Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 408,625 | T→C | 8.0% | Y680C (TAC→TGC) | aceE ← | pyruvate dehydrogenase E1 component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 408,625 | 0 | T | C | 8.0% | 139.4 / 2.8 | 51 | Y680C (TAC→TGC) | aceE | pyruvate dehydrogenase E1 component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/23); new base C (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
GCAGGATGGTGCCGGAGCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCTGTGACCGTCTTCGTGCTG > NC_002947/408479‑408770 | gcAGGATGGTGCCGGAGCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATgtag > 4:332762/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCCGGAGCCCATCAGCTGTACGTGGTGGGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTagaa < 7:288579/149‑1 (MQ=255) tGGTGCCGGAGCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGtagtag > 3:208671/1‑146 (MQ=255) gTGCCGGAGCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCGTCACGGTGATGTAGTagaaga < 3:71384/148‑1 (MQ=255) gTGCCGGAGCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTagaaga < 6:51793/148‑1 (MQ=255) tGCCGGAGCCCATAAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGGTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATg > 3:76045/1‑149 (MQ=255) aGCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGt < 3:332762/149‑1 (MQ=255) gCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGtt < 1:251931/149‑1 (MQ=255) gCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGtt < 6:175384/149‑1 (MQ=255) cATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGct > 4:326700/1‑149 (MQ=255) cTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCgg < 7:16897/149‑1 (MQ=255) tACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGctctagatcgg > 1:129035/1‑142 (MQ=255) tACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGctc < 2:129035/141‑1 (MQ=255) tACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTACCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCATTCCTAGACACCGGCCTGCATGGCTGGCTTATCGTAGGATTCTTACATCAAGGTGATCTAGTAGAACATGTCCTTGTGGTCTTCGGTC‑a > 6:371001/1‑149 (MQ=255) gtgtGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑Atcttc < 4:208671/148‑1 (MQ=255) gtgCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCttcttc < 3:326700/149‑1 (MQ=255) tCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTagaag < 4:185221/102‑1 (MQ=255) tCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTagaag > 3:185221/1‑102 (MQ=255) agGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTgg > 4:129412/1‑132 (MQ=255) agGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTgg < 3:129412/132‑1 (MQ=255) tACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCg > 2:313864/1‑147 (MQ=255) aTGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGCTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGACAGCTCGTAGcc > 1:310026/1‑149 (MQ=255) ccTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTc < 7:153785/139‑1 (MQ=255) ccTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTc > 8:153785/1‑139 (MQ=255) ccTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAg < 5:74829/149‑1 (MQ=255) ttGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGt > 2:211093/1‑149 (MQ=255) gatgatGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCg > 8:82519/1‑149 (MQ=255) gCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCTTAGGTCGGATCg > 6:93780/1‑148 (MQ=255) cTTCCTCGACCCCGCCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCTAGCTCGTAGCCGTAGGGCGGATCGTAg < 6:240572/149‑1 (MQ=255) ttCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAgg > 7:63449/1‑149 (MQ=255) ccTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAgg < 2:85573/147‑1 (MQ=255) cTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTagaaga < 1:170420/65‑1 (MQ=255) cTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTagaaga > 2:170420/1‑65 (MQ=255) tCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCg > 7:230109/1‑149 (MQ=255) tCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTAGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCg > 8:125842/1‑149 (MQ=255) gACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCgg > 6:33064/1‑148 (MQ=255) gACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGCAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCgg > 6:12715/1‑148 (MQ=255) gACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGCAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCgg > 2:210727/1‑148 (MQ=255) cggccggcATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGCAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTc < 1:210727/149‑1 (MQ=255) cggccggcATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGCAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTc < 5:12715/149‑1 (MQ=255) cggccggcATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGAAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTc > 1:265975/1‑149 (MQ=255) gccggcATGGCTGGCTGCTAGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCgg < 7:125842/149‑1 (MQ=255) gcATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATg < 1:211093/149‑1 (MQ=255) cATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGt > 4:95990/1‑128 (MQ=255) cATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGt < 3:95990/128‑1 (MQ=255) gctggctgCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGc < 8:63449/148‑1 (MQ=255) gctgGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCcat > 3:211378/1‑148 (MQ=255) ctgGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTTTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACAGCCAGCTAGTCTCCGGAGGTCTGATCTGAGGTGCGGCCGTTCGGGAGTGTGCCCGCcatca > 6:96005/1‑149 (MQ=255) aTTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCAGTCCTGGATGATCACCGACAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGAAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCtg > 2:52253/1‑149 (MQ=255) ttCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTCGATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCtg > 1:271445/1‑149 (MQ=255) gTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCTGTGa < 8:230109/148‑1 (MQ=255) gTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCTGTGAc < 2:271445/149‑1 (MQ=255) tcaCGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCTGTGACCGTCt > 2:164244/1‑149 (MQ=255) gtagtaGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCTGTGACCGTCTTCGtgctg > 6:159395/1‑147 (MQ=255) | GCAGGATGGTGCCGGAGCCCATCAGCTGTACGTGGTGTGCGGCTTCGCGGGTGTCCTCTTCCAGCAGGTACATGCCCTTGATGATGCCTTCCTCGACACCGGCCGGCATGGCTGGCTGCTGGTAGGATTCGTTCATCACGGTGATGTAGTAGAAGATGTCCTGTTGCTCTTCGGTC‑ATCTTCTTCATGCCGTCCTGGATGATCACCGCCAGCTCGTAGCCGTAGGTCGGATCGTAGGTGCGGCAGTTCGGGATGGTGCCCGCCATCATGTGGCTGTGACCGTCTTCGTGCTG > NC_002947/408479‑408770 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |