Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,037,406 | G→T | 10.0% | R61S (CGC→AGC) | PP_2649 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,037,406 | 0 | G | T | 10.0% | 147.3 / 5.7 | 50 | R61S (CGC→AGC) | PP_2649 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/21); new base T (2/3); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
TCGCCCCCACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGG > NC_002947/3037262‑3037554 | tCGCCCCCACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCgggt > 3:189534/1‑146 (MQ=255) gCCCCCACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGaa < 8:293049/149‑1 (MQ=255) cccccACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGAAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGaa > 4:168932/1‑148 (MQ=255) cccACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCTGTTCAAccg > 2:91392/1‑147 (MQ=255) cccACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCTGTTCAAccg > 4:173367/1‑147 (MQ=255) cACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCa > 8:266676/1‑149 (MQ=255) ccAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCTGTTCAACCGCAccaac < 7:187103/149‑5 (MQ=255) ccAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCTGTTCAACCGCAccaac < 3:199073/149‑5 (MQ=255) ccAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCTGTTCAACCGCAccaa < 3:173367/148‑4 (MQ=255) cAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGGGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGc < 5:44447/149‑1 (MQ=255) gccggccgCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACa > 4:294303/1‑138 (MQ=255) gccggccgCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACa < 3:294303/138‑1 (MQ=255) ggccgCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAg < 7:273549/149‑1 (MQ=255) ccgccgACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAggt < 5:101815/149‑1 (MQ=255) gACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGttt > 4:31720/1‑149 (MQ=255) cccACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAg > 8:175723/1‑126 (MQ=255) cccACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAg < 7:175723/126‑1 (MQ=255) gCATCCAGATCGTTCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGTATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAgg < 3:239810/148‑1 (MQ=255) tCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAg < 8:347231/144‑1 (MQ=255) tCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAg > 7:347231/1‑144 (MQ=255) gATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTg < 3:168932/149‑1 (MQ=255) gTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCAc < 5:19055/149‑1 (MQ=255) cAGGTTGGCGATATCGGTCTGCTACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTTGTGCGGTTGAACAGCACTGTGCCGTAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCt < 5:41709/149‑1 (MQ=255) cAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCt > 3:165912/1‑149 (MQ=255) tGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACg‑ctgct > 7:189979/1‑149 (MQ=255) cAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTtgctg > 7:121486/1‑149 (MQ=255) gcgtgcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCa > 3:48646/1‑115 (MQ=255) gcgtgcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCa < 4:48646/115‑1 (MQ=255) gcgtgcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCAc > 5:224605/1‑149 (MQ=255) gcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGCGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGag > 8:39953/1‑149 (MQ=255) aGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCg < 1:286720/83‑1 (MQ=255) aGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCg > 2:286720/1‑83 (MQ=255) ggATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCagcgag < 6:224605/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCagcgagcg > 3:204153/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTg < 4:165912/149‑1 (MQ=255) cgcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagca < 5:105713/145‑2 (MQ=255) cgcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagca > 6:105713/1‑144 (MQ=255) gcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTaa < 6:20109/110‑1 (MQ=255) gcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTaa > 5:20109/1‑110 (MQ=255) gcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCt > 6:269483/1‑149 (MQ=255) cAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTc > 2:75138/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACATCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCaa < 8:189979/149‑1 (MQ=255) cggcggCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCCTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagcag < 1:203789/138‑3 (MQ=255) cggcggCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagcag > 2:203789/1‑135 (MQ=255) ggcCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGa < 3:31720/149‑1 (MQ=255) ccGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATc < 8:121486/149‑1 (MQ=255) ggCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATcaac > 2:44411/1‑147 (MQ=255) gCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAg > 8:35498/1‑149 (MQ=255) ggCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAgg > 2:365548/1‑149 (MQ=255) gTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTggcggg > 4:175234/1‑149 (MQ=255) ggTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGt > 4:139216/1‑149 (MQ=255) ggTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAgg < 3:279611/149‑1 (MQ=255) | TCGCCCCCACTGCCAGCCGGCCGCCGACCCCACGCAGGATTGCATCCAGATCGTGCCGCAGGTTGGCGATATCGGTCTGCAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGG > NC_002947/3037262‑3037554 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |