Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,976,793 | C→A | 10.0% | H153N (CAC→AAC) | PP_1770 → | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,976,793 | 0 | C | A | 10.0% | 179.0 / 7.6 | 59 | H153N (CAC→AAC) | PP_1770 | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base A (3/3); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
CGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCATCTGC > NC_002947/1976651‑1976937 | cGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAgg < 5:262947/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAgg < 4:288847/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAgg < 4:126252/149‑1 (MQ=255) gtcgtcAGCGCCAAGGGCAACGTCCTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCTGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTGCCGGCGGAACAAGGt < 2:177150/149‑1 (MQ=255) ggCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCAt > 7:33305/1‑149 (MQ=255) cAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATc < 6:134054/142‑1 (MQ=255) cAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATc > 5:134054/1‑142 (MQ=255) gggCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCTTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGCGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCATCTTCCGCCGGCACAACGTCATCCTCAccccg > 6:42189/1‑148 (MQ=255) ggCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGGCGGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCAcgccgc < 1:286186/149‑1 (MQ=255) tcgtGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTc > 6:187696/1‑128 (MQ=255) gcgcGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCccgc > 8:34375/1‑149 (MQ=255) cGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTgg > 8:219812/1‑149 (MQ=255) tCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACACCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAg > 4:270911/1‑104 (MQ=255) tCTTCGGTGCCCGCCTGCAGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAg < 3:270911/104‑1 (MQ=255) cGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTcc < 1:265610/146‑1 (MQ=255) ggTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTgg < 3:345025/148‑1 (MQ=255) ggTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTgg < 3:64045/148‑1 (MQ=255) cccGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGATGAc < 3:130596/149‑1 (MQ=255) cTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCt > 2:342156/1‑149 (MQ=255) ccGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCtgtg > 6:24631/1‑149 (MQ=255) ccGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCtgtg < 7:219812/149‑1 (MQ=255) gcgcTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTgg < 6:210728/134‑1 (MQ=255) gcgcTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGc < 7:34375/149‑1 (MQ=255) gcgcTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCCCTGGTCCTgg > 5:210728/1‑134 (MQ=255) ttCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTgc > 5:75870/1‑149 (MQ=255) gTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGTGCAGAGGGG‑TGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCTTCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTgcgc < 5:42189/148‑1 (MQ=255) gTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCt < 5:165143/149‑1 (MQ=255) tCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTg > 5:151902/1‑149 (MQ=255) tCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTg > 3:148117/1‑149 (MQ=255) cccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgt < 6:98017/149‑1 (MQ=255) cccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgt > 5:98017/1‑149 (MQ=255) cccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgt > 6:263748/1‑149 (MQ=255) ccATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGAtgtg < 1:342156/149‑1 (MQ=255) tCGCCGGGTCCGCGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAg < 5:370618/149‑1 (MQ=255) gCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGc > 2:13644/1‑148 (MQ=255) cGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGcc < 6:75870/149‑1 (MQ=255) ggTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAg < 7:313969/127‑1 (MQ=255) ggTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAg > 8:313969/1‑127 (MQ=255) gTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTgcg < 4:85584/108‑1 (MQ=255) gTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGcac > 3:173373/1‑129 (MQ=255) gTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGcac < 4:173373/129‑1 (MQ=255) gagGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACg > 4:68843/1‑148 (MQ=255) agGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACg > 6:146021/1‑147 (MQ=255) aaTGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGgc > 5:374076/1‑149 (MQ=255) aaTGCCACCTTGTTCCGCCGCCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGGCCTGGTTGACCGCCACTGGCGTCCCCTGGACGCCGAAGTCGACCACAAGTACGAAGAGCGCCATGCCGAAGTACTggg > 8:234612/1‑148 (MQ=255) gaCCTTGTGCCGGCGGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGc < 2:309565/85‑1 (MQ=39) gaCCTTGTGCCGGCGGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGc > 1:309565/2‑86 (MQ=39) aCCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGccac > 6:351501/1‑149 (MQ=255) ccTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGccac > 5:373841/1‑148 (MQ=255) cTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGccacca < 5:24631/149‑1 (MQ=255) cTTGTGCCGGCGGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGccac > 6:207467/1‑147 (MQ=255) gTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGc > 7:131295/1‑148 (MQ=255) ttCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCa > 8:26578/1‑149 (MQ=255) ccggcgGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGt > 8:138320/1‑63 (MQ=255) ccggcgGAACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGt < 7:138320/63‑1 (MQ=255) gccgGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATgtcggtc < 3:150868/110‑1 (MQ=255) gccgGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATgtcggtc > 4:150868/1‑110 (MQ=255) gccgGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCATCTg < 8:131295/149‑1 (MQ=255) ccgGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCATCTGc < 7:26578/149‑1 (MQ=255) | CGTCGGCAGCGCCAAGGGCAACGTCGTGCGTGAGGCGCGTGCCGTCTTCGGTGCCCGCCTGCCGCGCTTCGTCCCGGGCCACCCCATCGCCGGTTCCGAGCAGAGCGG‑GGTAGAGGCGTCCAATGCCACCTTGTTCCGCCGGCACAAGGTCATCCTCACGCCGCTGGCCGAAACCGACCCCGCCGCGCTGGTCCTGGTTGACCGCCTGTGGCGTGCGCTGGACGCCGATGTGGAGCACATGTCGGTCGAGCGCCATGACGAAGTACTGGCCGCCACCAGCCATCTGC > NC_002947/1976651‑1976937 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |