| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 648,513 | C→T | 5.5% | G389S (GGC→AGC) | accC ← | acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 648,513 | 0 | C | T | 5.5% | 279.3 / 3.8 | 91 | G389S (GGC→AGC) | accC | acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/41); new base T (3/2); total (48/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
GCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCGGCGTTGATCCGG > NC_002947/648367‑648658 | gccgccTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGa > 4:248655/1‑149 (MQ=255) tttGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGc > 4:210599/1‑148 (MQ=255) tttGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGc > 5:141704/1‑148 (MQ=255) tttGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGc > 6:332928/1‑148 (MQ=255) gCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAg < 1:42350/148‑1 (MQ=255) aGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCg > 8:299278/1‑149 (MQ=255) aGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTAGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCg > 3:221142/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCg > 4:23396/1‑148 (MQ=255) aaGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTa < 1:197655/149‑1 (MQ=255) catcaCGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTcggc > 8:89087/1‑149 (MQ=255) catcaCGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTcgg < 6:303657/148‑1 (MQ=255) atcaCGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTcggc < 5:372983/148‑1 (MQ=255) caCGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTcggcgg > 4:132045/1‑148 (MQ=255) aCGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAg > 7:143895/1‑139 (MQ=255) 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tGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGc > 2:77741/1‑92 (MQ=255) gacgacgaTCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTgc > 2:361779/1‑149 (MQ=255) gacgacgaTCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTg < 5:96890/148‑1 (MQ=255) gacgaTCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAgg < 2:243133/121‑1 (MQ=255) gacgaTCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAgg > 1:243133/1‑121 (MQ=255) gacgaTCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTgccgc > 1:123156/1‑149 (MQ=255) 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> 5:217402/1‑117 (MQ=255) gtcgCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTg < 6:217402/117‑1 (MQ=255) gcgGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAAct > 4:46354/1‑149 (MQ=255) gcgGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAAct > 6:195142/1‑149 (MQ=255) ccTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACttcttc > 3:291361/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCg > 6:259702/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCATTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACttcttc < 3:23396/148‑1 (MQ=255) gCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCgg < 8:132203/147‑1 (MQ=255) cGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCt > 4:332910/1‑149 (MQ=255) tcgctGATCGGCAAGCTGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTc > 7:195991/5‑149 (MQ=255) cgctGATCGGCAAGCTGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACttcttc > 5:43976/4‑140 (MQ=255) cgctGATCGGCAAGCTGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACttcttc < 6:43976/137‑1 (MQ=255) aGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCg > 5:242852/1‑149 (MQ=255) ggTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCgg > 2:18957/1‑149 (MQ=255) gTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGAcgcg < 7:22110/74‑1 (MQ=255) aTCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGTTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCGGCGt < 1:82800/148‑1 (MQ=255) aTCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCGGCGtt < 3:46354/149‑1 (MQ=255) aGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCGGCGTTGAt > 4:87611/1‑149 (MQ=255) gCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCGGCGTTGATCCgg > 1:252103/1‑148 (MQ=255) | GCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGACGATCTCGTCCAGGGCATTGCGCATGCGCGCCATG‑GCCTCGTCGCGGTCCTTGCCGTAGGTGATCAGCTTGCCGATCAGCGAGTCGTAGTTCGGCGGAACCGAATAACCGCTGTACAGGTGCGAATCGACGCGTACGCCGTTGCCGCCCGGGGCGTGGAAGTGCTTCACCTTGCCTGGGCTCGGGATGAACTTCTTCGGGTCTTCGGCGTTGATCCGG > NC_002947/648367‑648658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |