Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 110,223 | C→T | 7.5% | G81G (GGC→GGT) | ctaD → | cytochrome c oxidase subunit 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 110,223 | 0 | C | T | 7.5% | 155.2 / 2.2 | 53 | G81G (GGC→GGT) | ctaD | cytochrome c oxidase subunit 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/24); new base T (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 |
AAGACATCGGCACGATGTACCTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCTTCCTGCTGCTG > NC_002947/110075‑110370 | aaGACATCGGCACGATGTACCTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGc < 3:368186/149‑1 (MQ=255) aGACATCGGCACGATGTACCTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGcc > 4:320477/1‑149 (MQ=255) aGACATCGGCACGATGTACCTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGcc > 6:242982/1‑149 (MQ=255) gATGTACCTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGgt < 5:149658/147‑1 (MQ=255) gATGTACCTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGgt > 6:149658/1‑147 (MQ=255) aTGTACCTGTGGGTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGtt < 6:1700/149‑1 (MQ=255) ccTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGAGCGTGGAGCCGGCGTGCTTCAACCAGATGACCAGCATGCATGTCCTTCTCAGGGTGTGTGgcg > 8:342415/1‑149 (MQ=255) tgcttCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGGGAGCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGt < 6:111988/146‑1 (MQ=255) tgGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGt < 5:242982/149‑1 (MQ=255) gTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTg < 3:320477/148‑1 (MQ=255) gTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTCTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGa > 4:150931/1‑149 (MQ=255) ttCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATc > 1:8948/1‑129 (MQ=255) ttCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATc < 2:8948/129‑1 (MQ=255) ttCAGTGGCCTCCTGTTCCTGCTCGGTCGTTCGTCTGCCAGGGCGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTGGGCAGATCGTGGCGCCGGCGCTCTTCACCCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGAt < 6:336823/149‑1 (MQ=255) tCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGTCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGt < 8:178286/145‑1 (MQ=255) tCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGTCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGt > 7:178286/1‑145 (MQ=255) gTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCGGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCg < 7:304515/149‑1 (MQ=255) atGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑Ttcgt < 2:39159/149‑1 (MQ=255) cTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGCTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTg < 7:334495/147‑1 (MQ=255) tCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAAGCAGATGACCACAATGCATGGCATGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTATTCGGCCTgtc > 5:314187/1‑146 (MQ=255) gCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTACAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑CTCGTCGGCCTGGCCAACTg > 3:269087/1‑148 (MQ=255) tCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGgat > 3:307666/1‑149 (MQ=255) gCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTgg < 3:285806/133‑1 (MQ=255) gCCATGGTGATCCGCGATGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTgg > 4:285806/1‑133 (MQ=255) gATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCtgatga > 3:310016/1‑149 (MQ=255) aTCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTgatgat > 2:274971/1‑149 (MQ=255) ccGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCg > 3:299235/1‑149 (MQ=255) cgcgCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCgg > 6:118336/1‑149 (MQ=255) gcgcTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTACAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑CTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGgc < 4:269087/149‑1 (MQ=255) aGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGccc > 3:111919/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGccc > 1:200054/1‑148 (MQ=255) tGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGa > 3:294448/1‑148 (MQ=255) ccAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATg < 3:150931/148‑1 (MQ=255) cAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATgg < 4:111919/148‑1 (MQ=255) cAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGc < 3:138680/149‑1 (MQ=255) aGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCg > 5:284028/1‑122 (MQ=255) aGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCg < 6:284028/122‑1 (MQ=255) aGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCa > 4:228612/1‑149 (MQ=255) tttGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCAc > 7:339788/1‑149 (MQ=255) tttGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCAc > 3:82535/1‑149 (MQ=255) tttGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCAc < 2:124261/149‑1 (MQ=255) cAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGAt < 4:324728/149‑1 (MQ=255) gCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGACACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCtt > 2:95209/1‑149 (MQ=255) cttcAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGgc > 1:219014/1‑149 (MQ=255) aaCCAGATGACCACCATGCATGGTCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTg < 4:317705/117‑1 (MQ=255) aaCCAGATGACCACCATGCATGGTCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTg > 3:317705/1‑117 (MQ=255) aaCCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGgctgct < 4:310016/149‑1 (MQ=255) aTGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCCGTTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCtgg > 1:91951/1‑149 (MQ=255) aTGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCcggc < 8:339788/149‑1 (MQ=255) caccaTGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCt > 6:190082/1‑149 (MQ=255) caccaTGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCt > 7:58115/1‑149 (MQ=255) caccaTGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCt > 8:180378/1‑149 (MQ=255) gCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCTTCctgctgctg < 6:304816/149‑1 (MQ=255) gCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCTTCctgctgctg < 7:180378/149‑1 (MQ=255) gCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCTTCctgctgctg < 5:118336/149‑1 (MQ=255) gCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCTTCctgctgctg < 8:58115/149‑1 (MQ=255) | AAGACATCGGCACGATGTACCTGTGGTTCAGTTTCATCATGTTCCTGCTCGGTGGCTCGTTTGCCATGGTGATCCGCGCTGAGCTGTTCCAGCCGGGTTTGCAGATCGTGGAGCCGGCGTTCTTCAACCAGATGACCACCATGCATGGCCTGATCATGGTGTTTGGCGCGGTGATGCCGGCC‑TTCGTCGGCCTGGCCAACTGGATGATTCCGCTGATGATCGGCGCGCCCGACATGGCACTGCCACGGATGAACAACTTCAGCTTCTGGCTGCTGCCGGCGGCCTTCCTGCTGCTG > NC_002947/110075‑110370 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |