Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 521,215 | A→G | 9.4% | L27L (CTT→CTC) ‡ | anmK ← | anhydro‑N‑acetylmuramic acid kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 521,215 | 0 | A | G | 9.4% | 141.8 / 5.3 | 55 | L27L (CTT→CTC) ‡ | anmK | anhydro‑N‑acetylmuramic acid kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/22); new base G (3/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 |
TTGGCGGATACCTTCGCCGGCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACGGGCAATCAGCGGCTGGC > NC_002947/521068‑521363 | ttGGCGGATACCTTCGCCGGCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCaa < 6:45554/149‑1 (MQ=255) ggCGGATACCTTCGCCGGCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAg < 2:85367/148‑1 (MQ=255) ccTTCGCCGGCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGcc < 4:311388/149‑1 (MQ=255) cTTCGCCGGCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCt > 5:95228/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCg < 2:121615/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGa < 3:224367/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGAc > 4:244204/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAggg > 7:275474/1‑149 (MQ=255) aGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATc > 4:352427/1‑148 (MQ=255) ttttCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGCAGATATCCAGGc > 1:128452/1‑148 (MQ=255) cGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATc > 6:2574/1‑147 (MQ=255) gCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAg > 6:75976/1‑149 (MQ=255) gCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGGAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTGGGTCGCCCCGGGCGATATCCAGGCCATCGAg > 3:273532/1‑149 (MQ=255) cAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGc < 8:275474/149‑1 (MQ=255) cACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCg > 2:359978/1‑149 (MQ=255) cGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTg < 1:136326/141‑1 (MQ=255) cGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTg > 2:136326/1‑141 (MQ=255) gggCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGCTTGAACTGCTCGc > 7:57340/1‑102 (MQ=255) gggCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGCTTGAACTGCTCGc > 7:173751/1‑102 (MQ=255) gggCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGCTTGAACTGCTCGc < 8:173751/102‑1 (MQ=255) gggCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGCTTGAACTGCTCGc < 8:57340/102‑1 (MQ=255) gCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAgg > 7:274578/1‑135 (MQ=255) gCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAgg < 8:274578/135‑1 (MQ=255) tctcGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAggg < 6:337471/111‑1 (MQ=255) tctcGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAggg > 5:337471/1‑111 (MQ=255) tcGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATcc < 2:223992/117‑1 (MQ=255) tcGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATcc > 1:223992/1‑117 (MQ=255) gTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCAccc < 3:244204/146‑1 (MQ=255) tCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCAccccc > 8:59542/1‑147 (MQ=255) gCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTaga < 3:352427/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTa > 4:330759/1‑147 (MQ=255) gCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTa > 4:325445/1‑147 (MQ=255) cGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAgc < 7:59542/149‑1 (MQ=255) cacaGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCg > 2:303837/1‑75 (MQ=255) cacaGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATgg < 6:70213/148‑1 (MQ=255) cacaGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGc > 4:358111/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAgc > 6:13930/1‑149 (MQ=255) cagGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGt < 2:124167/149‑1 (MQ=255) agGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGtt > 1:26350/1‑149 (MQ=255) ccTGGCTCAGGTCCGGGGGCAGGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCCAGCTGCTCGCCTTGGTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCt < 4:273532/149‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGc > 5:260977/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGa < 3:330759/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGa < 3:325445/149‑1 (MQ=255) cgcAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAg > 3:96674/1‑149 (MQ=255) cATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGcc < 1:333933/145‑1 (MQ=255) cATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGcc > 2:333933/1‑145 (MQ=255) aTGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTc > 5:87076/1‑149 (MQ=255) gCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCTAGCTGGTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCAGGGCTTAGCGGTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCGTTTTCCTGa < 8:287266/149‑1 (MQ=255) cAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGAt > 6:82839/1‑149 (MQ=255) ggTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATcc < 5:2574/149‑1 (MQ=255) gtgggtggCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATAc < 1:359978/149‑1 (MQ=255) aacaaggCGAGCAGCTTGAACTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACg > 7:68164/6‑149 (MQ=255) ggtggCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACggg < 5:82839/149‑1 (MQ=255) gAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACGGGCAAt > 7:23396/1‑147 (MQ=255) cAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACGGGCAATCAGCg < 3:358111/149‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACGGGCAATCAGCggct < 8:23396/149‑1 (MQ=255) aaGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCGATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGAGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACGGGCAATCAGCggctggc > 5:256392/1‑149 (MQ=255) aaGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCt > 7:261817/1‑122 (MQ=255) aaGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCt < 8:261817/122‑1 (MQ=255) | TTGGCGGATACCTTCGCCGGCCAGGCTGGCCCAGCGGTTTTCCGCCAGTGCTGCACGGGCAATCTCGTCAGGGCCGCTGCTGCACAGGGCCAGCAGGTCCTGGCGCAGGTCCGGGGGCATGGGCAGGTAGTGGGTGGCGAGCAGTTCAAGCTGCTCGCCTTGTTCGACCAGGGCGATATCCAGGCCATCGAGGCTGGTGCCGGACATCACCCCCAAGTAGAGCGCCATGGCTTAGCGCTTGTTCGCTGCGAGCAGGGTGGCCTTTTCCTGATCCATACGGGCAATCAGCGGCTGGC > NC_002947/521068‑521363 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |