| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,400,129 | T→G | 5.7% | Y33* (TAT→TAG) | ybgF → | TolQRA transport system periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,400,129 | 0 | T | G | 5.7% | 215.9 / 4.1 | 71 | Y33* (TAT→TAG) | ybgF | TolQRA transport system periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/31); new base G (2/2); total (38/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
CAGTCCTGGGCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGCTGTTCATGCAGCTGCAACAGATGCAGGATCAGCTTTCCCGCCAGCAAGGCATCATCGAAGAGCTGCAAAACG > NC_002947/1399983‑1400277 | cAGTCCTGGGCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATcc < 5:196114/149‑1 (MQ=255)cAGTCCTGGGCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATcc < 4:274982/149‑1 (MQ=255) gTCCTGGGCTCAGAGCCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑Gc > 7:316747/1‑149 (MQ=255) cTGGGCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTg > 3:190143/1‑149 (MQ=255) cTGGGCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGAAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGAGTAGTAACCGTCCACGAACACAGCCTGCCGCGTGCGGCCTGGGCGGAGGACCCGGAAGGAGATGACAACGCAGGCAGCAAACC‑Gccgg > 8:57149/1‑147 (MQ=255) cTGGGCTCAGAACCATCACGTAAAACTGCGTAAATAAAATCTTATACATATGTGCCACCGTATAATAACCGTCATCGAACACAGCCTGCCGATTGCGGCATGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACCCAGGCAGCGAACC‑Gcagg > 8:56022/1‑146 (MQ=255) tGGGCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGc > 8:136958/1‑149 (MQ=255) ggCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCgg > 6:200030/1‑149 (MQ=255) ggCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGACTGAAGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCgg < 1:244598/149‑1 (MQ=255) gCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCggg < 8:316747/149‑1 (MQ=255) cTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGTGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGt > 2:284703/1‑149 (MQ=255) tCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCGGATAGCT‑GCCTGCgt < 1:303288/146‑2 (MQ=255) tCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCGGATAGCT‑GCCTGCgt > 2:303288/1‑145 (MQ=255) 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ttCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAggg > 2:35565/1‑149 (MQ=255) tCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAgggg > 8:28518/1‑149 (MQ=255) ttATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCt > 4:156183/1‑149 (MQ=255) ttATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCt > 2:42302/1‑149 (MQ=255) ttATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCCGGTCAGGGGCt > 6:224002/1‑149 (MQ=255) tGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCg > 6:144723/1‑149 (MQ=255) aTGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCG‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGcccc > 2:282080/1‑149 (MQ=255) tgCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGc < 7:346434/149‑1 (MQ=255) cgccgTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCctc < 1:188608/149‑1 (MQ=255) gccgTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCctct < 6:103593/149‑1 (MQ=255) 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taACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGc < 4:190143/149‑1 (MQ=255) taACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGc > 5:56164/1‑149 (MQ=255) aCCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCa < 6:355660/149‑1 (MQ=255) cGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGc > 4:50740/1‑149 (MQ=255) cTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCggg > 6:293972/1‑108 (MQ=255) cTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCggg < 5:293972/108‑1 (MQ=255) 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cataacccGCAGGCGGATAGCT‑GCCTGCGTGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGCTGTTCATGCAGCTGCAACAGATGCAGGATCAGCTTTCCCGCCAg > 6:329045/8‑140 (MQ=255) aTGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGCTGTTCATGCAGCTGCAACAGATGCAGGATCAGCTTTCCCGCCAGCAAGGcatc < 8:153568/149‑1 (MQ=255) tGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGCTGTTCATGCAGCTGCAACAGATGCAGGATCAGCTTTCCCGCCAGCAAGGcatca > 5:376726/1‑149 (MQ=255) aCAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGCTGTTCATGCAGCTGCAACAGATGCAGGATCAGCTTTCCCGCCAGCAAGGcatcat < 1:116532/148‑1 (MQ=255) aaCGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGCTGTTCATGCAGCTGCAACAGATGCAGGATCAGCTTTCCCGCCAGCAAGGCATCATCGa < 5:224002/149‑1 (MQ=255) 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CAGTCCTGGGCTCAGAACCGTCGCGTAGAACTGCGTAAGTAAGTTCTTATGCGTATGTGCCGCCGTGTAGTAACCGTCCTCGCACTCAGCCTGCCGCTTGCGGCCTGGGCTGAGGTCCCTGTAGTAGATGACAACGCAGGCAGCTATCC‑GCCTGCGGGTTATGGCACGAGCGGCGCCTATGCCGGGTCAGGGGCTTCGGCCCCTGCCTCT‑GCACAGGGCCAGCTGTTCATGCAGCTGCAACAGATGCAGGATCAGCTTTCCCGCCAGCAAGGCATCATCGAAGAGCTGCAAAACG > NC_002947/1399983‑1400277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |