| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,273,543 | T→C | 6.5% | D11G (GAC→GGC) ‡ | PP_1114 ← | SEC‑C domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,273,543 | 0 | T | C | 6.5% | 224.8 / 4.4 | 79 | D11G (GAC→GGC) ‡ | PP_1114 | SEC‑C domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/36); new base C (2/3); total (38/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
TACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGC > NC_002947/1273399‑1273690 | tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAgg < 7:94518/149‑1 (MQ=255)tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAgg > 2:337407/1‑149 (MQ=255)tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAg < 6:159379/148‑1 (MQ=255) cttcttCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc > 2:63437/1‑149 (MQ=255) ttcttcTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc > 2:107174/1‑148 (MQ=255) ttctCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCAt > 4:216824/1‑148 (MQ=255) ttctAGCTACCGCACGGGCAAGGGTCTTTACGGCCAACGTCATTCAGGGCGTTTCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGAGGGCCGTGTACATTTCCGGGGTCGTTGTGGTGATCATGTCGATGGTTGCAGTCAGGGCAAt > 6:178057/1‑148 (MQ=255) ctcGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCAt < 3:287977/146‑1 (MQ=255) ctcGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATg < 8:246148/147‑1 (MQ=255) 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ggCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg > 1:108207/1‑145 (MQ=255) gCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTGGCAGTGCGGGCCGTGTACCTGGCCGTGGGCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGGCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCAc < 8:81308/149‑1 (MQ=255) gcAACGCCCTGAAGGACGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGAGGTGGTGATCATCGCCATGGATGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACt > 3:17289/2‑149 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCAt < 6:207793/115‑1 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCAt > 5:207793/1‑115 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACt > 7:23551/1‑149 (MQ=255) 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6:351066/143‑1 (MQ=255) gggCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTAt > 5:351066/1‑143 (MQ=255) tATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGAtt < 3:216824/149‑1 (MQ=255) tCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGa > 1:45553/1‑145 (MQ=255) tCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGa < 2:45553/145‑1 (MQ=255) gCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgggg < 3:345023/141‑1 (MQ=255) gCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtct > 1:18947/1‑148 (MQ=255) gCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGAGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgggg > 4:345023/1‑141 (MQ=255) tCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTcac < 2:18947/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATATAATCGTCGGGGATTATCTcac > 4:217504/1‑149 (MQ=255) cTGGTTGCAGTGGTTGCAGTTCTGGACGTGTACATGGCGGTGGTCGTGGTTGTGATGATGGCCATGGTTGCATTCAGGGCCATGAACGTGGTGTTGTTTG‑GACATTGCATGGTCTCTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTcac < 1:173948/147‑1 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTgg > 8:335332/1‑99 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTgg < 7:335332/99‑1 (MQ=255) gCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATAATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGT‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTgcgc < 1:286814/149‑1 (MQ=255) ccGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg > 2:273894/1‑104 (MQ=255) ccGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAgg < 1:273894/104‑1 (MQ=255) cGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTTATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCga < 8:184677/149‑1 (MQ=255) gTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGAt < 8:23551/148‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGc < 1:63437/148‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGc < 1:10937/148‑1 (MQ=255) tACATGGCCGTGGTAGTGGTGGTGATCATGGACATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTTGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTACGGTATGTAATCGGCGGGGATTATCTAACCAAGGCGCGAGATGTGCAGGTCACtatgtctg > 8:331725/1‑145 (MQ=255) aCATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCgatggat > 1:346932/1‑147 (MQ=255) cATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATATAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGa < 3:217504/148‑1 (MQ=255) aTGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtc > 7:217540/1‑110 (MQ=255) aTGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtc < 8:217540/110‑1 (MQ=255) ggCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGAGACAATGGAGGGTCACTACGGTATTTAATAGTGGGGGATTATATAACCACTTCGCGAGAAGTTCAAGTACCGATTGATGAGc > 1:295247/1‑148 (MQ=255) cggcgtggtGCGGACCATCGCCCAGGGTGCCGGCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGt < 2:295247/146‑1 (MQ=255) gtcgtggtGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCg < 3:280920/130‑1 (MQ=255) gtcgtggtGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCg > 4:280920/1‑130 (MQ=255) acgttCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCg > 8:187182/5‑149 (MQ=255) ttCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGccc > 5:153404/2‑149 (MQ=255) aTGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGACCGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATCTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCtc > 3:10291/1‑147 (MQ=255) tGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCa < 7:187182/149‑1 (MQ=255) gCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAgg < 1:322054/149‑1 (MQ=255) gCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAgg > 6:135188/1‑149 (MQ=255) aTGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCAGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAg > 2:261340/1‑149 (MQ=255) ggTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGt > 8:204539/1‑148 (MQ=255) gTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTaa > 4:321086/1‑149 (MQ=255) gTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGc > 1:140204/1‑149 (MQ=255) | TACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGG‑GACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGC > NC_002947/1273399‑1273690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |