCTGCg > 6:340246/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGc < 1:338868/148‑1 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCg > 5:44027/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCg < 4:308260/149‑1 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCg > 4:2315/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCg > 3:275033/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGAACACCCGGTCCATGGACCGGTTGGCGCGGGAGCTGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAgc < 8:176454/149‑1 (MQ=255) ttGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAgcg > 5:161265/1‑149 (MQ=255) aaCACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCg > 7:49649/1‑149 (MQ=255) acacCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCgg < 2:111531/149‑1 (MQ=255) cacCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGt > 4:340819/1‑149 (MQ=255) ccGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCgg < 6:201868/123‑1 (MQ=255) ccGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCgg > 5:201868/1‑123 (MQ=255) ccGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTgg > 2:154285/1‑149 (MQ=255) ccGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTgg > 2:255391/1‑149 (MQ=255) cGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTggg < 1:154285/149‑1 (MQ=255) gTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTgggg > 1:338852/1‑149 (MQ=255) ccATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGtt > 2:316750/1‑148 (MQ=255) cATGGTCCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGa < 1:358460/149‑1 (MQ=255) cATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTg < 3:99345/148‑1 (MQ=255) aTGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGAt < 1:321478/149‑1 (MQ=255) aTGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGAt < 1:255391/149‑1 (MQ=255) aCCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCa > 1:137079/1‑149 (MQ=255) ttGGTGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAg > 6:312004/1‑149 (MQ=255) ttGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAg < 6:161265/149‑1 (MQ=255) gtagatgtagatGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCccgc < 2:338852/149‑1 (MQ=255) tagatgtagatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCccgc > 1:81812/1‑149 (MQ=255) gatgtagatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCa < 5:10195/113‑1 (MQ=255) gatgtagatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCa > 6:10195/1‑113 (MQ=255) gatgtagatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCAAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCccgcc > 1:186170/1‑147 (MQ=255) tgtagatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGc < 7:73354/149‑1 (MQ=255) agtagatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGc < 1:316750/148‑1 (MQ=255) agatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGc > 1:149036/1‑149 (MQ=255) atgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTg < 1:302930/149‑1 (MQ=255) atgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTg < 3:340819/149‑1 (MQ=255) tCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgc > 6:173141/1‑149 (MQ=255) tCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgc > 5:367598/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAgg > 4:113066/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAgg < 6:367598/149‑1 (MQ=255) gCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgc > 3:240388/1‑141 (MQ=255) gCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgc < 4:240388/141‑1 (MQ=255) cGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCt < 8:161528/149‑1 (MQ=255) ggTTTTTCCGCTCCTGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATTAAATCGGTAGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCa < 5:291294/91‑1 (MQ=255) ggTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTAGATGAAATCGGTAGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCATCGCa > 6:291294/1‑91 (MQ=255) ccGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCg < 2:137079/148‑1 (MQ=255) gCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCGACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTgg < 5:340246/149‑1 (MQ=255) gCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCGACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTgg < 5:345694/149‑1 (MQ=255) gCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgc > 7:146526/1‑127 (MQ=255) gCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgc < 8:146526/127‑1 (MQ=255) gCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGTCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGc > 5:171568/1‑147 (MQ=255) cGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAg < 4:275033/149‑1 (MQ=255) gTT‑GGCTGCCCATGGCTGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAgg > 5:307046/1‑149 (MQ=255) tt‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGc < 5:312004/149‑1 (MQ=255) aGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAg < 2:81812/149‑1 (MQ=255) ccATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAggg > 4:89478/1‑149 (MQ=255) gggCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGaa > 5:215248/1‑149 (MQ=255) gggCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGCCTGGCGCGCCAGCCGCTCggcgg < 7:296093/125‑5 (MQ=255) gcagcaAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATg < 2:186170/149‑1 (MQ=255) ccAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGt < 2:70145/149‑1 (MQ=255) aaCCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGTGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCACGCGAAGCGTGGGTGCATGGCAGAAGGGCGACTGCGGTAc > 8:67757/1‑149 (MQ=255) | CGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTT‑GGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTAC > NC_002947/5244000‑5244290 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |