Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,199,088 | G→A | 8.5% | L143L (CTG→TTG) | PP_2806 ← | TetR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,199,088 | 0 | G | A | 8.5% | 134.0 / 2.8 | 47 | L143L (CTG→TTG) | PP_2806 | TetR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/21); new base A (2/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
CAACTTGACTGCCTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAACCA > NC_002947/3198951‑3199235 | cAACTTGACTGCCTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCgg < 2:103436/149‑1 (MQ=255) ccTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCAc > 3:233783/1‑148 (MQ=255) ggtctcggtctcGGCCTCCAGGCGTGCACGGGCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGtt < 7:261715/149‑1 (MQ=255) tcggtctcggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGc > 5:43456/1‑149 (MQ=255) tcggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTc > 7:92815/1‑149 (MQ=255) ggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGa < 1:36239/149‑1 (MQ=255) ggCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGa < 7:19618/149‑1 (MQ=255) gCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATGAGCAAGCGGGTGATAGTGGTCAGTTCTGCCTGGTGCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAg < 2:85335/149‑1 (MQ=255) ccTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAgg < 4:233783/149‑1 (MQ=255) ccTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAATGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAgg > 7:80121/1‑149 (MQ=255) ccTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAATGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAgg > 7:85100/1‑149 (MQ=255) gCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACgg > 6:372146/1‑149 (MQ=255) tGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCa > 7:101012/1‑148 (MQ=255) gCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATa < 8:113682/149‑1 (MQ=255) cACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATa < 5:372146/148‑1 (MQ=255) cGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCa > 5:117414/1‑144 (MQ=255) cGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTg < 5:372025/149‑1 (MQ=255) cGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGtt < 7:219524/149‑1 (MQ=255) aGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGcc < 6:117414/148‑1 (MQ=255) ccAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCg > 3:131961/1‑149 (MQ=255) aGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCggg > 4:110180/1‑149 (MQ=255) gAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTg > 1:255412/1‑130 (MQ=255) gAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTg < 2:255412/130‑1 (MQ=255) ggCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGc < 3:143063/85‑1 (MQ=255) ggCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGc > 4:143063/1‑85 (MQ=255) gAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGc < 6:43456/149‑1 (MQ=255) aGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCaaaa > 5:202215/1‑149 (MQ=255) gATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCaaaa > 6:46374/1‑148 (MQ=255) aTCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAATGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGtt < 8:85100/148‑1 (MQ=255) aTCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAATGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGtt < 8:80121/148‑1 (MQ=255) tCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTc > 1:121962/1‑148 (MQ=255) aGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGaa < 4:131961/149‑1 (MQ=255) tGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAg > 3:232255/1‑133 (MQ=255) tGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAg < 4:232255/133‑1 (MQ=255) tGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTc > 3:18146/1‑149 (MQ=255) tGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTc > 2:230906/1‑149 (MQ=255) aTAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTc < 6:202215/147‑1 (MQ=255) tAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGcc < 8:101012/149‑1 (MQ=255) gTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCAtct > 4:130823/1‑148 (MQ=255) gTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCAtct > 3:325646/1‑148 (MQ=255) aGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAgg < 3:110180/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGa > 7:79661/1‑149 (MQ=255) tGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGc > 4:178031/1‑77 (MQ=255) tGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGc < 3:178031/77‑1 (MQ=255) ccAGTGCTCCGTCGGTGACCTTAACGATGCCCTGTTGGGCCGCTTCGACGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTCCGTCGTCGCAATCACAGGATGACCGGTGAAc > 4:326436/1‑149 (MQ=255) ccAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAAc > 7:88192/1‑149 (MQ=255) aGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAACCa < 2:121962/149‑1 (MQ=255) gTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGa > 3:205587/1‑137 (MQ=255) gTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGa < 4:205587/137‑1 (MQ=255) | CAACTTGACTGCCTGGCAGGCGGTCTCGGTCTCGGCCTCCAGGCGTGCACGGTCGCCGTGAGCGGACCAGGCGAGCATCAGGCCGTCGAACAGATTGATCAGCAAGCGGCTGATAGTGGTCAGTGCTGCCTGGTCCAGTGCGCCGTCGGTGACCTTCACGATGGCCTGTTGGGCCGCTTCGAGGGAAACGGCATAGATCTTGGTTGCCATCTCCGGGTTGTTGCGCAGGTTCCAGCAAAACAGTTCGAACTGCGTGGTCGCCATCTCAGGATGAGCGGTGAACCA > NC_002947/3198951‑3199235 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |