| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 359,681 | G→A | 8.4% | intergenic (+41/+79) | gbdR → / ← PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 359,681 | 0 | G | A | 8.4% | 274.1 / 10.6 | 95 | intergenic (+41/+79) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/45); new base A (4/4); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
CATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGG > NC_002947/359535‑359828 | cATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTc > 6:177625/1‑149 (MQ=255)cATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACAGTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTCACACCCCCCCCGCCTCTTCGCGG‑GCGCGCCCGCTCCCACAGGTc > 2:84688/1‑149 (MQ=255) tgCCGATTCCGCAGGTCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCCCCCACAGATCAccgc > 1:282569/1‑147 (MQ=255) tgCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCg < 8:72014/149‑1 (MQ=255) gCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTGGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGc > 6:261059/1‑149 (MQ=255) gCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGc > 7:196641/1‑149 (MQ=255) ccGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCt > 4:361330/1‑149 (MQ=255) cGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCt > 3:244837/1‑148 (MQ=255) gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCt > 8:256988/1‑147 (MQ=255) gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 8:96107/149‑1 (MQ=255) gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 8:40216/149‑1 (MQ=255) gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCCCCCACAGATCAc < 5:114042/142‑1 (MQ=255) gATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCCCCCACAGATCAc > 6:114042/1‑142 (MQ=255) 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gCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTCCTCCTAGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGgggcggg < 1:304220/149‑1 (MQ=39) ggCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTg < 5:379488/149‑1 (MQ=255) ggCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCCCTTCGCGGAACAAGCCCGCCCCCACAGATCa < 6:155645/107‑1 (MQ=25) ggCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCCCTTCGCGGAACAAGCCCGCCCCCACAGATCa > 5:155645/1‑107 (MQ=25) gCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCAAGCCCGCCCCCACAGATCA‑CCGCTG‑GCTCAAGCTCAGCGGGTGACCTGTGGGAGCGGGCGTgc < 3:127234/149‑2 (MQ=17) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCTCGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCcgcg > 1:117241/1‑147 (MQ=255) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCcgcg > 6:286143/1‑147 (MQ=255) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa < 6:231272/149‑1 (MQ=255) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa < 6:101705/149‑1 (MQ=255) cggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa < 7:132763/149‑1 (MQ=255) ggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTGAGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAg > 1:86189/1‑149 (MQ=255) ggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAg < 5:104324/149‑1 (MQ=255) ggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAg < 2:23536/149‑1 (MQ=255) gcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAgg < 4:37304/149‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc > 4:164618/1‑149 (MQ=255) cTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATATGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc < 7:165723/149‑1 (MQ=255) 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gcgcCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGc < 1:269573/149‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACa < 3:164618/149‑1 (MQ=255) tctTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGc > 6:305814/1‑149 (MQ=255) ttCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGc < 2:251957/147‑1 (MQ=255) ttCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGc < 5:261059/147‑1 (MQ=255) gg‑gCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGa > 6:36016/1‑149 (MQ=255) g‑gCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGAt < 5:94241/149‑1 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGc > 1:360344/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCt > 7:207760/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCt > 4:156857/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCCACTGGTCACCCTCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTg < 3:361330/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTgg > 6:19959/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTgg > 5:161776/1‑149 (MQ=255) cGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttg > 3:96763/1‑103 (MQ=255) cGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttg < 4:96763/103‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCg > 7:164213/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGACCCGCTTAGCTTGAGC‑CTGC‑TGTGTTCTGTGGGGGCGGGGTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGt < 4:56507/78‑1 (MQ=255) ccACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTTATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTa < 5:19959/147‑1 (MQ=255) ccACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGt > 3:56507/1‑78 (MQ=255) acaGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGc < 5:305814/149‑1 (MQ=255) gTCAACCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCgg > 2:7080/1‑148 (MQ=255) | CATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGG > NC_002947/359535‑359828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |