Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,537,075 | G→C | 17.9% | intergenic (+52/+51) | nadE → / ← PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,537,075 | 0 | G | C | 17.9% | 78.5 / 5.4 | 37 | intergenic (+52/+51) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/15); new base C (4/3); total (19/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
AGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTC > NC_002947/5536938‑5537221 | aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTcgcg < 6:74151/149‑1 (MQ=255) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 4:174699/149‑1 (MQ=25) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCgg < 6:129650/149‑1 (MQ=255) gACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAAc < 5:251839/148‑1 (MQ=21) aCCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAAcc < 2:38990/148‑1 (MQ=255) aCCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTAGCGGGTGAAccc > 1:114183/1‑149 (MQ=255) ccACCTACCCAACTACCCACCACACGCGCTACATCCCTTTCTCTCCTTTAAAAGTGGCCTCCAGCCGCGGGTTCACCCGCTAATACTAGGGTTAACCAACCCACGATTTCGCGGGTCAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCtt < 6:265069/149‑1 (MQ=255) ccccacgACCCCGCACACGCGCGAACTGCCTTTCGCTCTTTTATAAGGGGCCTCCCGGCGCGGGTTCACCCGCTAATAGTCGGGTCAACCCACCGACGCATTCGCGGTTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTAc < 2:114183/143‑1 (MQ=255) cGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGGTTCGCCGTCa < 1:108040/136‑1 (MQ=255) cGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCGAATACGAGGGTGAAACCACCCACGCATTAGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGGGTCGcccgca > 2:108040/1‑132 (MQ=37) gcaacccccAGCACAAGCGCCAACTGCCGTTCGGCCCTTGATAAGTTGGCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGGGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACtt < 4:226471/143‑1 (MQ=38) gCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCCAAAACAAAGGTGAACCCACCCACGCATTAGCCGGTGAACCCCCACCAGCAGGGTTAGCCGTAAGCCATTGATTaaa > 2:64084/1‑146 (MQ=255) cccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCCCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTACTGCAGGGTTAGCCGGCAGCCTTTGATTAATTGACGAt > 6:88631/1‑149 (MQ=38) ccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGGATACGAGGGTGGACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCCGGGGTCGCCGTCAGCCGTTGATTTCTTGACGCTg > 1:13951/1‑149 (MQ=38) acaAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCtt > 1:62734/1‑149 (MQ=255) ccaaCTGCCGTTCGCTCATTTATAAGTGCCCTGCTGGAGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTCAACCCACCGACGCATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtc < 7:308759/147‑1 (MQ=255) gAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTGACCCGCGAATAAGAGGGTGAACCCACCCACGCATTAGCGGGTGAACCCGCACCGGGAGGGTTCGCCGGCAGCCGTTGATTTCTTGGCGGTGACCGTGCCTTtc > 1:220156/1‑148 (MQ=255) gAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtca < 7:273654/149‑1 (MQ=255) aCTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtcatc < 1:64084/149‑1 (MQ=255) 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cACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtg > 5:32580/1‑149 (MQ=255) cACCGACGCATGCGCGGGTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtg < 7:139381/149‑1 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag > 7:310750/1‑115 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag < 8:310750/115‑1 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtgt > 4:119069/1‑149 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtgt > 4:19890/1‑149 (MQ=255) cGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGAAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTc > 3:347687/1‑148 (MQ=255) | AGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTC > NC_002947/5536938‑5537221 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |