| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,538,381 | A→G | 8.1% | E153E (GAA→GAG) | PP_4871 → | lysine decarboxylase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,538,381 | 0 | A | G | 8.1% | 198.0 / 6.8 | 74 | E153E (GAA→GAG) | PP_4871 | lysine decarboxylase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/28); new base G (4/2); total (44/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
GCCTTGCCGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGGTCGCGCCTAAGTGGGTCGACAAGCAGCCTGACTGAAGCTGAGACTTTTGGGAC > NC_002947/5538235‑5538528 | gccttgccGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCgaa > 8:31749/1‑147 (MQ=255)gccttgccGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCgaa < 7:31749/147‑1 (MQ=255) ccttgccGGGTTGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAATTGTTGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACTGTTTCTACGACAAGCTGGGCGTGTTCCTCGACCATATCGTCgaagaa < 7:310477/149‑1 (MQ=255) ttgccGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAgg > 2:88150/1‑149 (MQ=255) gggTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCg > 7:22559/1‑149 (MQ=255) tGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTgc < 1:88150/149‑1 (MQ=255) ggCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTgcgc > 1:314707/1‑149 (MQ=255) gCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGcc > 1:326866/1‑149 (MQ=255) tGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTc < 5:62590/131‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTgcgc < 2:5493/123‑1 (MQ=255) tgtgGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTgggg > 3:156293/1‑149 (MQ=255) gtgGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGgc < 3:355850/149‑1 (MQ=255) tgGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTgggg > 3:264838/1‑147 (MQ=255) gggggCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACTCCGGGCGATGTTGCTGCTGGGgcagatcgg > 7:174447/1‑143 (MQ=255) gggggCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTGTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTgggg < 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cTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTgg < 3:254860/149‑1 (MQ=255) cTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGATgg > 1:315660/1‑149 (MQ=255) tATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTgg > 7:185550/1‑148 (MQ=255) aTCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTgg > 7:25299/1‑147 (MQ=255) gCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGAt > 2:25786/1‑149 (MQ=255) 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gggCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTtgt > 7:35442/1‑149 (MQ=255) gggCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTtgt < 7:248893/149‑1 (MQ=255) ggCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTtgtg < 4:80467/149‑1 (MQ=255) gCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTgg < 7:291410/149‑1 (MQ=255) tACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGgcg > 6:10338/1‑149 (MQ=255) tGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCg > 8:246373/1‑149 (MQ=255) gATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCg < 2:314707/147‑1 (MQ=255) gATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATAGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGAGGGACAGCTTTGTGGCGCCGGt > 5:344121/1‑149 (MQ=255) gtgAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGa > 4:88710/1‑128 (MQ=255) gtgAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGa < 3:88710/128‑1 (MQ=255) tgAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGGTcgc < 4:113032/148‑1 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tttCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGGCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGGTCGCGCCTAAGt < 8:22272/149‑1 (MQ=255) tACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGGTCGCGCCTAAGTGGGt > 3:360312/1‑149 (MQ=255) tACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGGTCGCGCCTAAGTGGGt > 3:254952/1‑149 (MQ=255) tACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCCGGCGATGTTGCAGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGCTCGCGCCTAAGTGGGt > 7:277190/1‑149 (MQ=255) gACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGGTCGCGCCTAAGTGGGTCGa > 7:60698/1‑149 (MQ=255) 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GCCTTGCCGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGTGAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCAGCCGGACGAGCTGCTGGAAGGGATGGACAGCTTTGTGGCGCCGGTCGCGCCTAAGTGGGTCGACAAGCAGCCTGACTGAAGCTGAGACTTTTGGGAC > NC_002947/5538235‑5538528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |