Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,018,491 | C→T | 10.0% | I43I (ATC→ATT) ‡ | bcsZ → | cellulose synthase endo‑1,4‑D‑glucanase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,018,491 | 0 | C | T | 10.0% | 106.8 / 2.8 | 40 | I43I (ATC→ATT) ‡ | bcsZ | cellulose synthase endo‑1,4‑D‑glucanase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/19); new base T (2/2); total (19/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.49e-01 |
GTGATGATGCGCCAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTTGCTGCGTTGGACCAGCAACAACCTCGCCGAGGGTGACCTGGCCCGG > NC_002947/3018357‑3018635 | gTGATGATGCGCCAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGa < 8:97751/149‑1 (MQ=255) atgatgCGCCAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAgc < 1:69978/148‑1 (MQ=255) tgatgCGCCAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAgcgc > 4:118704/1‑149 (MQ=255) cgcCAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCGGTTTTCGCCAATGACGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCTGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGAt < 5:34541/149‑1 (MQ=255) ccAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATca > 7:6880/1‑149 (MQ=255) cAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATcac < 5:276555/149‑1 (MQ=255) gATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATcacca > 4:3810/1‑149 (MQ=255) tGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGGCTGATCACCGCCTCg > 4:286618/1‑149 (MQ=255) ggTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAg < 7:285852/123‑1 (MQ=255) ggTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAg > 8:285852/1‑123 (MQ=255) tAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGaa < 7:168997/149‑1 (MQ=255) cTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGt < 3:336/145‑1 (MQ=255) cTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGt > 4:336/1‑145 (MQ=255) ttAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGaa > 6:350021/1‑135 (MQ=255) ttAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGaa < 5:350021/135‑1 (MQ=255) cccGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGttctt > 2:269190/1‑149 (MQ=255) cccGTTTTCGCCAATGACGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGttctt > 6:88077/1‑149 (MQ=255) ccGTTTTCGCCTATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTGAAGGGCGAGCTGGTGAGGGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGttcttc < 2:77075/149‑1 (MQ=255) ccGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGttcttc > 3:42043/1‑149 (MQ=255) cAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTggt < 8:96664/147‑1 (MQ=255) ccGGCTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTaa < 8:6880/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCgg < 5:224410/147‑1 (MQ=255) gTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCgg > 6:224410/1‑147 (MQ=255) ttGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCGATGACCCgccc > 7:149084/1‑70 (MQ=255) ttGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCGATGACCCgccc < 2:177315/73‑4 (MQ=255) ttGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCGATGACCCgccc < 8:149084/73‑4 (MQ=255) ttGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCGATGACCCgccc > 1:177315/1‑70 (MQ=255) tGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCaaa < 3:118704/148‑1 (MQ=255) gCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAAc < 3:3810/148‑1 (MQ=255) gCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAAc < 7:272360/148‑1 (MQ=255) cccATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCt > 7:226247/1‑149 (MQ=255) tgGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTtgct > 5:94163/1‑149 (MQ=255) gTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTTGCTGCGTTGGa > 5:144960/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGAGTGCAGTTACTCGCTCTTATTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTTGCTGCGTTGGAc > 1:304506/1‑149 (MQ=255) aGGCCGAGGTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTTGCTGCGTTGGACCAGc < 6:94163/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCtt > 1:59700/1‑122 (MQ=255) gCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCtt < 2:59700/122‑1 (MQ=255) gCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTTGCTGCGTTGGACCAGcaa < 6:144960/149‑1 (MQ=255) gTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTTGCTGCGTTGGACCAGCAACAACCTCGc < 1:269190/149‑1 (MQ=255) tCATCGACCCGAGGGACGCGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCCAACCTTCGCACAGTTGCTGCGTTGGACCAGCAACAACCTCGCCGAGGGTGACCTGGCCCgg > 6:292038/1‑149 (MQ=255) | GTGATGATGCGCCAGATGCTGGTAGGGCTGGTCGCCTTAGGCCTGCCCGTTTTCGCCAATGCCGGGTCGGTTTGCCCATGGCCTGCCTGGGAGCGGTTCAAGGCCGAGCTGGTGAGTGTGGATGGGCGGGTCATCGACCCGAGTGACGAGCGCCTGATCACCACCTCGGAAGGGCAGAGTTACGCGCTGTTCTTCGCCCTGGTAGGTAACGACCGGCAAACCTTCGCGCAGTTGCTGCGTTGGACCAGCAACAACCTCGCCGAGGGTGACCTGGCCCGG > NC_002947/3018357‑3018635 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |