Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 947,386 | G→C | 10.5% | intergenic (‑18/‑138) | norR ← / → hmp | DNA‑binding transcriptional regulator/flavohemoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 947,386 | 0 | G | C | 10.5% | 119.7 / 2.6 | 45 | intergenic (‑18/‑138) | norR/hmp | DNA‑binding transcriptional regulator/flavohemoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/17); new base C (2/3); total (25/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGCATCGCACGGCAGCAGGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAGTTGTTGCAATGCTCAA > NC_002947/947241‑947531 | gcagcaTCGCACGGCAGCAGGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCTGGGTCGGGCAAAACGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGAGTCCTATGGGTCGa > 1:290029/1‑148 (MQ=255) gcaTCGCACGGCAGCAGGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCGAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATCGACCCATAGGAGTCCATATGa < 1:55726/149‑1 (MQ=255) gCACGGCAGCAGGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACtata > 2:351113/1‑149 (MQ=255) ggCAGCAGGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATCGACCCATAGGAGTCCATATGAc < 5:358266/141‑1 (MQ=255) ggCAGCAGGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATCGACCCATAGGAGTCCATATGAc > 6:358266/1‑141 (MQ=255) cagGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAACGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGgggt > 2:115814/1‑149 (MQ=255) agGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATGGCGGTACTGGTGGGTGAGCAGGGGGAGGAGGTTGGTGAGGAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAgtggtg < 5:196953/149‑1 (MQ=255) aTGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGtttt < 1:162562/149‑1 (MQ=255) gCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGa > 3:252348/1‑148 (MQ=255) gCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGa < 1:309678/148‑1 (MQ=255) ttGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACAt > 6:228497/1‑149 (MQ=255) gTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGa < 1:353971/149‑1 (MQ=255) cT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGa < 1:3984/145‑1 (MQ=255) cT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGa > 2:3984/1‑145 (MQ=255) cT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGAtttt > 1:237275/1‑149 (MQ=255) gggCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGGGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑Gc < 2:290029/149‑1 (MQ=255) cTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGc > 7:252143/1‑149 (MQ=255) tGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCt > 3:82683/1‑149 (MQ=255) aCCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTg < 5:228497/148‑1 (MQ=255) cAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGTGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTaa > 8:153683/1‑149 (MQ=255) gggCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAAtcg > 4:189473/1‑147 (MQ=255) gCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTAGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGT‑ATGGCAg < 1:351113/149‑1 (MQ=255) aggaggGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAgg > 4:54283/1‑149 (MQ=255) gaggGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAgggg < 4:252348/149‑1 (MQ=255) gtggtgAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGt > 3:361196/1‑149 (MQ=255) gCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTTCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTg < 8:252143/148‑1 (MQ=255) gTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCt > 5:355398/1‑122 (MQ=255) gTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGc > 6:168988/1‑149 (MQ=255) gTGGCTGGGTAGTCATATGGACTCCTCTGGGGCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCt < 6:355398/122‑1 (MQ=255) ctgcgtatAGTCATATCGACCCATAGGAGTCCATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCca > 4:145435/8‑149 (MQ=38) tgtgTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCt > 1:42984/1‑117 (MQ=255) tgtgTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCt < 2:42984/117‑1 (MQ=255) tgtAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGc > 2:16478/1‑149 (MQ=255) tCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAg > 2:339018/1‑148 (MQ=255) atatGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGTGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAg < 7:153683/149‑1 (MQ=255) atatGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCa > 3:271672/1‑123 (MQ=255) atatGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCa < 4:271672/123‑1 (MQ=255) aCTCCTTTGGGTTCTTATTTCTATTCGCAGGGGGTGGTCGTTTTTTCATGTCCTTCGTTAATCCCCTGTTTTTTGTGCCCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAgttgt < 1:115814/148‑1 (MQ=255) tCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCca‑ca < 3:153529/131‑1 (MQ=255) tCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCca‑ca > 4:153529/1‑131 (MQ=255) cTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAGTTGTTGCAAt > 2:250794/1‑149 (MQ=255) tATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAGTTGTTGCAATg > 1:269303/1‑149 (MQ=255) gggTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAGTTGTTGCAATGCt > 5:277818/1‑148 (MQ=255) gTCGATATGACTATACGCAGGGGTTGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAGTTGTTGCAATGCTCaa < 3:54283/149‑1 (MQ=255) tCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCACCAGGCTCAGGAGTTGTTGCAATGCTCaa < 1:16478/149‑1 (MQ=255) | GCAGCATCGCACGGCAGCAGGCCACGCATGGCTTGCAACAGGCGGCGGTAGCGTTCCT‑GGTCGGGCAAATCGCGGGACAGGTCGCTGACCAGGGGCAGGAGGGTGGTGAGCAGTGGCTGTGTAGTCATATGGACTCCTATGGGTCGATATGACTATACGCAGGGGTGGGTCGTTTTGACATGACCTGCGTCAAGCCCCTGATTTTGCTG‑GCGATAAAAAGTTGGCACGATTGCTGTAATGGCAGGGGCAGTCATTTGAAGCCA‑CAGGCTCAGGAGTTGTTGCAATGCTCAA > NC_002947/947241‑947531 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |