Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,755,130 | A→G | 7.1% | M486V (ATG→GTG) | czcA‑II → | cation efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,755,130 | 0 | A | G | 7.1% | 161.6 / 2.4 | 56 | M486V (ATG→GTG) | czcA‑II | cation efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/26); new base G (2/2); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
TGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGCCCCGGTTCTGGCCTGGG > NC_002947/2754991‑2755271 | tGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGCTCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTTCCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTGTACCGTGGTCATGGCGCTGt > 2:92801/1‑149 (MQ=255) aGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTg > 2:339182/1‑149 (MQ=255) gtTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGgcg > 8:255563/1‑149 (MQ=255) tttGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGgcgc > 3:350076/1‑149 (MQ=255) gCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGTCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCgatgat > 6:169647/1‑149 (MQ=255) gCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCgatgat > 3:17210/1‑149 (MQ=255) cTGCCCTCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATc < 7:344511/149‑1 (MQ=255) tGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATcc > 4:79296/1‑149 (MQ=255) ccGTGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATTTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCttt < 7:229009/149‑1 (MQ=255) ccGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCttt < 2:34220/149‑1 (MQ=255) gcgAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑Cg < 3:79296/149‑1 (MQ=255) aGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCGTgg < 6:113284/119‑1 (MQ=255) aGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCGTgg < 6:118575/119‑1 (MQ=255) aGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCGTgg > 5:118575/1‑119 (MQ=255) aGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCGTgg > 5:113284/1‑119 (MQ=255) gCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCAc > 1:197804/1‑149 (MQ=255) gccgCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACgttcgttc > 4:314350/1‑149 (MQ=255) ccgCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTcc < 1:78223/149‑1 (MQ=255) gCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCgg > 8:270562/1‑149 (MQ=255) tATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCAt > 6:92142/1‑149 (MQ=255) tGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCga > 7:328278/1‑113 (MQ=255) tGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCga < 8:328278/113‑1 (MQ=255) tGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCAtt < 7:255563/148‑1 (MQ=255) tGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCAtt < 1:339182/148‑1 (MQ=255) tGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCAt < 4:364666/147‑1 (MQ=255) gggCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGc > 1:2543/1‑149 (MQ=255) ggCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCAcgtt > 3:25857/1‑130 (MQ=255) ggCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCAcgtt < 4:25857/130‑1 (MQ=255) cAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCt < 8:350596/149‑1 (MQ=255) aGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTg > 1:226848/1‑149 (MQ=255) tggtgTACCTGCCGATCTTTGTCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAg < 5:169647/149‑1 (MQ=255) gtgtACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGt < 4:17210/149‑1 (MQ=255) tGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCTATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAagg > 1:313980/1‑147 (MQ=255) gATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAaggaagag > 7:178530/1‑148 (MQ=255) tGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAaggaagaggaa < 7:21118/145‑1 (MQ=255) tGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAaggaagagg < 2:2543/143‑1 (MQ=255) cccTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTg < 2:197804/149‑1 (MQ=255) cGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCGACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTTTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGc < 7:130670/149‑1 (MQ=255) cGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑Cg > 1:230645/1‑76 (MQ=255) cGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑Cg < 2:230645/76‑1 (MQ=255) cGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGc < 3:314350/149‑1 (MQ=255) gggTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCg > 8:78293/1‑148 (MQ=255) gTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTc > 5:60021/1‑105 (MQ=255) gTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTc < 6:60021/105‑1 (MQ=255) gTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTac < 8:190791/149‑1 (MQ=255) gggCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTacggcac > 5:265517/1‑149 (MQ=255) cAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGt < 8:233733/132‑1 (MQ=255) cAAGATGTTCCACCCTATGGCCGTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGt > 7:233733/1‑132 (MQ=255) gATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAgc > 1:231152/1‑149 (MQ=255) gTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTACGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTGGTCCCCGGCAAGGTAAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATCCGTACGGCACGGAAgcgg > 1:100969/1‑148 (MQ=255) cACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGc > 6:198145/1‑149 (MQ=255) gCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGCCCCGGTTCt < 2:100969/149‑1 (MQ=255) ccTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGCCCCGGTTCTg < 7:270562/149‑1 (MQ=255) tACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGCCCCGGTTCTGGc < 8:178530/147‑1 (MQ=255) tGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGACGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGCCCCGGTTCTGGCCTggg < 8:57135/147‑1 (MQ=255) tGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGCCCCGGTTCTGGCCTggg > 7:57135/1‑147 (MQ=255) | TGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTGACCGGGGTCGAGGGCAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTT‑CGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGCGTACGGCACGGCAGCGCTATGCCCCGGTTCTGGCCTGGG > NC_002947/2754991‑2755271 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |