Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,651,374 | T→G | 7.9% | intergenic (‑182/+31) | PP_4959 ← / ← fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,651,374 | 0 | T | G | 7.9% | 251.7 / 6.9 | 84 | intergenic (‑182/+31) | PP_4959/fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/38); new base G (4/3); total (43/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACG > NC_002947/5651230‑5651515 | ttGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCt > 6:118742/1‑149 (MQ=255) tCCATTAGTACTATACACCTCACGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGATATCAATGATAAAACAGTACGCCAGCCGACTAAAGCTCGGTCTGCAGGAATTATGAACAGCTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCggg > 4:101145/1‑149 (MQ=255) cATTAGTACTCTACACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAATAAAACCCGCAGCGATGCGGGtt < 7:55242/149‑1 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt < 1:321339/149‑1 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt > 1:95206/1‑149 (MQ=255) gTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCa < 7:277600/149‑1 (MQ=255) tACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGttttttta < 6:324364/149‑4 (MQ=255) aCTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAg < 2:240840/148‑1 (MQ=255) ctctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAggg > 3:313283/1‑149 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATGAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAggg < 2:323582/146‑1 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTa > 6:232875/1‑149 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTa > 5:300967/1‑149 (MQ=255) aGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTAc < 4:247058/149‑1 (MQ=255) gACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTAc < 4:313283/148‑1 (MQ=255) aGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCg < 5:232875/148‑1 (MQ=255) aGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGa < 2:95206/149‑1 (MQ=255) gCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGAt > 8:333068/1‑148 (MQ=255) tGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGACGACTAACGGTAGGTCTGCCGTAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAACTCTGCGGGTTTTTCAGGGTAACATGTCGATAAg > 1:287497/1‑149 (MQ=255) cAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGtt > 6:280906/1‑149 (MQ=255) cAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGtt < 3:183680/149‑1 (MQ=255) aaCACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGtt > 2:43744/1‑148 (MQ=255) acacGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑a > 3:133024/1‑149 (MQ=255) cacGCAATGCAATCAGAACGGTATCAATGATCAAACTCTTCGGTAGCCTACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑Ac < 7:270476/149‑1 (MQ=255) cacGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑Ac > 4:31219/1‑149 (MQ=255) cacGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACCGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATCTACAGGATTCCATCACCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGATTTTCAGGGTTACCTGACGATCAGTTG‑a > 4:224914/1‑148 (MQ=255) aatgcaatCAGAACGCTATCAATGATCAATCTGTACGGCAGCAGACTAACGGTCGGTCTGCCTGAATTATGTACATGTTTCCATGTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTgg < 3:101145/149‑1 (MQ=255) caatCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTggcggc < 5:118742/149‑1 (MQ=255) aatCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTggcggc > 4:145657/1‑148 (MQ=255) cAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGt > 2:213509/1‑149 (MQ=255) aaggCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCTTCTGGCATAAAAAAAGCCGCTTGGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTc < 3:224914/145‑1 (MQ=255) cGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCAcc > 2:198896/1‑149 (MQ=255) tATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCttt > 5:236406/1‑149 (MQ=255) tATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCttt > 4:208369/1‑149 (MQ=255) tATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCtt > 5:22086/1‑148 (MQ=255) tCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTGGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCTTAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTc < 5:283733/148‑1 (MQ=255) tCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTc < 5:280906/148‑1 (MQ=255) tCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCa < 3:31219/149‑1 (MQ=255) tGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTa < 6:236406/149‑1 (MQ=255) gATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCAc < 1:43379/138‑1 (MQ=255) gATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCAc > 2:43379/1‑138 (MQ=255) gATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCAc < 8:307182/138‑1 (MQ=255) gATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCAc > 7:307182/1‑138 (MQ=255) tCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTGGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAgcg > 1:206708/1‑149 (MQ=255) tCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAgcg > 3:136666/1‑149 (MQ=255) aaaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAgcgc < 2:206708/148‑1 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGATTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCtc > 1:271088/1‑148 (MQ=255) aaCTGTAAGGGAGCAGACTAACGTTCTGTCTTCCGGAATTATGTACAGTTTTCCATCTCCCATAAAAAAACGCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGTGTTACCTGTCGTTCAGTCG‑ACATTGGCGGCCATTTCACCTTTCAGGTAGCGCTg < 2:287497/149‑1 (MQ=255) cTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTgg > 5:336495/1‑148 (MQ=255) ggTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGc < 6:300967/149‑1 (MQ=255) gCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTCGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTc > 5:316669/1‑149 (MQ=255) 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6:360224/101‑1 (MQ=255) aTAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTAGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTcc > 5:360224/1‑101 (MQ=255) tAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCtt > 8:286792/1‑149 (MQ=255) tgaaaaaCCCGCAGCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGaa > 7:144743/3‑143 (MQ=255) tgaaaaaCCCGCAGCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGaa < 8:144743/141‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCg < 6:370611/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCAGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAc < 4:129621/149‑1 (MQ=255) aCCCGCAGCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcg > 3:359083/1‑149 (MQ=255) | TTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTG‑ACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACG > NC_002947/5651230‑5651515 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |