Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 682,199 | G→C | 9.6% | F358L (TTC→TTG) | PP_0584 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 682,199 | 0 | G | C | 9.6% | 178.8 / 6.1 | 61 | F358L (TTC→TTG) | PP_0584 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/28); new base C (2/4); total (29/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCG > NC_002947/682055‑682338 | cATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAAc > 1:314997/1‑148 (MQ=255) tGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAg < 4:95668/149‑1 (MQ=255) ccACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTg > 8:31350/1‑149 (MQ=255) cGGCTTCGCGCTGGAGGCCGGCCGCCTCGTCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGGTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGATTGGCACCGAGGAACTGGTTCAACCAGttcctc < 7:347673/149‑5 (MQ=255) ggCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCGCGGCCATGGCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTCAACCAGttcctcg < 8:168385/149‑6 (MQ=255) cTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAg < 8:81094/140‑1 (MQ=255) cTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAg > 7:81094/1‑140 (MQ=255) gcTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGcgcg > 7:184506/1‑149 (MQ=255) gcggcCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGttt < 2:314997/149‑1 (MQ=255) ggccggccGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTtcg > 3:107841/1‑149 (MQ=255) ggccggccGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTtcg < 8:184506/149‑1 (MQ=255) gccggccgCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTtcgt > 2:123522/1‑149 (MQ=255) ccggccgCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGACGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCTCGGTTtcgtc < 8:166623/149‑1 (MQ=255) cACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAgg < 7:31350/149‑1 (MQ=255) cACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAgg > 4:60075/1‑149 (MQ=255) aCTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGt > 2:1087/1‑149 (MQ=255) gcgGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGggt > 1:112824/1‑147 (MQ=255) gccggacGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATATTGCTGGCACCAGAGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGCAACTGGATGAACCAGATGGCCAGTTGCGCGGGTTCGTCGCGGCCGCGGATATCCAGGTTCCGggt > 2:272257/7‑147 (MQ=255) gggTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGggtcagg < 1:1087/149‑1 (MQ=255) tgctgGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGc > 3:178587/1‑132 (MQ=255) tgctgGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGc > 1:129448/1‑132 (MQ=255) tgctgGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGc > 1:134364/1‑132 (MQ=255) tgctgGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGc < 2:129448/132‑1 (MQ=255) tgctgGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGc < 2:134364/132‑1 (MQ=255) tgctgGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGc < 4:178587/132‑1 (MQ=255) gctgGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGc > 2:59656/1‑131 (MQ=255) ggACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCtt > 7:224606/1‑149 (MQ=255) gACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTg < 2:112824/149‑1 (MQ=255) gTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGc < 4:104160/149‑1 (MQ=255) cTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAAt < 3:60075/149‑1 (MQ=255) cTGAGGATCTTGCTGACAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAAt < 4:124363/149‑1 (MQ=255) gAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATg > 6:32356/1‑148 (MQ=255) aGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGtt < 6:74414/90‑1 (MQ=255) aGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTc < 3:285050/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTc > 7:348587/1‑147 (MQ=255) tGGCAGCAGAGCCGATGTGGTGGATCAGGGTGGGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGATGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTACAGGATGCGGGTCAGGTCACCGTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGcga > 6:308741/1‑147 (MQ=255) cGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCcgc > 3:199883/1‑81 (MQ=255) cGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCcgc < 4:199883/81‑1 (MQ=255) gATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCTCCGTGGAACTGGTTGAACGAGTTGGCCAGTTGCGCGTTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCTGGTTGCGGGTTAGGTCACCCTCTCCTTGGGCAATGTCTTCCAGGACATTGGTGACGCTGt < 1:272257/149‑1 (MQ=255) gATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGt < 4:107841/149‑1 (MQ=255) gATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGt < 4:29402/149‑1 (MQ=255) gCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATc < 5:32356/149‑1 (MQ=255) gATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCt > 3:208495/1‑101 (MQ=255) gATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCt < 4:208495/101‑1 (MQ=255) aGGCGGCGAAGGGCACCGTGAAACTGGTTCAACCAGTTATCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCa < 1:123522/148‑1 (MQ=255) gCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACGAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGa < 1:68239/149‑1 (MQ=255) gCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGc < 3:73232/131‑1 (MQ=255) gCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGc > 4:73232/1‑131 (MQ=255) gCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGa > 5:94514/1‑149 (MQ=255) aaTGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGTGCACCCGATCaaca < 8:224606/149‑4 (MQ=255) aCCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCg > 2:213497/1‑148 (MQ=255) aCCGAGGAACTGGTTGAACCAGGTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCg > 7:233565/1‑148 (MQ=255) ccGAGGAACTTGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGaa < 7:18324/149‑1 (MQ=255) cGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAg > 7:88523/1‑149 (MQ=255) aGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGc < 8:348587/149‑1 (MQ=255) ccaaCTGGTTCAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGcc > 8:124076/3‑149 (MQ=255) gAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGCCGCTGTTCATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGCAGGCCg > 8:172258/1‑149 (MQ=255) gAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAgg < 6:202350/146‑1 (MQ=255) gAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAgg > 5:202350/1‑146 (MQ=255) gTTCAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGgc < 7:135201/119‑1 (MQ=255) gTTCAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGgc > 8:135201/1‑119 (MQ=255) | CATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCG > NC_002947/682055‑682338 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |