| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,226,710 | T→A | 10.0% | intergenic (‑220/‑111) | gltI ← / → PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,226,710 | 0 | T | A | 10.0% | 184.0 / 9.9 | 70 | intergenic (‑220/‑111) | gltI/PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/29); new base A (5/2); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
CATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGATA > NC_002947/1226569‑1226857 | cATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTAAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAAc < 3:107566/148‑1 (MQ=255) aTTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGc < 7:91655/149‑1 (MQ=255) aTTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 5:330889/149‑2 (MQ=255) aTTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 7:343261/149‑2 (MQ=255) gCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGGCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATggg < 5:271058/149‑1 (MQ=255) aaGTGTAGATCATGAATCGTGACAAGAAATTATTTCTACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGca > 6:128354/1‑147 (MQ=255) aGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGAATg > 5:224852/1‑140 (MQ=255) aGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTATCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATg < 6:224852/140‑1 (MQ=255) tAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCt > 3:157271/1‑148 (MQ=255) agCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATcc > 2:335229/1‑149 (MQ=255) agCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGATTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATcc > 6:268279/1‑149 (MQ=255) tCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATATACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCg > 5:267421/1‑149 (MQ=255) tCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATg > 7:345597/1‑125 (MQ=255) tCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATg < 8:345597/125‑1 (MQ=255) ccAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCTTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCTGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTg < 2:304073/148‑1 (MQ=255) ccAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGc < 7:62124/149‑1 (MQ=255) cAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCg > 1:346850/1‑149 (MQ=255) aaGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCgg > 1:165291/1‑149 (MQ=255) aGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCTAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGt < 4:157271/149‑1 (MQ=255) tgctgTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTa > 7:207427/1‑149 (MQ=255) gTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATg > 2:266641/1‑147 (MQ=255) tCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAg > 4:311954/1‑149 (MQ=255) tCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAg > 3:71222/1‑149 (MQ=255) tCGACCTTAAACCACTCGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCa < 2:346850/148‑1 (MQ=255) cTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTgcgc > 6:32392/1‑149 (MQ=255) 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gTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGt > 6:98439/1‑148 (MQ=255) ttGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCt < 1:335229/149‑1 (MQ=255) gACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATATACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCt < 6:267421/147‑1 (MQ=255) gACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGTAAGGGCTCAGACGTAGt < 6:75780/142‑1 (MQ=255) gACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGTAAGGGCTCAGACGTAGt > 5:75780/1‑142 (MQ=255) aCAGTCTCGCCCTCTCTGCGGGGATCGCCAGGCCGAATAACCACCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGA‑ATCGCTTGCTGTAACTATGCAGGGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTg < 2:82182/149‑1 (MQ=255) aGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGct < 8:207427/149‑1 (MQ=255) gTCTCGACCTCTCTCCGGGATTCGCCAGGCCGAATAAACATCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAAGGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGctc < 5:268279/149‑1 (MQ=255) gACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCttt < 1:289176/147‑1 (MQ=255) aCCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGcc > 3:66598/1‑149 (MQ=255) ctctctCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTg > 3:22199/1‑149 (MQ=255) tctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTgg < 1:266641/147‑1 (MQ=255) tctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTg > 5:342968/1‑146 (MQ=255) tctcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTg > 3:155414/1‑146 (MQ=255) tcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAAc > 8:285206/1‑68 (MQ=255) tcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAAc < 7:285206/68‑1 (MQ=255) tcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTg > 7:9685/1‑133 (MQ=255) tcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTg < 8:9685/133‑1 (MQ=255) tcCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGga < 4:71222/146‑1 (MQ=255) cGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCACACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGgaga < 1:29955/146‑1 (MQ=255) ggTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCca > 1:180844/1‑149 (MQ=255) gTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCca > 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catgcGTTCGGATAACCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAAc > 8:100775/5‑149 (MQ=255) catgcGTTCGGATAACCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAAc > 7:323665/5‑149 (MQ=255) tCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCGGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGAt > 8:234168/1‑149 (MQ=255) gTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTc > 7:43879/1‑149 (MQ=255) ttCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAg < 8:100870/119‑1 (MQ=255) ttCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAg > 7:100870/1‑119 (MQ=255) gTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGTGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATc > 8:281735/1‑148 (MQ=255) ttATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGa < 7:258099/149‑1 (MQ=255) tCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGATa < 3:311954/148‑1 (MQ=255) | CATTCGGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGT‑ATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGATTCCATCGATA > NC_002947/1226569‑1226857 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |