Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 373,069 | T→A | 7.3% | I104N (ATC→AAC) | dgcB → | dimethylglycine dehydrogenase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 373,069 | 0 | T | A | 7.3% | 158.3 / 2.8 | 55 | I104N (ATC→AAC) | dgcB | dimethylglycine dehydrogenase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/22); new base A (2/2); total (31/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
ACGTGGTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCT > NC_002947/372922‑373216 | acGTGGTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATc < 2:214754/149‑1 (MQ=255) gTGGTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCAt > 5:14413/1‑149 (MQ=255) ggTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGt > 3:88492/1‑149 (MQ=255) ggTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGAACATga > 3:292500/1‑148 (MQ=255) gTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGtt < 4:127106/149‑1 (MQ=255) gTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGtt < 4:121759/149‑1 (MQ=255) gcgACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGAACATGATCACCgtg < 4:292500/149‑3 (MQ=255) aTACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCAc < 4:192876/138‑1 (MQ=255) aTACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCAc > 3:192876/1‑138 (MQ=255) aTGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGc < 2:79690/140‑1 (MQ=255) aTGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGc > 1:79690/1‑140 (MQ=255) aTGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGt < 6:14413/149‑1 (MQ=255) aaGACCCAAGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCa > 6:156421/1‑148 (MQ=255) ccACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAAc > 4:332130/1‑149 (MQ=255) cACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAAcc > 4:174760/1‑149 (MQ=255) gcggcTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCctct < 3:174760/149‑1 (MQ=255) tgctgtctgctgtcCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTc > 6:379/1‑148 (MQ=255) cgtctgctgtcCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAg > 6:266878/2‑149 (MQ=255) tctgctgtcCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAggg > 6:142793/1‑149 (MQ=255) cTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGAt < 5:94914/149‑1 (MQ=255) tGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATg > 4:52452/1‑149 (MQ=255) ggCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATgc > 3:45577/1‑149 (MQ=255) gCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATgcg > 1:94492/1‑149 (MQ=255) gTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGaa < 5:266878/149‑1 (MQ=255) cATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATGATTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAagag > 7:235516/1‑149 (MQ=255) cATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAagag > 3:30565/1‑149 (MQ=255) cATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAagag > 7:163913/1‑149 (MQ=255) ttttGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCaa > 2:181696/1‑117 (MQ=255) ttttGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCaa < 1:181696/117‑1 (MQ=255) ttGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCt < 2:94492/148‑1 (MQ=255) tGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTg < 5:142793/148‑1 (MQ=255) gCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGc < 4:88492/148‑1 (MQ=255) tGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTc > 1:18431/1‑149 (MQ=255) agCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGt > 8:146637/1‑149 (MQ=255) aaGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAg > 4:353692/1‑149 (MQ=255) gATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTg < 8:203570/130‑1 (MQ=255) gATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTg > 7:203570/1‑130 (MQ=255) ccTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGcttct > 7:46449/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGcttct > 2:172897/1‑149 (MQ=255) tCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGcttctt > 2:199910/1‑148 (MQ=255) gCTACGCACTGCTGATCGCCCCGGTGATCATGTTCACCGGTCCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCAtt < 2:119373/149‑1 (MQ=255) ccaccccACTGCCGACCGCCACGGCGATCATGTTCACCGGTGCCCTCTTAGTCTTCAACCGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCACGGGCCCGTGGATGCGCCGGCCGAAGAGTTTGCTGCCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCAtt < 8:235516/143‑1 (MQ=255) gCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCAc > 1:148789/1‑149 (MQ=255) gCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCAc > 3:295820/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCAccc > 1:88578/1‑149 (MQ=255) tgctgATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTg > 6:121130/1‑149 (MQ=255) ctgATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGcc < 4:30565/149‑1 (MQ=255) ctgATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGc < 5:303834/148‑1 (MQ=255) aTCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCg < 8:46449/147‑1 (MQ=255) ccACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGcc > 2:284283/1‑149 (MQ=255) accGGTGAACATGATCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCAccc < 6:78767/135‑1 (MQ=255) accGGTGAACATGATCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCAccc > 5:78767/3‑137 (MQ=255) ggTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCACGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGaa < 5:156421/149‑1 (MQ=255) gTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAAt < 4:45577/149‑1 (MQ=255) aTCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAGGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCt < 5:379/149‑1 (MQ=255) tCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCg > 6:317051/1‑134 (MQ=255) tCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCCTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCg < 5:317051/134‑1 (MQ=255) | ACGTGGTTGAGCGCGACAAATACATGTCCAAGACCCACGTGGCCACTGCGGGCGGCTTTGTGCTGTCTGCTGTCCTGGCCATTCTGGTGCATGGTTTTGGCCTGCAGAGCAAGATCCTCGGCTACGCACTGCTGATCGCCACGGTGATCATGTTCACCGGTGCCATCTTTGTCTTCAAACGCCGCCTCAACCCGCCCTCTCGCCTGTCCAAGGGCCCGTGGATGCGCCTGCCGAAGAGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCT > NC_002947/372922‑373216 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |