| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,366,393 | A→T | 5.4% | F103I (TTT→ATT) ‡ | PP_1191 ← | S4 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,366,393 | 0 | A | T | 5.4% | 288.8 / 4.7 | 93 | F103I (TTT→ATT) ‡ | PP_1191 | S4 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/41); new base T (2/3); total (49/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
CGCCGCGCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGG > NC_002947/1366252‑1366540 | cgccgcGCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGccc < 6:236244/148‑1 (MQ=255) gccgcGCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCATTTTGCCCgg > 4:261854/1‑148 (MQ=255) gccgcGCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGt > 8:314559/1‑149 (MQ=255) cgcgCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGCACGGGCATTTTGCCCggc < 6:12013/149‑3 (MQ=255) cgcgCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGCACGGGCATTTTGCCCgg > 5:12013/1‑147 (MQ=255) cgcgCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCATTTTGCCCggca < 3:261854/149‑4 (MQ=255) gcgcACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCa < 2:114825/149‑1 (MQ=255) cgcACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGCACGGGCATTTTGCCCggcag < 6:152594/149‑5 (MQ=255) cgcACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAg > 2:327729/1‑149 (MQ=255) gcACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAgg > 7:344505/1‑149 (MQ=255) aCTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGTCCGTGCAGGgc > 3:175878/1‑149 (MQ=255) cAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCaaa > 8:46652/1‑130 (MQ=255) aaTGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCa > 8:273375/1‑149 (MQ=255) tgaACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCt > 3:41834/1‑149 (MQ=255) gaACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCtt > 1:111438/1‑149 (MQ=255) aaCTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTc < 8:344505/149‑1 (MQ=255) cTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCa > 4:79777/1‑131 (MQ=255) cTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCa < 3:79777/131‑1 (MQ=255) cTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTcgc > 1:279377/1‑149 (MQ=255) cTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGt < 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aGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGTAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTc > 1:63349/1‑149 (MQ=255) tCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAgg < 5:80139/144‑1 (MQ=255) tCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAgg > 6:80139/1‑144 (MQ=255) tCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGcc < 1:327729/149‑1 (MQ=255) ccTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATg < 2:111438/149‑1 (MQ=255) 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gggATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGgcg > 4:344272/1‑149 (MQ=255) aTACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCTTTTCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCgg < 1:307444/149‑1 (MQ=255) aTACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGt > 1:48600/1‑135 (MQ=255) aTACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGt < 2:48600/135‑1 (MQ=255) ccGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCGCATGTTCATGCTGGCGCGGGCAt > 4:239687/1‑149 (MQ=255) 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aGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCgg < 4:54437/149‑1 (MQ=255) ccACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAgg < 8:252195/149‑1 (MQ=255) ccACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAgg < 3:344272/149‑1 (MQ=255) ccACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAg < 2:63349/148‑1 (MQ=255) cACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAggg > 5:164707/1‑149 (MQ=255) aCGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGt < 2:351415/149‑1 (MQ=255) aCGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGt < 6:153486/149‑1 (MQ=255) cGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCAATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGtt > 2:359216/1‑149 (MQ=255) gCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGttt < 7:188835/149‑1 (MQ=255) gCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGttt > 2:135684/1‑149 (MQ=255) cAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTc < 4:216460/149‑1 (MQ=255) cAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTc > 3:284954/1‑149 (MQ=255) cAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTc < 3:64571/149‑1 (MQ=255) aGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTGGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCg < 3:46912/149‑1 (MQ=255) aGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCg < 8:345182/149‑1 (MQ=255) c‑cGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACgg < 1:135684/148‑1 (MQ=255) c‑cGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACgg < 6:158878/148‑1 (MQ=255) cAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGTTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGccc < 7:231502/149‑1 (MQ=255) aaaaTGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTAGGCACGGGCGCCCg > 5:214506/1‑149 (MQ=255) aaaTGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCgg < 6:214506/149‑1 (MQ=255) aaTGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGc > 2:298908/1‑63 (MQ=255) | CGCCGCGCACTTCAATGATGAACTCCTGCTCCAGGCGACGCAGGTCGGCCTCGATCTTGCGGGATACCCGCCAGTCCTGGGTAAACACCTGCAGGCCGCTGGCGCCACGCTCCAGCGGTGCCACGCAGGCCTGC‑CGGGCAAAATGCCCGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGG > NC_002947/1366252‑1366540 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |