| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,273,533 | A→C | 7.8% | H14Q (CAT→CAG) | PP_1114 ← | SEC‑C domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,273,533 | 0 | A | C | 7.8% | 260.2 / 7.7 | 84 | H14Q (CAT→CAG) | PP_1114 | SEC‑C domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/43); new base C (3/4); total (37/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAG > NC_002947/1273387‑1273681 | tGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATg < 3:289481/149‑1 (MQ=255) cACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGtt < 3:121783/149‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCCTgactg > 4:287977/1‑145 (MQ=255) aCTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATg > 5:19923/1‑145 (MQ=255) aCTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATg < 6:19923/145‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTg < 1:146400/149‑1 (MQ=255) gTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAgc < 4:196949/146‑2 (MQ=255) tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAgg > 2:337407/1‑149 (MQ=255) tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAgg < 7:94518/149‑1 (MQ=255) tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAg < 6:159379/148‑1 (MQ=255) cttcttCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc > 2:63437/1‑149 (MQ=255) ttcttcTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc > 2:107174/1‑148 (MQ=255) ttctCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCAt > 4:216824/1‑148 (MQ=255) ttctAGCTACCGCACGGGCAAGGGTCTTTACGGCCAACGTCATTCAGGGCGTTTCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGAGGGCCGTGTACATTTCCGGGGTCGTTGTGGTGATCATGTCGATGGTTGCAGTCAGGGCAAt > 6:178057/1‑148 (MQ=255) ctcGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCAt < 3:287977/146‑1 (MQ=255) ctcGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATg < 8:246148/147‑1 (MQ=255) gCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCGTTCAGTGGGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCTGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAAc < 8:156076/147‑1 (MQ=255) gCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAAc < 8:22879/147‑1 (MQ=255) gCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGt > 1:188947/1‑149 (MQ=255) 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cacgggcacgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGgttg > 1:7728/1‑149 (MQ=255) cgggcacgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGgttgtt < 2:7728/149‑1 (MQ=255) aggtcaagggTCGTTACGGCCAACTTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCGCCTGGTGTCCGGGTTTGCAGTGCGGGCCGTGTAAATGTCCGTGGTCGTGTTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTAAGGGCCAGGAACGTGGGgttgtt < 5:178057/142‑1 (MQ=255) gTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAg < 5:129901/149‑1 (MQ=255) ttACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg > 2:10937/1‑149 (MQ=255) ggCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCCGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCa > 2:322054/1‑149 (MQ=255) ggCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg > 1:108207/1‑145 (MQ=255) ggCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg < 2:108207/145‑1 (MQ=255) gCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTGGCAGTGCGGGCCGTGTACCTGGCCGTGGGCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGGCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCAc < 8:81308/149‑1 (MQ=255) gcAACGCCCTGAAGGACGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGAGGTGGTGATCATCGCCATGGATGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACt > 3:17289/2‑149 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCAt > 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tCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTa < 1:107174/149‑1 (MQ=255) tcTTCAGGGCGTTGCGTAGCGGCTGCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGt < 7:79005/146‑1 (MQ=255) ccTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGAGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATCAACGAGGGGTTGTTGG‑GACAATGCAGGGTCACTCCGGTAt > 2:286814/1‑149 (MQ=255) cTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg < 2:48035/135‑1 (MQ=255) cTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg > 1:48035/1‑135 (MQ=255) 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tATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGAtt < 3:216824/149‑1 (MQ=255) tCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGa > 1:45553/1‑145 (MQ=255) tCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGa < 2:45553/145‑1 (MQ=255) gCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgggg < 3:345023/141‑1 (MQ=255) gCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtct > 1:18947/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |