| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,614,703 | A→C | 9.3% | I273M (ATT→ATG) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,614,703 | 0 | A | C | 9.3% | 206.9 / 9.2 | 72 | I273M (ATT→ATG) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/35); new base C (3/4); total (33/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCC > NC_002947/5614560‑5614849 | aCGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGc > 7:316787/1‑149 (MQ=255) cgcggcGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGcc < 5:273002/149‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGGAGCCTTCCTCACGATGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCAAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcg > 8:33092/1‑149 (MQ=255) ccgcGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcgc > 6:38742/1‑149 (MQ=255) ccgcGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcgc > 1:46390/1‑149 (MQ=255) cgcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcgcg < 1:47713/149‑1 (MQ=255) gcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCCGCgg < 3:195383/149‑1 (MQ=255) gcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCgg < 8:316787/149‑1 (MQ=255) gTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGc > 2:95306/1‑148 (MQ=255) ttCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGc > 7:174329/1‑147 (MQ=255) ggAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCCGCgggtgagg < 6:313752/149‑7 (MQ=255) gAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGt < 6:36303/149‑1 (MQ=255) ttCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGtaa > 4:91684/1‑149 (MQ=255) ttCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAAGGCCCG‑GGCCCGGTTAGCCCAGGCCCCCCGC‑TGGGGCCGGGCCACCCCCCCCGCCAAGGGCGGGGCCAtggtggga > 1:141417/1‑145 (MQ=255) tCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAAt > 5:374611/1‑149 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGaaa < 8:174329/147‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa < 4:28944/148‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGCGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa < 2:198644/148‑1 (MQ=255) gCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTa > 7:11603/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCgg > 2:30999/1‑148 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCAc < 7:33092/149‑1 (MQ=255) cgcAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGt < 4:361814/149‑1 (MQ=255) cTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACAt > 1:24240/1‑149 (MQ=255) cTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACAt < 6:124040/149‑1 (MQ=255) cTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACAt < 3:266350/149‑1 (MQ=255) tCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATc > 5:174808/1‑149 (MQ=255) aGGGTCGATGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGACCGCTGCCATGTAAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATc < 7:314303/147‑1 (MQ=255) aGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGa > 5:125716/1‑149 (MQ=255) ggggCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGaa < 1:95306/149‑1 (MQ=255) ggggCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGaa < 8:324087/149‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa > 6:223909/1‑119 (MQ=255) cgcTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa < 5:223909/119‑1 (MQ=255) gcTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCGGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACtt > 1:284493/1‑149 (MQ=255) cTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTc < 8:11603/149‑1 (MQ=255) gTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCGGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCgcgc < 2:284493/149‑1 (MQ=255) aCCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGaa < 8:181440/129‑1 (MQ=255) aCCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGaa > 7:181440/1‑129 (MQ=255) cccAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcagg < 8:319678/149‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCGTGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcagg > 1:352422/1‑148 (MQ=255) ccAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcagg > 5:357494/1‑148 (MQ=255) gCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGc < 5:38742/148‑1 (MQ=255) ccGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCGTGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCaa < 2:352422/149‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGCCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACACGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATCACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCt > 5:180215/1‑149 (MQ=255) ccGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGAcc > 1:332230/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAacac < 7:352712/147‑1 (MQ=255) ccAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACg < 2:24240/148‑1 (MQ=255) aGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCaa > 3:218668/1‑149 (MQ=255) aG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGTAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAgg < 3:91684/148‑1 (MQ=255) aG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAgg < 2:46390/148‑1 (MQ=255) aG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGCTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAgg < 1:30999/148‑1 (MQ=255) 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cccGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCaa < 4:218668/149‑1 (MQ=255) ccGCGGCCATTGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAg < 3:312846/149‑1 (MQ=255) ccGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAg > 3:182433/1‑149 (MQ=255) cAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGAc > 6:300166/1‑136 (MQ=255) cAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGAc < 5:300166/136‑1 (MQ=255) aaTGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGcc > 3:119182/1‑147 (MQ=255) | ACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAG‑CCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCC > NC_002947/5614560‑5614849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |