| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,313,825 | C→A | 5.3% | intergenic (+30/‑129) | hemB → / → proP | 5‑aminolevulinate dehydratase/osmosensory proline/betaine/H+ permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,313,825 | 0 | C | A | 5.3% | 309.6 / 4.4 | 94 | intergenic (+30/‑129) | hemB/proP | 5‑aminolevulinate dehydratase/osmosensory proline/betaine/H+ permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/42); new base A (2/3); total (49/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
GCCGGTGCCATCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGCAAGAAAAG > NC_002947/3313679‑3313973 | gccGGTGCCATCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCa < 5:155168/148‑1 (MQ=255) ggTGCCATCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTg > 2:317006/1‑148 (MQ=255) ccATCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCAATGGCAGC‑g < 8:100815/149‑1 (MQ=255) cATCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑gg > 7:51446/1‑149 (MQ=255) aTCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCCGC‑GGc > 4:323336/1‑149 (MQ=255) aTCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGc < 1:197327/149‑1 (MQ=255) aTCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGc > 4:2844/1‑149 (MQ=255) tCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCt > 1:314135/1‑149 (MQ=255) acgaAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCtt‑tt < 1:317006/149‑1 (MQ=255) acgaAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCtt‑tt < 4:222812/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCttt < 8:100676/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCttt < 8:90651/149‑1 (MQ=255) ggCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTtg < 8:37440/149‑1 (MQ=255) 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cTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGAGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGACGTTGGGTGGTGCAGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGAGCTGAat > 6:261791/1‑149 (MQ=255) tCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGGCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAattatt < 5:366598/149‑1 (MQ=255) cTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTAttt < 2:314135/148‑1 (MQ=255) cTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTa < 4:305301/149‑1 (MQ=255) cTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTa < 3:20024/149‑1 (MQ=255) 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3:77890/125‑1 (MQ=255) aTGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGaaa < 3:266332/149‑1 (MQ=255) gAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACgg > 7:70776/1‑139 (MQ=255) gAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACgg < 8:70776/139‑1 (MQ=255) gAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAAcc > 6:133434/1‑149 (MQ=255) aaaGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAAcc < 1:68565/148‑1 (MQ=255) aaGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTc < 3:323336/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCAATGGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTTTCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCg > 4:269866/1‑148 (MQ=255) ccGCTGCATTTGGAGC‑GGCTT‑TTGTTTGTGCTCCGTTTGGTGGTGCCGCAAACTCACAAAAAAACAGTAATCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCACTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGc < 8:324783/148‑1 (MQ=255) cGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGCaa < 5:275378/149‑1 (MQ=255) gCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGCAAg < 2:308365/149‑1 (MQ=255) ccATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGCAAGaaaa < 2:361100/149‑1 (MQ=255) cATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGCAAGAAAAg < 6:194514/149‑1 (MQ=255) cATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGCAAGAAAAg > 5:167083/1‑149 (MQ=255) | GCCGGTGCCATCGACGAAGGCCGGGTGGTGCGCGAAAGCATTGGCGCAATCAAGCGTGCTGGTGCAGACCTGATCCTGACCTACTTCGCCATGGACCTGGCGCGCGAAGGTATCTGAAGCCAGGCCTTGGTCATGAAAGCCGCTGCCATTGCAGC‑GGCTT‑TTCTTTGTGCGCCGTTGGGTGGTGCCGCAAACGCACAAAAAAACAGTAAGCGCTGAATTATTTAGTGTCCTGTTGTATCTGATCCCTTAGAGCATTCATCGACAGGGATACGGGTATGAAACCTCGCAAGAAAAG > NC_002947/3313679‑3313973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |