Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,641,455 | C→G | 11.5% | S373C (TCC→TGC) | PP_4951 → | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,641,455 | 0 | C | G | 11.5% | 145.1 / 8.9 | 51 | S373C (TCC→TGC) | PP_4951 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/27); new base G (2/4); total (20/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTAC > NC_002947/5641310‑5641602 | cTGATCGAACGGTGCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAt < 2:143874/149‑1 (MQ=255) aTCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑g < 4:24040/147‑1 (MQ=255) aTCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑g < 8:107490/147‑1 (MQ=255) ccgtaCGGTGCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGCCATCCTGCTGGCAAGCCAGGGCCTGGTGGACGTGCACACACCAAATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAg < 4:350406/145‑1 (MQ=255) gAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGtt > 3:103745/1‑149 (MQ=255) gAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGtt < 7:117655/149‑1 (MQ=255) ggTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTGCAT‑GGAGTTCACt < 2:126553/149‑1 (MQ=255) ggTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACt < 2:170490/149‑1 (MQ=255) ggTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACt < 5:218054/149‑1 (MQ=255) ttCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTGCAT‑GGAGTTCACTGc < 6:116660/149‑1 (MQ=255) cGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCg < 7:178906/148‑1 (MQ=255) ggCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGAt < 3:305250/149‑1 (MQ=255) ggCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGAt < 5:192812/149‑1 (MQ=255) gCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATg < 4:293854/149‑1 (MQ=255) tATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAAATCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGaa > 7:218327/1‑149 (MQ=255) tCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAaca > 2:118815/1‑149 (MQ=255) gCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAAcaca < 2:347848/149‑1 (MQ=255) tCACCGGTAATACCTTACTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTGCAT‑GGAGTTCACTg > 3:16258/1‑129 (MQ=255) tCACCGGTAATACCTTACTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTGCAT‑GGAGTTCACTg < 4:16258/129‑1 (MQ=255) cGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATCGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATc < 1:50307/149‑1 (MQ=255) gTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGAt < 8:100729/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTcgacg > 7:205205/1‑149 (MQ=255) cTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACACTCATCGATCTCGACGAcgc < 4:103745/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCcagcag > 7:181969/1‑149 (MQ=255) ctgGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCgg < 8:181969/149‑1 (MQ=255) ctgGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCg < 8:205205/148‑1 (MQ=255) ggCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCTTCGATCTCGACGACGCCAGCGCcagcaggctgt > 2:18817/1‑144 (MQ=255) ggCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATc < 7:338080/118‑1 (MQ=255) ggCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATc > 8:338080/1‑118 (MQ=255) aaGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTaa > 6:191251/1‑147 (MQ=255) aaGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACa < 1:118815/149‑1 (MQ=255) ggccgggGGGACGAGCAGACCCCTTAATGGCGGCTGTCGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGGCAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGACAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCctgct < 8:190795/149‑1 (MQ=255) gcctggTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCctgctg > 7:323584/1‑149 (MQ=255) ggtggACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCgg > 4:61991/1‑149 (MQ=255) gACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCggtgg < 3:61991/148‑1 (MQ=255) aCGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTcgac < 7:278721/107‑1 (MQ=255) aCGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTcgac > 8:278721/1‑107 (MQ=255) aCCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGAcgcca < 2:323311/106‑1 (MQ=255) aCCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGAcgcca > 1:323311/1‑106 (MQ=255) aCCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAAc > 7:242347/1‑148 (MQ=255) aCCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAAc < 8:242347/148‑1 (MQ=255) gctgTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTgg > 6:182153/1‑149 (MQ=255) gTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCg < 7:313094/101‑1 (MQ=255) gTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCg > 8:313094/1‑101 (MQ=255) ttGGTGCACATTGTCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGgtgt < 8:323584/149‑1 (MQ=255) gTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGc < 3:141057/149‑1 (MQ=255) ttCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCa > 4:238959/1‑149 (MQ=255) atcgcAGTGAACTGCAT‑GGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGtt > 8:142525/3‑149 (MQ=255) gcgcAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTg > 4:12606/1‑149 (MQ=255) aCTGCAT‑GGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCtt < 7:142525/148‑1 (MQ=255) tCCAT‑GCAGTTCACTGCGTTGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTAc > 4:15897/1‑149 (MQ=255) | CTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCAT‑GCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTAC > NC_002947/5641310‑5641602 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |