Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,580,995 | C→A | 100% | K134N (AAG→AAT) | ttgB ← | efflux pump membrane protein TtgB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,580,995 | 0 | C | A | 94.1% | 144.6 / 0.9 | 51 | K134N (AAG→AAT) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base A (22/26); total (24/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCAT > NC_002947/1580849‑1581135 | gCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGttatt < 4:283177/149‑1 (MQ=255) gcACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCttt < 7:13682/149‑1 (MQ=255) cacCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTGCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGAcgc < 5:318303/149‑1 (MQ=255) gAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGAt < 7:115740/147‑1 (MQ=255) ccTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctg > 8:292362/1‑149 (MQ=255) cTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctgc < 6:164758/149‑1 (MQ=255) cacCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctgctgc < 2:45224/149‑1 (MQ=255) acCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCTCTGCTTTGGTGACGCGGa < 3:324049/134‑1 (MQ=255) acCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGa > 4:324049/1‑134 (MQ=255) acCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCa > 5:322830/1‑149 (MQ=255) ccGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgc < 1:158335/140‑1 (MQ=255) ccGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgc > 2:158335/1‑140 (MQ=255) ccGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACt > 2:337428/1‑149 (MQ=255) ccGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACt > 1:314724/1‑149 (MQ=255) cgcgGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACtt > 5:145010/1‑149 (MQ=255) ggTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCt < 5:160567/149‑1 (MQ=255) gaTCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCGTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGgcagca > 6:125598/1‑149 (MQ=255) tCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCagcag‑c > 2:33405/1‑149 (MQ=255) cTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGTCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTgg < 6:196908/149‑1 (MQ=255) tGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGc > 3:202065/1‑149 (MQ=255) cATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCGTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGc > 5:27818/1‑147 (MQ=255) tGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCAc > 2:363950/1‑121 (MQ=255) tGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCAc < 1:363950/121‑1 (MQ=255) tCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGtt > 7:106972/1‑148 (MQ=255) gagaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAg > 8:301225/1‑149 (MQ=255) gaCGATATAGTTTGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCTGAGACCAGGCCGATAACAAGCAGGAAGTTATTCACTGATTTGCTGACGCGGATAACTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCt > 2:65014/1‑149 (MQ=255) gaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCt < 1:337428/149‑1 (MQ=255) cGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTg < 6:145010/149‑1 (MQ=255) tataGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTc < 4:202065/149‑1 (MQ=255) taGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTct < 8:106972/148‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTctgt < 7:292362/148‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGgcagca < 2:308584/118‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCGGCGgcagca > 1:308584/1‑118 (MQ=255) ggCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTctgtac < 1:33405/148‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTAGGATAAAAGGCCGATCACAAGCAGGAAGTTATTGAATGCTTTGGTGACGTGGATAAATTGCTGCTGCACTTGCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCATGTTGTTctttagctg > 6:235375/1‑148 (MQ=255) ggTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCtgtacctgtacc < 7:301225/149‑1 (MQ=255) ggTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGgt < 6:322830/147‑1 (MQ=255) tCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGt < 5:207457/95‑1 (MQ=255) tCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGt > 6:207457/1‑95 (MQ=255) ttCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCt < 2:47058/107‑1 (MQ=255) ttCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCt > 1:47058/1‑107 (MQ=255) aGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTAGGTGCCATGTTCGaa > 4:48824/1‑146 (MQ=255) aGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGGTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTGGGTGCCCTGTTCGaa < 3:48824/146‑1 (MQ=255) ggCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCAGTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGttacgtaag > 7:197477/1‑141 (MQ=255) ggCCGATCACCAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTg > 6:201752/1‑149 (MQ=255) ccGATGACCAGCAGGAAGTTATTCACTTCTTTGGTGACGCTGATACCTTTCTGCTGCACTTGCTGCGTCAGCAG‑CGGGGTTGCCAGGTTCAGCTTGTGCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGc < 1:65014/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGTGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTgcgc > 3:161023/1‑109 (MQ=255) ccAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGTGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTgcgc < 4:161023/109‑1 (MQ=255) ccAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATg < 2:314724/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAACAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATg > 1:111348/1‑149 (MQ=255) cagcagGAAGTTATTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATgg < 5:201752/149‑1 (MQ=255) agGAAGTTCGTCACTGCTTTGGTGACGCGGATAGCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGATTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCAt < 5:125598/149‑1 (MQ=255) | GCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAG‑CGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCAT > NC_002947/1580849‑1581135 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |