Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,037,496 | C→G | 8.2% | G31R (GGT→CGT) | PP_2649 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,037,496 | 0 | C | G | 8.2% | 143.2 / 4.5 | 49 | G31R (GGT→CGT) | PP_2649 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/23); new base G (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
GCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATGGCCAGCCG > NC_002947/3037351‑3037642 | gcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGCGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGag > 8:39953/1‑149 (MQ=255) ggATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCagcgag < 6:224605/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCagcgagcg > 3:204153/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTg < 4:165912/149‑1 (MQ=255) cgcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagca > 6:105713/1‑144 (MQ=255) cgcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagca < 5:105713/145‑2 (MQ=255) gcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCt > 6:269483/1‑149 (MQ=255) cAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTc > 2:75138/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACATCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCaa < 8:189979/149‑1 (MQ=255) cggcggCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCCTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagcag < 1:203789/138‑3 (MQ=255) cggcggCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagcag > 2:203789/1‑135 (MQ=255) ggcCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGa < 3:31720/149‑1 (MQ=255) ccGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATc < 8:121486/149‑1 (MQ=255) ggCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATcaac > 2:44411/1‑147 (MQ=255) gCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAg > 8:35498/1‑149 (MQ=255) ggCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAgg > 2:365548/1‑149 (MQ=255) gTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTggcggg > 4:175234/1‑149 (MQ=255) ggTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGt > 4:139216/1‑149 (MQ=255) ggTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAgg < 3:279611/149‑1 (MQ=255) gTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGc > 7:307297/1‑149 (MQ=255) gAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCgg < 3:139216/148‑1 (MQ=255) ccGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAAtt < 7:35498/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAg > 5:269472/1‑149 (MQ=255) gtTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGa < 7:88181/142‑1 (MQ=255) gtTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGa > 8:88181/1‑142 (MQ=255) gcttCGATTTGCTGCAAGGCCTTGCCGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATgg < 4:189534/147‑1 (MQ=255) tttCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATggg < 7:39953/149‑1 (MQ=255) tttCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGGGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATggg < 4:204153/149‑1 (MQ=255) gATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCa > 8:39068/1‑149 (MQ=255) tGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATg > 4:207038/1‑136 (MQ=255) tGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATg < 3:207038/136‑1 (MQ=255) tGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTa > 1:236794/1‑149 (MQ=255) gCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTAt > 8:145886/1‑149 (MQ=255) gCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTg < 8:307297/147‑1 (MQ=255) cACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATAc < 1:365548/149‑1 (MQ=255) cACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATAc < 7:145886/149‑1 (MQ=255) aaGGCTGTGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGAACAGAGCAGCGAGCGGTGCTAGTCCAACTAGATCAACAAGCGAAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGAGATGGGGTCATATTGTATTCGTCCTGGTtata > 3:114952/2‑145 (MQ=255) gCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATgggg > 7:208338/1‑117 (MQ=255) gCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATgggg < 8:208338/117‑1 (MQ=255) gCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGatat < 5:269483/149‑1 (MQ=255) agaccGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCTTTTCTCGTACAACTCGATCAACAAGCGCAGTTGGCGGGCTTGCATTCTGGACATTATAGAATTGAGCGATTGTGTCATCTGTTATTCGTCCTTGTTATACCGATATGGATtttt < 4:114952/146‑1 (MQ=255) cccGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTtct < 1:75138/149‑1 (MQ=255) ccGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGtt < 7:311127/146‑1 (MQ=255) ccGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGtt > 8:311127/1‑146 (MQ=255) ccGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTtct > 1:168383/1‑148 (MQ=255) g‑ctgctTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTggcgggc > 8:29477/1‑66 (MQ=255) g‑ctgctTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTggcgggc < 7:29477/66‑1 (MQ=255) cACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATGGCCAGcc < 7:39068/149‑1 (MQ=255) cACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATGGCCAGcc > 4:174433/1‑149 (MQ=255) gacGAGCACCGCTCGCTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATGGCCAGCcg > 7:218422/3‑149 (MQ=255) gacGAGCACCGCTCGCTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATGGCCAGCcg > 7:212712/3‑149 (MQ=255) | GCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACG‑CTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATGGCCAGCCG > NC_002947/3037351‑3037642 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |