Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,813,401 | G→A | 9.7% | A294T (GCC→ACC) | frmA → | glutathione‑dependent formaldehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,813,401 | 0 | G | A | 9.7% | 142.8 / 4.3 | 51 | A294T (GCC→ACC) | frmA | glutathione‑dependent formaldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/24); new base A (3/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
CCGATCCAGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCTG > NC_002947/1813257‑1813538 | ccGATCCAGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGCACCgg > 5:85354/1‑149 (MQ=255) aGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGa > 1:325852/1‑148 (MQ=255) aGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGCACCGGCCacacc < 6:85354/149‑5 (MQ=255) aGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTCGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGAAACGTTCAAATGATGCTCGACGCCCAGGAATCCTTCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCCGAGCCTGCCATGa > 8:62460/1‑148 (MQ=255) gAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAAt < 7:207671/149‑1 (MQ=255) gTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTc > 3:134929/1‑149 (MQ=255) tGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTcc < 7:28546/149‑1 (MQ=255) aTCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCa < 7:243448/148‑1 (MQ=255) gACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTcc < 7:258019/149‑1 (MQ=255) aCCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTc < 2:325852/147‑1 (MQ=255) aCCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTc < 4:218211/147‑1 (MQ=255) aCCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTc > 3:19613/1‑147 (MQ=255) aCCGATGGTGGCGT‑GACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTc < 4:272447/141‑1 (MQ=255) aCCGATGGTGGCGT‑GACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCAAGGAAATTTCCACGC‑GTc > 3:272447/1‑141 (MQ=255) gATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCt < 4:134929/149‑1 (MQ=255) gATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCt < 2:295006/149‑1 (MQ=255) tggCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTa < 2:66371/149‑1 (MQ=255) gCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTAc < 7:62460/148‑1 (MQ=255) ctcCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGttt > 6:180403/1‑149 (MQ=255) cTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCt < 7:199121/129‑1 (MQ=255) cTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCt > 8:199121/1‑129 (MQ=255) ttCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCg > 6:176206/1‑149 (MQ=255) ttCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑CTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCg > 2:367894/1‑149 (MQ=255) cATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGgttcgg > 3:347115/1‑149 (MQ=255) cATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGgttcg < 1:282332/148‑1 (MQ=255) tCGGCAACGTTCAACTTATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGTCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGgttcggcg < 7:133985/149‑1 (MQ=255) ggCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGgttcggcgtt < 4:19613/149‑1 (MQ=255) gTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTcggcgg > 4:88446/1‑149 (MQ=255) ttCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGttcggcgttcggcg > 5:196417/1‑147 (MQ=255) ttCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGttcggcgttcggcg < 6:196417/147‑1 (MQ=255) tCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGgcggcg > 4:139001/1‑149 (MQ=255) cTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGgcgtgcg > 7:120572/1‑149 (MQ=255) tGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGgcgtgcgt > 5:251134/1‑149 (MQ=255) tGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTACGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCCAGCtc > 7:135829/1‑148 (MQ=255) gAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGcc < 3:139001/149‑1 (MQ=255) aTGCTGCAACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑TTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGa < 3:52549/149‑1 (MQ=255) tgcCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTa > 7:174878/1‑149 (MQ=255) gcCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTAc > 5:248394/1‑149 (MQ=255) gcCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTAc > 5:243065/1‑149 (MQ=255) ccACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATGGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑CACCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGTCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCAGAACTACg > 7:234005/1‑149 (MQ=255) caAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTg > 1:244947/1‑148 (MQ=255) gggCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGaaa < 6:248394/149‑1 (MQ=255) gggCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGaaa < 6:243065/149‑1 (MQ=255) ggAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCga < 6:251134/149‑1 (MQ=255) ggAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCga < 8:174878/149‑1 (MQ=255) gTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCga < 3:176838/149‑1 (MQ=255) tcatcGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATc > 6:43204/1‑149 (MQ=255) ggTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGc < 5:180403/148‑1 (MQ=255) ctgGCCGGCACCGGCCAGGAAATTTCCACGCGGTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCTg > 1:39737/2‑148 (MQ=255) ggCCGGCACCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCAGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCt < 6:73980/144‑1 (MQ=255) ggCCGGCACCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCAGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCt > 5:73980/1‑144 (MQ=255) | CCGATCCAGGAAGTGATCGTCGACCTCACCGATGGTGGCGTGGACTTCTCCTTCGAGTGCATCGGCAACGTTCAACTGATGCGCGCCGCCCTGGAATGCTGCCACAAGGGCTGGGGAGAGTCGGTCATCATCGGTGTGGCCGGTGCCGGCCAGGAAATTTCCACGC‑GTCCATTCCAGCTGGTTACCGGTCGGGTTTGGCGTGGTTCGGCGTTCGGCGGCGTGCGTGGCCGCAGCGAGCTGCCGAGCTACGTGGAAATGTCCGAGAAAGGCGAGATCCCGCTG > NC_002947/1813257‑1813538 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |