Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,013,852 | A→G | 8.7% | intergenic (+57/+53) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,013,852 | 0 | A | G | 8.7% | 115.2 / 3.1 | 47 | intergenic (+57/+53) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/19); new base G (2/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.09e-01 |
TGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCT > NC_002947/6013708‑6014000 | tGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCt < 3:245814/149‑1 (MQ=255) cGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtgtg < 7:310983/149‑1 (MQ=255) cGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGGCTCGCACGCtgtg > 7:62173/1‑149 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCtgt < 1:193308/149‑1 (MQ=25) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTTCCGTACCTGTgg > 6:108235/1‑149 (MQ=255) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCACACACGTGCAGCACACGTCTCGAACGCTGTGCCGTAACAGTgg > 7:287972/1‑149 (MQ=255) ccAGGGGTACCGCGTAGAAGCGCTGGCCCGGGGGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGGGGTCAGCGTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTgg < 6:111966/149‑1 (MQ=18) aGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCtgtg < 5:243498/146‑1 (MQ=255) aGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCtgtg > 6:243498/1‑146 (MQ=255) gTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCCCGCCCCCCCGGGCACCACAGGGGGGGAACGCGGTGGCGGAGCGGTGGGTGCg > 4:147533/1‑149 (MQ=255) gcgTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCGCTACCACGGGTGCAGCAAAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCGGTGGGAGCGGGCGTg > 7:195921/1‑149 (MQ=255) cccGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGc < 7:36418/149‑1 (MQ=255) ccGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtgtg < 3:117518/110‑1 (MQ=255) ccGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtgtg > 4:117518/1‑110 (MQ=255) tCGCTGGAAGGTGGTGTGATCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGGGCCGCAGAGGGCTGGGACCCGGTGCCCTACCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGATAGGGCGCAACCCGTTTAt > 4:81417/1‑149 (MQ=25) gCTGGATGGTGGTGTGATCAGCTTCATCGAATAACCGCGCCACCTGCGTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGTAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt < 3:81417/149‑1 (MQ=37) gCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAt < 3:317302/147‑1 (MQ=255) gAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCACCACACGTCTCCAAAGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGACGGCCTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCAATAATCTGGtt > 5:110391/1‑149 (MQ=37) gtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTg < 1:108121/137‑1 (MQ=255) gggtCAGCTTCATCGAATACACGCGACACCTGCTGCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGGCGCGAACGCTGGGCCGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGcc < 5:306376/148‑1 (MQ=38) aGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGcc < 3:147533/149‑1 (MQ=255) aTCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaac < 5:108235/149‑1 (MQ=255) aTCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCCCACCCCCACGGGCAGCCCACGGAGGGGACGCGTTGGCGGACCGTGGGGGGCGGGGGGGGCCGCCGATGGCCGCACACCTTTTATGTGGTTGCCGCCCACCCCGCcaacaac > 6:90292/1‑149 (MQ=255) acggcgACACCGGCTGCGGGGGCAGGCCCGCTCCCAATGGTGCAGCACCGGTCTCGACCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGGGGGGGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTg < 1:345767/146‑1 (MQ=255) gACACCGGCTCCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGGCCCGCACAGGTCTCGACCGCGGTGCCGTACCTGGGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTaaa < 6:21221/149‑1 (MQ=37) tGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCGGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAATGGCCGCAACCCGTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACCACCAGCGCTGGTAAAgttgtt > 8:190291/1‑149 (MQ=37) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttcttc < 7:190291/148‑1 (MQ=255) cgcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCttt < 8:287972/148‑1 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGGCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTaa < 8:62173/149‑1 (MQ=255) cgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAg > 1:41887/1‑149 (MQ=255) gggCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGc > 4:143639/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc < 1:317220/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 6:269290/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 7:123264/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTCCTTTAAGCCCCTGCgg > 7:276765/1‑149 (MQ=255) 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acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 6:152988/1‑148 (MQ=255) cacaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTgg < 2:296669/105‑1 (MQ=255) tcGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGt > 7:98292/1‑149 (MQ=255) tcGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGt > 6:234558/1‑149 (MQ=255) gAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGt < 3:143639/147‑1 (MQ=255) gAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGt < 8:195921/147‑1 (MQ=255) gAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTg < 5:90292/148‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTCCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCt < 8:276765/149‑1 (MQ=255) | TGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCT > NC_002947/6013708‑6014000 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |