| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 655,052 | C→A | 6.0% | A431S (GCG→TCG) | PP_0563 ← | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 655,052 | 0 | C | A | 6.0% | 215.3 / 3.3 | 67 | A431S (GCG→TCG) | PP_0563 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/31); new base A (2/2); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
GTTTACCTCCAGACTTGAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCGGCATC > NC_002947/654905‑655199 | gTTTACCTCCAGACTTGAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCt > 1:158787/1‑149 (MQ=255) tCCAGACTTGAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTgg > 3:335057/1‑149 (MQ=255) gACTTGAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCAt < 3:306637/149‑1 (MQ=255) gAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGc > 4:292349/1‑141 (MQ=255) gAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGc < 3:292349/141‑1 (MQ=255) aaGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGt > 4:62070/2‑147 (MQ=255) aGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAg < 3:62070/149‑1 (MQ=255) ggTATGTGCAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGt < 8:199586/149‑1 (MQ=255) ggTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGt < 6:116769/149‑1 (MQ=255) ggTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGt < 5:42600/149‑1 (MQ=255) aTGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCa > 7:283415/1‑149 (MQ=255) tgAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATc < 2:158787/148‑1 (MQ=255) gCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGcccc > 7:351063/1‑149 (MQ=255) cTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTc < 8:283415/149‑1 (MQ=255) ggCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGca > 3:113478/1‑149 (MQ=255) gCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGcac > 3:31457/1‑149 (MQ=255) tgtgAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAg > 2:235039/1‑136 (MQ=255) tgtgAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAg < 1:235039/136‑1 (MQ=255) gaagaaGCCGGCACCGTGAGTGTGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCa > 4:250042/1‑149 (MQ=255) 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ccGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACt < 8:29585/149‑1 (MQ=255) gTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGAGCACTg > 6:292312/1‑148 (MQ=255) tGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATc > 6:148203/1‑149 (MQ=255) cGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATccc > 2:241166/1‑149 (MQ=255) gAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCcg > 1:356776/1‑149 (MQ=255) tttCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTG‑AGGTGCACTGCAAATCCCGCGGc < 4:113478/149‑1 (MQ=255) aGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCTGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAATTCCCGCGGCTg < 4:31457/148‑1 (MQ=255) gggCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCAATGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTgcg > 8:128319/1‑149 (MQ=255) ggCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTgcgc > 3:56595/1‑149 (MQ=255) tctACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCgg > 3:291369/1‑149 (MQ=255) tACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCgg < 4:335057/147‑1 (MQ=255) acacGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCggg > 3:186431/1‑147 (MQ=255) acacGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCggg > 7:5456/1‑147 (MQ=255) acgaacgaCGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTaga < 7:33533/149‑1 (MQ=255) acgaacgaCGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTa > 5:30046/1‑147 (MQ=255) gaacgaCGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGTACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAgaga < 1:255241/149‑1 (MQ=255) gaacgaCGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAgaga < 8:251035/149‑1 (MQ=255) gaacgaCGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCCCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTagag > 2:137645/1‑148 (MQ=255) acgCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTc < 7:81935/149‑1 (MQ=255) cgCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCg < 1:137645/149‑1 (MQ=255) cgCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCg < 1:241166/149‑1 (MQ=255) gcCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAgcgc > 7:130806/1‑149 (MQ=255) cccTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTc > 2:57556/1‑138 (MQ=255) cccTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTc < 1:57556/138‑1 (MQ=255) cccTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGcc > 6:156708/1‑149 (MQ=255) 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cGGTACAGCGCCTCGTCCGATGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGcc < 7:79344/133‑1 (MQ=255) ggTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGc < 2:101354/149‑1 (MQ=255) tACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCAc < 8:5456/149‑1 (MQ=255) aGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCtt < 5:148203/149‑1 (MQ=255) aGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCtt < 4:291369/149‑1 (MQ=255) cgcCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTtgt < 4:186431/149‑1 (MQ=255) ccTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAgcggc > 2:311614/1‑121 (MQ=255) gTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCg < 8:351063/148‑1 (MQ=255) cGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCGGCAt > 8:272007/1‑149 (MQ=255) gCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCAGCATc > 6:246362/1‑149 (MQ=255) gCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCAGCATc < 5:246362/149‑1 (MQ=255) | GTTTACCTCCAGACTTGAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCGGCATC > NC_002947/654905‑655199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |