Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,786,143 | G→T | 8.7% | L176I (CTC→ATC) | alx ← | alkaline‑induced transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,786,143 | 0 | G | T | 8.7% | 143.4 / 3.6 | 46 | L176I (CTC→ATC) | alx | alkaline‑induced transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base T (2/2); total (23/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
AGGTCGGCCAGTTCGATCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCAGCGCCGCGCCCACGCCGATCATGATGGC > NC_002947/2785995‑2786287 | aGGTCGGCCAGTTCGATCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAg < 5:176164/149‑1 (MQ=255) ccAGTTCGATCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCggg > 5:197634/1‑149 (MQ=255) cGATCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGgttgtt < 5:328505/148‑1 (MQ=255) tCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGNATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGc > 1:34897/1‑148 (MQ=255) tCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGcc < 4:92247/149‑1 (MQ=255) tCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGc > 1:10224/1‑148 (MQ=255) gTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGGCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAgg > 4:194454/1‑149 (MQ=255) aGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTgg < 5:114874/149‑1 (MQ=255) ccAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGa > 1:226924/1‑149 (MQ=255) aGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACt < 8:152887/149‑1 (MQ=255) aGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACt > 8:142540/1‑149 (MQ=255) aGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACt > 6:141773/1‑149 (MQ=255) aaCAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTc < 6:197634/149‑1 (MQ=255) gTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATCGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGa > 4:1629/1‑149 (MQ=255) tGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGa > 1:223674/1‑148 (MQ=255) cAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTCGTCGCTAACCCGCATGTGCCGCAGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGCGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCAttt > 3:279555/1‑149 (MQ=255) aGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCAtttt > 4:111134/1‑149 (MQ=255) aGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCAtttt < 2:10224/149‑1 (MQ=255) ttGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCAcccc > 3:159919/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCa > 7:115314/1‑99 (MQ=255) gCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCa < 8:115314/99‑1 (MQ=255) gCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAc < 7:349834/149‑1 (MQ=255) cccGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAc < 3:111134/148‑1 (MQ=255) ggccggGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAcagca < 5:141773/149‑1 (MQ=255) ggccggGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAcagca < 4:159919/149‑1 (MQ=255) ggccggGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAcagca < 2:34897/149‑1 (MQ=255) ggggTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAgg > 5:206607/1‑147 (MQ=255) ggggTATGGAGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGaa < 2:226924/149‑1 (MQ=255) cGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGAt < 7:142540/148‑1 (MQ=255) taagaagTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGATGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAcagca < 4:284248/130‑1 (MQ=255) gaagaaGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGATGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAcagca < 4:279341/131‑1 (MQ=255) gaagaaGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGATGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAcagca > 3:279341/1‑131 (MQ=255) gaagaaGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGATGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAAcagca > 3:284248/1‑131 (MQ=255) agaagTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACTAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTaa < 8:247329/149‑1 (MQ=255) agaagTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTa > 5:93989/1‑148 (MQ=255) gCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAgg > 6:338887/1‑149 (MQ=255) tGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTg > 8:326952/1‑149 (MQ=255) gTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCATAGTTCTg < 6:73604/147‑1 (MQ=255) gTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGtt < 7:186398/144‑1 (MQ=255) ggTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCa < 6:93989/149‑1 (MQ=255) ccGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCAgcgccg > 3:190852/1‑149 (MQ=255) ccgccgCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCAGCGCCGCGCCCACGc < 6:206607/149‑1 (MQ=255) gccgcACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCA‑CCAGGGAAACGTCTGTACCAGCGCCGCCCCCACGCCg > 4:186653/1‑148 (MQ=255) ccgcACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCAGCGCCGCGCCCACGCCGa < 3:1629/149‑1 (MQ=255) gcACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCCCCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCACCGCCGCGCCCACGCCGAt > 5:285595/1‑148 (MQ=255) gcACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCAGCGCCGCGCCCACGCCGATc < 3:194454/149‑1 (MQ=255) ttGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCAGCGCCGCGCCCACCCCGATCATGATGGc > 3:90741/1‑149 (MQ=255) | AGGTCGGCCAGTTCGATCAGTACCAGTGCCAGAAACAGCGGGGTGGCATAACGCAGCGCCTTGCTGTGCCCGGCCGGGGTATGGCGTACGAAGAAGTGCGAGCCATGGATCTGGTCGGTAACCCGCATGTGCCGCCGCACGAACTTGAGGATCGGGTTGTTGGCCAGGTCTGGGCGACTGTCTTCCTTCGACAGCGCCATTTTCACCCCGGTAAACAGCAGGAAGGCACCGAAGATGTAAAGCACCCAGGCAAAGTTCTGTACCAGCGCCGCGCCCACGCCGATCATGATGGC > NC_002947/2785995‑2786287 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |