Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,921,550 | T→A | 11.1% | intergenic (+25/+36) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,921,550 | 0 | T | A | 11.1% | 131.4 / 6.9 | 54 | intergenic (+25/+36) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/24); new base A (2/4); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
TCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCAT > NC_002947/1921409‑1921695 | tCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCc‑gc > 8:76924/1‑148 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCc‑gcg > 1:55150/1‑148 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCGCTGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCC‑GCGaa < 4:277756/149‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCc‑gcg > 7:272081/1‑147 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCC‑GCGaa < 4:50894/149‑1 (MQ=255) aGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGc > 3:125703/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGcc < 8:272081/149‑1 (MQ=255) cTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCg < 5:110090/149‑1 (MQ=255) 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ccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTcagctc < 3:318948/146‑1 (MQ=255) ccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTcagctc > 4:318948/1‑146 (MQ=255) ccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCC‑GCGAAg > 7:169380/1‑114 (MQ=255) ccAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCC‑GCGAAg < 8:169380/114‑1 (MQ=255) tATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCg < 3:266990/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GGGAAGGGGCCGGCCCAGCCCAGAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGcg > 8:177160/1‑148 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCGCAGAGTCGGCCACCCATTGa > 3:360142/1‑149 (MQ=255) accaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCgg > 7:208940/1‑148 (MQ=255) tCGTGCAAGCTGGTGTTGGTGATCGCCCCTCCCCTGG‑GTAACGCGGGGCGGCCCCCTGCGCGGGTTTCCCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTcgc < 8:127830/149‑1 (MQ=255) tCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTcgc > 8:269037/1‑149 (MQ=255) gggggCAAGCTGGTTATGGTCATCCACCCTAGCGGGGTGTAC‑GCGGGGCTGGCCCCTGCGCGGGTTAACCC‑GCTAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTcgc < 4:365421/147‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAaca < 7:216396/149‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTAGCGGGTTTAACC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAAACTTCAGCTACAGCTCAGAGTCGTCCACCCATTGATCTCGGCATTCTCGCGCAacc > 4:25814/1‑148 (MQ=255) tggggatCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCgg < 8:171957/149‑1 (MQ=255) gttatCGACCCTAGCCTGTTTTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGATGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCggg < 4:360142/145‑1 (MQ=255) cGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTcac > 6:319581/1‑148 (MQ=255) 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ccTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg < 1:219994/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 8:74458/1‑149 (MQ=255) cTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGGCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg < 7:85174/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 3:122319/1‑149 (MQ=255) gcgGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAg > 1:345612/1‑149 (MQ=255) gggTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCaacaacaac < 6:153016/141‑1 (MQ=255) gggTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCaacaacaac > 5:153016/1‑141 (MQ=255) gTTTACCG‑GCTAAGGGGCCGGAACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCAt < 3:25814/149‑1 (MQ=255) gTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGt > 6:208256/1‑119 (MQ=255) gTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGt < 5:208256/119‑1 (MQ=255) | TCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTT‑GCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAA‑GCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCAT > NC_002947/1921409‑1921695 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |