| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,790,625 | A→T | 7.6% | intergenic (‑29/+28) | PP_5073 ← / ← hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,625 | 0 | A | T | 7.6% | 217.1 / 7.6 | 79 | intergenic (‑29/+28) | PP_5073/hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/38); new base T (3/3); total (38/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
AATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790481‑5790769 | aaTGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCg < 4:321463/149‑1 (MQ=255) cgacgcCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCgg < 8:249570/146‑1 (MQ=255) aTGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCgg < 4:283292/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gggTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGtt > 5:205982/1‑148 (MQ=255) ggTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTtga < 7:109778/149‑1 (MQ=255) cTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGaa < 3:274847/149‑1 (MQ=255) tGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAAt > 3:99591/1‑149 (MQ=255) gtttcggtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATg > 3:38786/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) tcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCa < 7:29354/148‑1 (MQ=255) gATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATg < 7:57444/148‑1 (MQ=255) gggACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCAc < 4:108051/121‑1 (MQ=255) gggACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCAc > 3:108051/1‑121 (MQ=255) gACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCCCGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCg > 1:250951/1‑149 (MQ=255) cAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTg < 6:25390/113‑1 (MQ=255) cAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTc < 1:278948/149‑1 (MQ=255) gacgaTCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCgg > 1:68766/1‑149 (MQ=255) acgaTCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCTTCGATGCCGGGtttt < 8:212145/56‑2 (MQ=37) acgaTCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCTTCGATGCCGGGtttt > 7:212145/1‑55 (MQ=37) tCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGa > 4:60443/1‑149 (MQ=255) gCTTAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGAt < 8:341753/148‑1 (MQ=255) 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aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCAGGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACAt > 1:117862/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg > 8:185906/1‑108 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg < 7:185906/108‑1 (MQ=255) aaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATg < 3:60443/149‑1 (MQ=255) taaaCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTgg < 4:326692/130‑1 (MQ=255) taaaCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTgg > 3:326692/2‑131 (MQ=255) aaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGc > 7:123334/1‑148 (MQ=255) aaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGc > 6:42793/1‑148 (MQ=255) aCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGc > 3:23221/1‑147 (MQ=255) cccGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAg > 8:248452/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTg > 3:38672/1‑149 (MQ=255) | AATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAAC‑GTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790481‑5790769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |